Измерительная система Elegant NMR® полностью разработана и создана фирмой Elegant Mathematics LLC.
В базовой версии система состоит из следующих устройств:
измерительный аппарат Elmathron®;
вычислительный сервер с интегрированной базой, содержащей 1719 миллионов пространственных молекулярных структур и порядка 102 миллионов химических соединений;
программное обеспечение Elegant NMR® Software, включающее в себя веб интерфейс.
Веб интерфейс Elegant NMR® Software предназначен для дистанционного управления и контроля за химическим анализом, проводимым измерительной системой Elegant NMR®.
Программное обеспечение не требует дополнительной лицензии и может быть установлено, как на сервере системы Elegant NMR®, так и на сервере пользователя.
Нажмите кнопку справа для перехода в информационное окно Info веб интерфейса, чтобы узнать о конфигурациях системы, возможностях
ее программного обеспечения, гарантийном обслуживании, etc.
The Elegant NMR® measuring system, completely designed and developed by Elegant Mathematics LLC.
The basic version of the system consists of the following:
An Elmathron® measuring device.
A computing server with an integrated database containing 1.7 billion molecular spatial structures.
The Elegant NMR® Software, including a web interface.
The Elegant NMR® Software is designed for real-time monitoring of chemical species and mixtures performed by the Elegant NMR® measuring system.
The software does not require an additional license and can be installed both on the server supporting the Elegant NMR® system and on the user's own server.
Click the button on the right to access the web interface and learn about system configurations, software capabilities, warranty service, etc.
Измерительная система Elegant NMR® автоматически распознает компоненты неизвестных смесей
без наличия референсных спектров чистых веществ, используя методы тензорных разложений NMR спектров.
Такие методы позволяют проводить анализ многокомпонентных смесей без их предварительного разделения.
Система Elegant NMR® может интерпретировать 7-8 мерные DNP NMR спектры с величиной разреженности меньше 1%,
а также визуализировать полученные результаты для простоты их восприятия.
The Elegant NMR® measuring system automatically identifies components of an unknown mixture without need for reference spectra of pure substances,
including the discovery of novel chemical structures.
It does this by applying tensor decomposition methods to NMR spectra, which can analyze multicomponent mixtures without any preliminary separation.
Such methods make it possible to analyze multicomponent mixtures without their preliminary separation.
Elegant NMR® can automatically interpret 7 to 8-dimensional DNP NMR spectra with a sparsity value of less than 0.1%,
and provides a user-friendly output of 3D structures and compositions with export capabilities, making analysis accessible for all users.
В измерительном аппарате Elmathron® системы Elegant NMR®, согласно запатентованной технологии US 10773092B2, реализован метод динамической ядерной поляризации DNP NMR.
Этот метод имеет настолько высокую чуствительность, что для выполнения анализа неизвестной смеси веществ достаточно взять пробу порядка 1 nL жидкости или 1 μL газа.
The Elmathron® measuring device of the Elegant NMR® system, according to the patented technology US 10773092 B2, implements the Method of Dynamic Nuclear Polarization DNP NMR.
This method has such high sensitivity that a sample of about 1 nL of liquid or 1 μL of gas is sufficient for the analysis of an unknown mixture of substances.
Основным устройством системы Elegant NMR® является измерительный аппарат Elmathron®, имеющий компактный, настольный размер 50x30x15 см.
Elmathron® предназначен для анализа смесей неизвестных веществ, посредством съема многомерных мультиядерных DNP NMR спектров с адаптивным выбором сетки и
последующей автоматической интерпретацией получаемых спектров.
Elmathron® может проводить анализ в режиме непрерывных измерений и анализ большого количества проб веществ без участия лаборанта с помощью автосемплера,
в который имплементирована опция машинного зрения.
Нажмите кнопку справа для перехода к установкам непрерывного анализа в программном окне Continuous Measurements.
Нажмите кнопку справа для перехода к установкам анализа с автосемплером в окне Measurements with Autosampler.
The main device of the Elegant NMR® system is the Elmathron® measuring apparatus, which features a compact size of 50x30x15 cm with build in
uninterruptible power supply (UPS).
The Elmathron® is designed to analyze mixtures of unknown substances by collecting multidimensional multinuclear DNP NMR spectra with adaptive mesh selection
and subsequently conducting automatic interpretation of the spectra.
The Elmathron® can carry out continuous measurement and analysis of large quantities of samples without operator intervention by means of an autosampler,
which is equipped with computer vision capability.
Click the button on the right to access the continuous measurement settings in the Continuous Measurements screen.
Click the button on the right to access the measurements with autosampler settings in the Measurements with Autosampler screen.
Для оптимизации процесса подачи проб анализируемых веществ в измерительный аппарат Elmathron®, в зависимости от вязкости веществ и способа анализа,
есть возможность предварительно проверить параметры всех соединений входного тракта встроенным программным калькулятором.
В системе Elegant NMR® реализована опция проверки надежности соединений входного тракта в программных окнах в разделе Device Inspection.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению калькуляции, инспекции входного тракта и вводу параметров для непрерывного анализа в
программном окне Continuous Measurements.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению калькуляции, инспекции входного тракта и вводу параметров анализа с автосемплером в окне
Measurements with Autosampler.
To optimize the feeding of samples to the Elmathron® measuring device, including sample viscosity and the chosen analysis method, a built-in software calculator can be used to pre-check all the inlet parameters.
The appropriateness of the inlet settings can be checked through the Device Inspection section, found within the Inlet screens linked below.
Click the button on the right to perform calculations, inspect the inlet, and enter parameters for continuous analysis in the
Continuous Measurements screen.
Click the button on the right to perform calculations, inspect the inlet, and enter parameters for analysis with an autosampler in the
Measurements with Autosampler screen.
Система Elegant NMR® может быть настроена для Ethernet 1GBit и WiFi соединений одного или нескольких
измерительных аппаратов Elmathron® с общим вычислительным сервером.
При автономном выполнении экспериментов, изменение параметров соединений аппаратов Elmathron® можно выполнить через веб интерфейс Elegant NMR® Software,
используя любое компьютерное устройство с наличием веб браузера.
Нажмите кнопку справа для перехода к настройкам измерительной системы в программном окне Settings.
The Elegant NMR® system can be configured for 1 GBit Ethernet and Wi-Fi connections with one or more Elmathron® measuring devices having a common computing server.
When experiments are performed autonomously, Elmathron® device connection parameters can be changed via the Elegant NMR® Software web interface using any
device with a web browser.
Click the button on the right to go to the measurement system settings in the Settings screen.
Измерительная система Elegant NMR® позволяет анализировать смеси быстро изменяющихся веществ в непрерывном режиме:
например, мониторить продукты химического синтеза в реальном времени.
Нажмите кнопку справа для перехода к установкам непрерывного анализа в окне Continuous Measurements.
The Elegant NMR® measuring system can analyze rapidly-changing mixtures in a continuous manner.
For example, it can monitor chemical synthesis products in real time.
Click the button on the right to access the continuous measurement settings in the Continuous Measurements screen.
Измерительная система Elegant NMR® может включать в себя автосемплер для выполнения анализа большого количества проб неизвестных веществ без участия оператора.
Автосемплер имеет удобную опцию встроенного машинного зрения, что позволяет автоматически распознавать горлышки любых виал и пробирок и местоположения проб в плашках.
В систему также может быть интегрирован автосемплер с герметичным корпусом для анализа твердых веществ методами лазерной абляции и MALDI.
Нажмите кнопку справа для перехода к установкам анализа с автосемплером в программном окне Measurements with Autosampler.
The Elegant NMR® measuring system may include an autosampler for performing analysis of large numbers of samples without operator intervention.
The autosampler has a convenient built-in computer vision option that automatically recognizes the necks of any vials and tubes and the locations of samples in plates.
The Elegant NMR® system can also integrate a hermetically-sealed autosampler for laser ablation and MALDI solids analysis.
Click the button on the right to access the measurements with autosampler settings in the Measurements with Autosampler screen.
Вычислительный сервер, а также измерительный аппарат Elmathron® системы Elegant NMR®, включают в себя огромную молекулярную базу, в которой собраны
практически все известные в настоящее время вещества, а именно:
100 миллионов химических соединений;
1.7 миллиарда конформеров, стерео- и диастереомеров, энантиомеров с их пространственными структурами.
В этой базе можно найти много полезной информации не только о химическом и структурном составах молекул, их конформеров и энантиомеров, но и данные о расстояниях
между атомами в молекулах, величинах углов между связями, а также значениях торсионных углов, etc.
В базе реализовано визуальное представление трехмерных моделей молекулярных структур.
Можно также сохранить результаты поиска в отдельный файл HTML со встроенным визуализатором или экспортировать эти результаты в MOL File.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению поиска веществ в молекулярной базе в программном окне
Search for Molecules in the HugeMDB.
The Elmathron® measuring device and associated computing server include a huge molecular database that encompasses almost all currently-known substances, namely:
102 million chemical compounds;
1.7 billion conformers, stereo- and diastereomers, and enantiomers with their spatial structures.
In this database, you can find useful information not only on the chemical and structural compositions of molecules, conformers, and enantiomers, but also on
the distances between constituent atoms, the angles between bonds, and the values of torsion angles, etc.
Furthermore, the database provides two- and three-dimensional visual representations of molecules.
Upon searching the database, you can save the results to a HTML file with an embedded renderer or export them to a MOL file.
Click the button on the right to search substances in the database using the Search for Molecules in the HugeMDB
screen.
Программное обеспечение Elegant NMR® Software установлено в вычислительном сервере и в измерительном аппарате Elmathron®.
Elegant NMR® Software разработано фирмой Elegant Mathematics LLC на основе алгоритмов распознавания многомерных гетероядерных DNP NMR спектров на адаптивной сетке,
позволяющих интерпретировать спектры многокомпонентных смесей веществ в виде таблиц и графиков концентраций веществ и представлять структурные трехмерные формы найденных веществ.
Встроенные методы DFT ab initio и молекулярной механики позволяют распознавать спектры даже тех неизвестных веществ, которых нет в программной базе молекул.
Используя интегрированные корреляционные методы, система Elegant NMR® автоматически может трактовать результаты экспериментов по классам наркотических и запрещенных веществ.
В установках системы для обработки результатов есть возможность проводить корреляции наборов найденных веществ в виде маркеров-детекторов как для легочных заболеваний,
так и для детекции выдыхаемого пациентом воздуха, на предмет наличия в нем различных низкомолекулярных маркеров, по которым можно делать корреляцию типов болезней,
в том числе и COVID-19.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению компьютерной обработки результатов измерений в программном окне Start Computations.
The Elegant NMR® Software is installed both in the computing server and in the Elmathron® measuring device.
The Elegant NMR® Software was developed by Elegant Mathematics LLC based on algorithms for recognizing multidimensional heteronuclear DNP NMR spectra
on an adaptive grid.
It allows the spectra of multicomponent mixtures of substances to be interpreted as tables and graphs of substance concentrations and
the three-dimensional forms of those substances to be presented.
Built-in DFT ab initio and molecular mechanics methods additionally allow the software to recognize even the spectra of unknown substances not already in the molecular database.
Using integrated correlation methods, the Elegant NMR® measuring system can automatically interpret experiment results and their correspondence to classes
of narcotic and prohibited substances.
The system also supports correlation analysis for pulmonary disease detection via determining the presence of various low-molecular-weight marker-detectors in
air exhaled by a patient, which can be used to detect various types of diseases, including COVID-19.
Click the button on the right to go to the Start Computations screen, through which computer processing of measurement results is executed.
Вычислительный сервер измерительной системы Elegant NMR® содержит общую базу всех выполненных экспериментов и их настроек для одного или нескольких измерительных
аппаратов Elmathron®.
В системе реализован удобный поиск, который позволяет быстро найти необходимые результаты экспериментов с их соответствующими установками.
Можно далее использовать эти результаты для статистической обработки или инкорпорировать выбранные установки экспериментов для последующего анализа.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению поиска результатов измерений в программном окне Search Records.
The computing server of the Elegant NMR® system contains a common database of all performed experiments and associated settings for one or several
Elmathron® measuring devices.
The system implements a convenient search that allows you to quickly find relevant experimental results with their respective settings and to use those results in
statistical processing or incorporate the selected experimental settings in a subsequent analysis.
Click the button on the right to go to the Search Records screen and search for measurement results.
Вычислительный сервер может быть не только отдельным устройством в системе Elegant NMR®, но и инкорпорированным модулем в измерительном аппарате Elmathron®.
Это может быть особенно актуально для переносных лабораторий, где небольшие габариты устройств и возможность их автономной работы играют важную роль.
Кнопки управления измерительной системой Elegant NMR, которые помечены символом ключа требуют дополнительной авторизации,
которую можно выполнить в программном окне Settings.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению пользовательской авторизации в окне Settings.
Для оптимизации проведения анализа можно использовать дополнительные настройки Advanced Parameters, в которых можно указать класс анализируемых веществ.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению дополнительных настроек для непрерывного анализа в окне Continuous Measurements.
Нажмите кнопку справа для перехода к выполнению дополнительных настроек анализа с автосемплером в окне Measurements with Autosampler.
The computing server may be incorporated into the Elmathron® measuring device, rather than being a separate unit in the Elegant NMR® system.
This can be especially useful for portable laboratories, where small device size and capability for autonomous operation are particularly important.
The control buttons of the measuring system, which are marked with a lock symbol, can be set to require additional authorization in the Settings screen.
Click the button on the right to proceed to custom authorization requirements in the Settings screen.
To optimize an analysis, additional Advanced Parameters are supported in which you can specify the classes of analyzed substances.
Click the button on the right to access advanced analysis settings in the Continuous Measurements screen.
Click the button on the right to access advanced analysis settings in the Measurements with Autosampler screen.
Измерительная система Elegant NMR® имеет простой веб интерфейс, который не требует установки App и имеет одинаковую функциональность для всех современных
компьютерных платформ, включая мобильные устройства и планшеты.
Окна веб интерфейса содержат контекстные подсказки c символом вопроса, которые
позволяют быстро вносить параметры анализа в поля ввода в условиях химических лабораторий с ипользованием средств защиты.
The Elegant NMR® measuring system has a simple web interface that does not require app installation and has the same functionality on all computer platforms,
including mobile devices and tablets.
The screens of the web interface contain contextual prompts with a question symbol allowing you to quickly
enter analysis parameters even while in a chemical laboratory and using protective equipment.
Многопользовательский веб интерфейс Elegant NMR® Software позволяет работать с несколькими аппаратами Elmathron® одновременно
с распределенным уровнем доступа к ресурсам, к базе данных экспериментов и к результатам экспериментов.
Веб интерфейс разработан для любых современных браузеров, поэтому навигационные кнопки Forward и Back браузера не
имплементированы, а кнопка Reload выполняет функцию возврата состояния программы к ее стартовой странице с потерей предыдущих установок и результатов.
Multi-user Elegant NMR® Software web interface allows you to work with several Elmathron® devices simultaneously with a distributed level of access to resources,
to the database of experiments and to the results of experiments.
The web interface is designed for all moderns browers, therefore the FORWARD and BACK navigation buttons of the browser are not implemented,
and the RELOAD button functions to return the program state to its start page with the loss of previous settings and results.
Веб интерфейс Elegant NMR® Software позволяет выполнять всю функциональность дистанционного управления измерительной системой Elegant NMR®
с любого компьютерного или мобильного устройства.
Надежное SSL соединение с сервером для сохранения и обработки результатов измерений создает максимальный уровень безопасности управления.
The Elegant NMR® Software web interface allows you to remotely utilize all the functionality of the Elegant NMR® measuring system from any computer or mobile device.
A reliable SSL connection to the server maximizes the security of storing and processing measurement results.
Возможность измерительной системы Elegant NMR® автоматически интерпертировать гетероядерные спектры DNP NMR на адаптивной сетке полностью опровергает
известный факт, что 7-8 мерные DNP NMR спектры, с величиной разреженности меньше 1%, очень сложно не только интерпретировать, но даже визуализировать.
В системе Elegant NMR® такие спектры отождествляются структурам, входящим в огромную базу, содержащую порядка 1.7 миллиарда пространственных структур молекул.
Эта база интегрирована в вычислительный сервер и аппарат Elmathron®, что позволяет проводить анализ и получать результаты также в нелабораторных условиях, без доступа к интернету.
The ability of the Elegant NMR® measuring system to automatically interpret heteronuclear DNP NMR spectra on an adaptive grid completely disrupts the status quo
in which 7- and 8-dimensional DNP NMR spectra, having sparsity values less than 0.1%, are very difficult not only to interpret, but even to visualize.
In the Elegant NMR® system, such spectra are identified with reference to a huge database containing about 1.7 billion spatial molecular structures.
This database is integrated into the computer server and Elmathron® devices, thereby enabling analysis and results even in remote locations (i.e. portable applications) which may lack access to the Internet.
В измерительной системе Elegant NMR® нет необходимости использовать постоянные магниты огромных размеров с дорогостоящими охлаждающими агентами.
Elegant NMR® использует небольшие постоянные магниты с фокусировкой в области измерений, согласно запатентованной технологии US 10646722B2.
Система Elegant NMR® не требует установки в специально оборудованном помещении, так как система устойчива к флуктациям внешних магнитных полей.
In the Elegant NMR® measuring system, there is no need to use oversized permanent magnets with expensive temperature regulation for stability.
Instead, the Elegant NMR® uses small permanent magnets with focusing in the measurement area, according to the patented technology in US 10646722 B2.
The Elegant NMR® is resistant to fluctuations of external magnetic fields, and so does not require installation in a specially equipped room.
В измерительной системе Elegant NMR® нет необходимости использовать дорогостоящие турбомолекулярные насосы для сверхвысокого вакуума, чтобы получить DNP NMR.
Система Elegant NMR® позволяет проводить любое измерение с обычным лабораторным вакуумным насосом, что отражено в запатентованной технологии US 10773092B2.
In the Elegant NMR® measuring system, there is no need to use expensive ultra-high vacuum turbomolecular pumps to perform DNP NMR.
The Elegant NMR® allows any measurement to be carried out with a conventional laboratory vacuum pump, which is reflected in the patented technology in US 10773092 B2.
14 s (3913 nL/m)
18.0 m (50 nL/m)
0.900 μL
0.05 μL
5.0e7 mm-3
Inlet Parameters:
S1:
S2:
1. Place the inlet in clean air
not active
2. Place the inlet in the S1 fluid
not active
3. Place the inlet in the S2 fluid
not active
4. Place the inlet in the S1 fluid
not active
5. Place the inlet in the S2 fluid
not active
6. Place the inlet in the S1 fluid
not active
7. Place the inlet in clean air
not active
14 s (3913 nL/m)
18.0 m (50 nL/m)
0.900 μL
0.05 μL
5.0e7 mm-3
Inlet Parameters:
N1:
S1:
N2:
S2:
not active
102M
Substances
86M
Molecular Graphs
1719M
Spatial 3D Geometries
guest
MB
Для разработки измерительной системы Elegant NMR® фирмой Elegant Mathematics LLC использована идея создания аналитического оборудования нового поколения, которое
было бы компактным и удобным в использовании и не требовало бы дополнительного обучения специализированного персонала, а также было недорогим и доступным каждому химику.
Используя систему Elegant NMR® для проведения химического анализа, Вам больше не потребуются следующие дорогостоящие компоненты:
Постоянные, огромных габаритов магниты с охлаждающими агентами - система Elegant NMR® использует небольшие постоянные магниты с фокусировкой в области измерений, согласно запатентованной технологии US 10646722B2;
Специально оборудованное помещение для размещения прибора - система Elegant NMR®, компактная и небольшая в размерах, не чувствительна к внешним флуктациям магнитного поля, согласно запатентованной технологии US 10773092B2;
Расход большого объема исследуемого вещества для анализа - для одного измерения системой Elegant NMR® достаточно взять от 1 нл объема жидкости или от 1 мкл объема газа для получениея высокой точности измерений с использованием DNP NMR,
согласно запатентованной технологии US 10773092B2;
Высоковакуумная турбомолекулярная помпа для DNP - для системы Elegant NMR® используется стандартный лабораторный насос;
Интерпретация многомерных спектров только NMR-специалистами - полную трактовку результатов экспериментов за Вас сделает программа Elegant NMR® Software с интегрированным искусственным интеллектом!
В измерительном аппарате Elmathron, входящем в систему Elegant NMR®, используется метод построения разреженных многомерных гетероядерных DNP NMR спектров (HSQC-HMBC-NOESY) с неоднородным разбиением (NUS) для детектирования
веществ и смесей веществ. Такие спектры позволяют детектировать не только пространственное строение молекул, но и определять несколько компонентов в смеси.
Полные подобные спектры обычно получаются очень высокой размерности: 7- и 8-ми мерные спектры. Запись полной такой 8-ми мерной структуры с хорошим разрешением требует больших временных
затрат, поэтому в нашей аппаратуре реализован метод неоднородного разреженного семплинга (Sparse-NUS) с адаптивной генерацией сетки.
Практически невозможно визуально не только трактовать, но и даже отображать 8-ми мерный спектр на неравномерной разреженной сетке с 0.01% заполнения,
поэтому в нашей аппаратуре реализована автоматическая интерпретация таких спектров уже в виде готового набора молекулярных структур и их концентраций.
Дополнительно, к опции полной трактовки и представления результатов анализа в виде молекулярных структур и их концентраций, система Elegant NMR® выполняет опцию Drug Detection расчетов статистики по принадлежности найденных веществ
к классам наркотических и запрещенных веществ и опцию Dicease Detection проведения корреляции набора найденных веществ в виде маркеров-детекторов легочных заболеваний.
Возможность выполнить недорогой экспресс-анализ Dicease Detection системой Elegant NMR® может быть использована в медицине для детекции выдыхаемого пациентом воздуха, на предмет наличия в нем различных
низкомолекулярных маркеров, по которым можно делать корреляцию типов болезней, в том числе и COVID-19.
Стоимость одного такого анализа не превышает 10 центов за один анализ.
Для университетов и научных учереждений система Elegant NMR® будет полезна для анализа веществ в процессе химического синтеза в режиме реального времени.
In developing the Elegant NMR measuring system, Elegant Mathematics LLC was motivated by the goal of creating a new
generation of analytical equipment that is compact and convenient to use, does not require additional training of
specialized personnel, and is inexpensive and accessible to every chemist.
The Elegant NMR® embodies this goal, as none of the following expensive components are needed for chemical
analysis with this system:
Huge permanent magnets with cooling agents - Elegant NMR® uses small permanent magnets with focusing in the measurement area, according to the patented technology in US 10646722B2.
A specially equipped room to house the device - small in size, the Elegant NMR® measuring system is not sensitive to external fluctuations of magnetic fields, according to the patented technology in US 10773092B2.
A large volume of analyte - for one measurement, the Elegant NMR® system only needs at minimum 1 nL of liquid or 1 mL of gas to obtain high measurement accuracy using DNP NMR, according to the patented technology in US 10773092B2.
A high vacuum turbomolecular pump for DNP - the Elegant NMR® system uses a laboratory pump.
Highly-trained specialists for interpretation of multidimensional NMR spectra - the Elegant NMR® Software with integrated artificial intelligence will do the full interpretation of the experimental results for you!
The Elmathron® measuring device, part of the Elegant NMR system, detects substances and mixtures through constructing sparse multidimensional heteronuclear DNP NMR spectra (HSQC-HMBC-NOESY) with non-uniform sampling (NUS). Such spectra make it possible to detect not only the spatial structures of molecules, but also to determine multiple components in a mixture.
Fully populated, these spectra usually have very high dimensionality, being 7- and 8-dimensional. Recording a complete 8-dimensional structure with good resolution requires a lot of time, so our equipment implements non-uniform sparse sampling (Sparse-NUS) with adaptive mesh generation.
As it is almost impossible to not just visually interpret but even display an 8-dimensional spectrum on an uneven sparse grid with 0.01% filling, our equipment implements the automatic interpretation of such spectra with reference to a ready-made set of molecular structures and their concentrations.
In addition to reporting analysis results in the form of molecular structures and their concentrations, the Elegant NMR® system features a Drug Detection option for the statistical calculation of whether found substances belong to classes of narcotic and prohibited substances, and a Disease Detection option for correlating found substances with marker-detectors of lung diseases.
In the medical context, an inexpensive express Disease Detection analysis with the Elegant NMR® system can be performed on air exhaled by a patient to determine the presence of various low-molecular-weight markers, which can in turn be associated with various types of diseases, including COVID-19. The cost of one such analysis does not exceed 10 cents.
For universities and scientific institutions, the Elegant NMR system will be useful for real-time analysis of chemical synthesis products.
Все новейшие технологии, которые используются для производства измерительной системы Elegant NMR®, запатентованы фирмой Elegant Mathematics LLC в 2020 году:
US 10646722B2, US 10773092B2, US 10773093B2. В производстве находятся несколько патентных заявок, которые имеют статус Patent Pending.
Фирма Elegant Mathematics LLC также владеет выданными торговыми марками Elegant NMR® и Elmathron®.
All of the innovative technologies used for the production of the Elegant NMR® measuring system were patented by Elegant Mathematics LLC in 2020: US 10646722B2, US 10773092B2, US 10773093B2.
There are several patent applications pending.
Elegant Mathematics LLC also owns the issued trademarks Elegant NMR® and Elmathron®.
Базовая конфигурация измерительной системы Elegant NMR® (Basic Version):
(a) Elmathron® Device: измерительный аппарат, в котором непосредственно проходят измерения неизвестных смесей веществ с помощью DNP NMR.
(b) Computation Servert: блок обработки данных измерений, в котором происходит сохранение и компьютерная обработка результатов анализа.
(c) Autosampler: автосемплер для автоматической подачи проб исследуемых веществ в аппарат Elmathron® (включается в базовую версию только по заявке).
(d) Elegant NMR® Software: программное обеспечение с пользовательским интерфейсом для осуществления управления, контроля и интерпретации измерений.
(e) Vacuum Pump: вакуумный насос для создания вакуума в измерительном аппарате (включается в базовую версию только по заявке покупателя).
Аппарат Elmathron® снабжен WiFi и 1GBit/s Ethernet для удобного и быстрого общения с веб инерфейсом и сервером.
В системе Elegant NMR® вычислительные алгоритмы по поиску и обработке спектров и молекулярных структур устанавливаются
на специализированном высокопроизводительном блоке обработки данных (Linux сервере) с поддержкой GPU/CUDA и имеют минимальную уязвимость от компьютерных троянов и вирусов.
Исходные данные измерений сперва проходят предобработку в измерительном аппарате Elmathron® и далее сохраняются в его внутренней памяти,
что позволяет выполнять анализ также в случае, когда сервер для обработки результатов или не включен, или не доступен.
Как только аппарат Elmathron® соединяется с сервером, данные предобработки автоматически переносятся с внутреней памяти Elmathron® на сервер и
удаляются из внутренней памяти Elmathron®.
В базовой конфигурации системы объем внутренней памяти аппарата Elmathron® рассчитан на неделю автономной работы без сервера.
По предварительной договоренности, перед покупкой системы Elegant NMR®, можно
изменить базовую комплектацию аппарата Elmathron® таким образом, чтобы увеличить объем памяти и время его автономной работы.
В базовой комплектации сервера, объем его памяти рассчитан на 3 года непрерывной работы. По заявке заказчика, можно в любой момент установить дополнительную дисковую память, увеличить ее на любое обозримое значение.
Система Elegant NMR® использует вакуум, диапазона 10-2 до 10-3 Torr, для создания DNP луча с помощью технологии Elmathron®, который достигается
стандартным насосом и не требует турбомолекулярной помпы.
Вы также можете собрать, по Вашему желанию, любую конфигурацию из нескольких измерительных аппаратов Elmathron®, автосемплеров и блоков обработки (серверов).
Для получения дополнительной информации Вы можете обратиться непосредственно к нам, используя наши контакты на сайте:
https://www.elegant-nmr.com/
Basic Elegant NMR® system configuration:
Elmathron® Device: Measuring device in which unknown mixtures of substances are directly assayed using DNP NMR.
Computation Server: Unit in which the storage and computer processing of measurement data takes place.
Autosampler: Provides for the automated supply of samples to the Elmathron® device (included in the basic version upon customer request).
Elegant NMR® Software: User interface for the control, monitoring, and interpretation of measurements.
Vacuum Pump: Creates a vacuum in the measuring device (included in the basic version upon customer request).
The Elmathron® device is equipped with Wi-Fi and 1 GBit/s Ethernet for reliable communication with the web interface and computation server.
Computational algorithms for searching and processing spectra and molecular structures are installed on a specialized high-performance Linux server (data processing unit) with GPU/CUDA support and having minimal vulnerability to trojans and viruses.
The initial measurement data is first preprocessed in the Elmathron® measuring device and then stored in its internal memory, which makes it possible to perform analysis
even when the processing server is either not turned on or not available.
As soon as the Elmathron® device connects to the server, preprocessed data is automatically transferred from its internal memory to the server and deleted from said internal memory.
In the basic configuration of the system, the internal memory of the Elmathron® device is designed to support a week of autonomous work without a server connection.
By prior arrangement before the purchase of an Elegant NMR® system, the basic Elmathron® device can be expanded with additional memory in order to increase its capacity for autonomous work.
The Elegant NMR® system uses a vacuum ranging from 0.1 to 1 Pa to create a DNP beam via Elmathron® technology. This vacuum can be achieved with a standard pump and does not require a turbomolecular pump.
You can also assemble, at your request, any configuration encompassing several Elmathron® measuring devices, autosamplers, and computation servers.
For more information, you can contact us directly using the contact information on our website:
https://www.elegant-nmr.com/
Size: 50x30x15 cm.
Weight: 18 kg.
Injection fitting: 1/16-inch stainless steel.
Power supply: 100-240 VAC.
Elmathron® technology according to US10773092B2.
Casted focused permanent magnets according to US10646722B2.
Supercomputing system with 150 processors inside the Elmathron® device.
User interface: web interface on Android, Windows, Mac, or Linux.
Elegant NMR® Software: license-free smart analysis design with CUDA/GPU-accelerated AI algorithms.
Программное обеспечение Elegant NMR® Software не требует дополнительной лицензии и может быть установлено, как на сервере системы Elegant NMR, так и на сервере пользователя.
Пользовательский интерфейс не требует дополнительной установки App на мобильном устройстве.
Программное обеспечение Elegant NMR® Software основано на алгоритмах, которые разработаны и являются собственностью фирмы Elegant Mathematics LLC:
The Elegant NMR® Software does not require an additional license and can be installed both on the server of the Elegant NMR® system and on a customer-provided server.
The user interface software does not require additional app installation on a mobile device.
The Elegant NMR® Software is based on the knowledge-intensive algorithms of Elegant Mathematics LLC, and features the following capabilities:
Control and monitoring of the operation of the Elegant NMR® measuring system for performing DNP NMR measurements.
Recognition and processing of multidimensional DNP NMR spectra.
Molecular mechanics simulation.
Density functional theory and ab initio simulation with DNP NMR spectrum prediction.
Storage and display of measurement results.
Searching of a large molecular database for molecules, their spatial structures, and their quantum-mechanical properties.
В сервисные услуги входит бесплатное пользование всеми возможными обновлениями программного обеспечения, которые будут предлагаться пользователям в течение последующих 8 лет после покупки системы.
Вы можете узнать о новых программных обновлениях для всех устройств системы Elegant NMR, которые мы будем Вам периодически предлагать для улучшения процесса измерений,
в программном окне Status of All Devices and Server
Вы имеете возможность заказать у нас вакуумный насос вместе с измерительной системой, но Вы можете, альтернативно,
использовать уже имеющийся у Вас в лаборатории насос или купить его отдельно у сторонней фирмы, по Вашему выбору.
Elegant Mathematics service includes free Elegant NMR® Software updates for eight years after purchase.
You can find new software updates for all devices of the Elegant NMR® system, which we will periodically offer for sake of improving the measurement process, in the Status of All Devices and Server screen.
You may order a vacuum pump from us together with the system, use one already present in your laboratory, or buy one separately from a third-party company of your choice.
Гарантийный срок базовой версии измерительной системы Elegant NMR® составляет два года, при условии ее покупки со склада фирмы-производителя и обязательной промежуточной
инспекции всей системы после одного года эксплуатации.
Срок гарантии может быть продлен до 5 лет при прохождении ежегодных инспекций измерительной системы.
Гарантийный случай наступает с момента получения заказчиком измерительной системы Elegant NMR®.
Гарантия фирмы Elegant Mathematics LLC на вакуумный насос, поставляемый с измерительной системой Elegant NMR®, не распространяется.
The warranty period for the basic version of the Elegant NMR® system is two years, subject to purchase from the manufacturer's warehouse and mandatory intermediate inspection after one year of operation.
The warranty period can be extended to as much as five years by passing annual inspections of the measuring system.
The warranty period starts from the moment the customer receives the Elegant NMR® system.
The vacuum pump supplied with the Elegant NMR® measuring system is not covered by the Elegant Mathematics LLC warranty.
Для наглядности работы измерительной системы Elegant NMR® здесь представлены несколько примеров проведения анализа разных веществ.
To illustrate the operation of the Elegant NMR® measuring system, several example analyses are presented here.
Copyright:
Использование и копирование алгоритмов и их программных реализаций фирмы Elegant Mathematics LLC, включая свободно доступные алгоритмы и программные реализации отображения
объектов и стили отображения объектов, сторонними лицами возможны только с письменного согласия правообладателей вышеназванной интеллектуальной собственности и с обязательными
ссылками на источники их получения.
Disclaimer:
В процессе выполнении анализа системой Elegant NMR® результаты Ваших экспериментов сохраняются в базе экспериментов в специальных форматах, которые разработаны фирмой
Elegant Mathematics LLC. Эти форматы далее используются программой Search Results для выполнения быстрого и результативного поиска интересующих Вас результатов экспериментов,
которая входит в пакет программного обеспечения Elegant NMR® Software v1.11.
Компания Elegant Mathematics LLC не гарантирует, что попытка выполнения Вами каких-либо действий с данными результатов экспериментов, осуществленных системой Elegant NMR,
с использованием любых программ поиска сторонних производителей или с использованием любых иных программ сторонних производителей, например, для обработки и хранения данных
экспериментов и прочих, будет успешной. Использование Вами подобных сторонних программ может привести либо к полному отсутствию каких-либо результатов, либо к непредсказуемым
результатам, за точность и достоверность которых фирма Elegant Mathematics LLC ответственности не несет, а также не несет ответственности за какой бы то ни было ущерб,
понесенный Вами в связи с использованием таких результатов.
Информация, используемая в программе Search for Molecules in the HugeMDB, которая входит
в пакет программного обеспечения Elegant NMR® Software v1.11, частично основана на данных базы PubChem.
Чтобы перейти к поиску молекул в молекулярной базе, нажмите кнопку
Компания Elegant Mathematics LLC не участвует в создании базы PubChem и не гарантирует ее достоверность и актуальность.
Компания Elegant Mathematics LLC не несет ответственности за какие-либо ошибки, упущения или другие недостатки в контенте (любой информации), содержащемся как в базе PubChem,
так и в программе Search for Molecules in the HugeMDB, а также не может нести ответственности за какой бы то ни было ущерб, понесенный пользователями этой программы в связи
с использованием вышеупомянутого контента или в связи с какими-либо другими действиями пользователей с вышеупомянутым контентом.
Чтобы найти полную информацию о нашей фирме и о наших продуктах, используйте, пожалуйста, контакты на фирменном сайте в разделе Contacts:
https://www.elegant-nmr.com/
Copyright
The use and copying of algorithms and their software implementations of Elegant Mathematics LLC, including freely available algorithms and software implementations of object display and object display styles,
by third parties is possible only with the written consent of the copyright holders of the above-mentioned intellectual property and with obligatory links to the sources of their receipt.
Disclaimer
When analyzing with the Elegant NMR® system, the results of your experiments are saved in the database of experiments in special formats developed by Elegant Mathematics LLC.
These formats are then used by the Search Results program which is included in the Elegant NMR® Software v1.11 to perform a quick and efficient search for the experimental results of interest.
Elegant Mathematics LLC does not guarantee that any attempt by you to perform any action on the data of the results of experiments carried out by the Elegant NMR® system using any third-party search programs
or using any other third-party programs, for example, to process and store experimental data and others will be successful.
Your use of such third-party programs may lead to either the complete absence of any results, or to unpredictable results, for the accuracy and reliability of which Elegant Mathematics LLC is not responsible,
nor is it responsible for any damage incurred by you in connection with the use of such results.
The information used by the Search for Molecules in the HugeMDB programm which is included in the Elegant NMR® Software v1.11 is partially based on data from the PubChem database.
You can go to the molecule search program Search for Molecules in the HugeMDB by clicking the button
Elegant Mathematics LLC does not participate in the creation of the PubChem database and does not guarantee its accuracy and relevance.
Elegant Mathematics LLC is not responsible for any errors, omissions or other deficiencies in the content (any information) contained both in the PubChem database and in the Search for Molecules in the HugeMDB program.
Also, Elegant Mathematics LLC cannot be held liable for any damage incurred by users of this program in connection with the use of the aforementioned content or in connection with any other actions of users with the aforementioned content.
For complete information about our company and our products, please use the contact information in the Contacts section of the corporate website: https://www.elegant-nmr.com/
Delete Experiment Entries
You are abount to permanently delete one or several experiment data entries listed below. If you press Ok button, you cannot restore the data any more.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации и примеры, как правильно вводить параметры в программном окне Continuous Measurements,
чтобы максимально правильно и быстро провести анализ смеси неизвестных веществ аппаратом Elmathron, который входит в измерительную систему Elegant NMR, в непрерывном режиме измерений.
The current information window contains useful recommendations and examples of how to correctly enter parameters in the Continuous Measurements screen in order to quickly analyze a mixture of unknown substances using the Elmathron device in continuous measurement mode.
Вы можете воспользоваться удобными подсказками с краткой информацией по заполнению к каждому полю ввода и выбора параметров эксперимента, которые легко открываются нажатием кнопок с символом вопросительного знака.
Чтобы скрыть подсказку, Вам необходимо кликнуть мышкой либо на знак вопроса, либо в любом месте поля подсказки.
Пожалуйста, внимательно ознакомьтесь и следуйте этим подсказкам, чтобы максимально точно осуществить Ваш химический анализ!
Prompts are available regarding how to fill each input field and select experiment options. You can easily open these prompts by clicking the associated question symbol. To hide a prompt, click again either on the question symbol or anywhere in the prompt field.
Please read and follow the prompts carefully to make your chemical analysis as accurate as possible!
Внимание! Если после входа в систему у Вас не отображается нужный Вам аппарат Elmathron, автосемплер или данные в базе экспериментов, соответсвующей какому-либо аппарату Elmathron,
значит пользователю с именем, под которым Вы вошли, не разрешено работать или использовать данные с этого аппарата.
Для получения прав Вам надо войти в систему, как суперпользователь, и исправить права доступа для этого пользователя, следуя полям User Properties->Device Rights в Settings
Attention! If after logging in you do not see the Elmathron device or autosampler you need, or data in the experiment database corresponding to any Elmathron device, then the username under which you logged in is not allowed to operate or use data from this device.
To obtain the rights, a superuser must correct the user account's access rights as listed in the User Properties->Device Rights field in Settings screen
Все измерения системой Elegant NMR следует проводить при стандартном атмосферном давлении. Допустимое давление во входном тракте должно быть в диапазоне от 80 до 120 кПа.
Выход значений давления за рамки допустимого диапазона может повлечь за собой необратимую поломку аналитической системы!
Система Elegant NMR позовляет анализировать только такие жидкости, которые являются летучими при температуре от 200℃, иначе нелетучие составляющие могут перманентно осесть на
стенках измерительного тракта и необратимо его испортить.
Измерительная система Elegant NMR предназначена для анализа жидкостей с вязкостью не более 90 mPa•s.
Перед началом анализа мы рекомендуем Вам хорошо проверить все соединения входного тракта с измерительным аппаратом Elmathron.
В зависимости от конфигурации измерительной системы Elegant NMR, с которой Вы работаете, (с автосемплером или без автосемплера), Вы должны предварительно указать в программном окне Settings,
какие измерительные аппараты Elmathron на момент начала анализа соединены с автосемплером.
Список этих аппаратов по типу соединения с автосемплером автоматически переносится программой в окна Continuous Measurements
и Measurements with Autosampler
Measurements with the Elegant NMR system should always be carried out at standard atmospheric pressure. The permissible inlet pressure is in the range of 80 to 120 kPa.
Pressure values outside that range will cause irreversible breakdown of the analytical system!
The Elegant NMR system allows you to analyze only those liquids that are volatile at temperatures above 200℃. Non-volatile components can permanently settle on the walls of the measuring path and irreversibly spoil it.
The Elegant NMR measuring system is not intended for analysis of liquids having a viscosity of more than 90 mPa•s.
Before starting any analysis, we recommend you carefully check all inlet connections leading to the Elmathron measuring device.
Depending on the configuration of your Elegant NMR measuring system - namely, with or without an autosampler - you must first specify in the Settings screen which Elmathron measuring devices are connected to the autosampler at the time the analysis is started.
The listing of Elmathron devices by type of connection is automatically transferred to the Continuous Measurements screen and Measurements with Autosampler screen
Далее Вы можете вводить параметры измерений в каждом из полей ввода в окне Continuous Measurements,
следуя подсказкам и рекомендациям для получения максимально точного и быстрого результата Вашего эксперимента.
Если какой-либо параметр в полях ввода программного окна Continuous Measurements был введен Вами неточно,
(например, Вы случайно написали буквы вместо цифр в поле Maximum Time), то, в этом случае, у Вас это поле будет подсвечено
красным цветом, а также у Вас не будет возможности нажать кнопку старта эксперимента Run Continuous Measurements.
Next, you can enter measurement parameters in each of the input fields in the Continuous Measurements screen Follow the recommendations in the prompts to get maximally accurate and fast results!
If any parameter in the Continuous Measurements screen was entered inaccurately (for example, you accidentally wrote letters instead of numbers in the Maximum Time field), then the field with erroneous input will be highlighted in red and you will not be able to initiate the experiment until it is corrected.
Device Name:
В предложенном списке Вы можете выбрать необходимые наименования измерительных аппаратов Elmathron, которые будут использоваться Вами для измерений в непрерывном режиме.
Внимание! В этом списке показаны только те аппараты Elmathron, которые не подключены к автосемплерам, в соответствии с настройками в программном окне Settings
In this list, the Elmathron measuring devices to be used for continuous measurements can be selected by name.
Attention! This list shows only those Elmathron devices that are not connected to autosamplers, according to the Settings screen
Experiment Name:
В этом поле Вы можете записать какое-нибудь уникальное название эксперимента, которое будет сохранено в базе экспериментов для соответствующих результатов измерений.
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
In this field, you can assign a unique name for the experiment, which will be saved in the database for identification of the corresponding measurement results.
You can also leave this field blank.
Мы рекомендуем Вам придумать уникальное наименование эксперимента и постараться заполнить поле Experiment Name.
Тогда Вы, в любой момент, легко сможете найти по Вашему наименованию необходимый Вам эксперимент, который Вы выполнили нашей системой какое-то время назад.
You should assign each experiment a unique name. This will allow you to easily look up the results, even after some time has passed.
Fluid Viscosity:
Вы можете выбрать необходимую для Вашего эксперимента ориентировочную вязкость вещества из предложенного здесь списка.
При выборе надо учитывать, что это должна быть верхняя граница значения вязкости, которую Вы можете использовать при измерениях.
Все значения вязкостей в предложенном списке указаны при температуре 25℃.
Если Вы выберете вязкость, которая существенно ниже реальной вязкости исследуемого вещества,
это может привести к сбою установок анализа и необратимой порче внутренних частей измерительного аппарата Elmathron.
Следует также помнить, что система Elegant NMR не предназначена для анализа жидкостей с вязкостью более 90 mPa•s.
Here you select from a list the approximate viscosity of the substance being investigated in your experiment.
This should reflect the maximum viscosity for your sample. All viscosity values in the list are indicated at a temperature of 25℃.
If you select a viscosity that is significantly lower than the actual viscosity of the measured substance, the analysis can malfunction and irreversible damage can be inflicted on the internal parts of the Elmathron device.
The Elegant NMR system is not intended for the analysis of liquid having a viscosity of more than 90 mPa•s.
В этом поле Вам рекомендуется ввести максимально допустимый объем вещества для измерений, а также выбрать единицы измерения объема.
Вам следует сначала проанализировать расчетные данные программного калькулятора и затем ввести значение максимально допустимого объема.
Ориентируясь на расчетное значение общего объема Total Inlet Volume входного тракта из поля калькулятора, Вы можете определить,
какой минимальный объем исследуемого вещества Вам необходим для анализа.
Значение вводимого Вами максимального объема вещества должно быть существенно больше, чем расчетное значение общего объема входного тракта.
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
Here, you enter the maximum allowable volume of the substance being measured and select the volume units.
You should first use the calculator to generate the calculated fields and then enter the maximum allowable volume.
You can determine the minimum volume of the investigated substance required for analysis based on the calculated Total Inlet Volume of the inlet tract; that is, the maximum volume of substance must be significantly greater than the calculated total volume of the inlet tract.
You can also leave this field blank.
Если у Вас есть достаточный объем вещества для измерений, Вы можете не заполнять поле Maximum Volume.
Если Вы укажете максимальный объем вещества, который Вы разрешите использовать системе Elegant NMR, то измерения аппаратом Elmathron
закончатся, как только такой объем вещества будет полностью исчерпан для анализа.
If you have a sufficient volume of the substance, you can leave the Maximum Volume field blank. If you do indicate a maximum volume, measurements by the Elmathron device will cease as soon as that quantity of substance has been analyzed.
Maximum Time:
В этом поле Вам рекомендуется ввести максимально возможное время анализа, а также выбрать единицы измерения времени.
Вам следует сначала проанализировать расчетные данные программного калькулятора и затем ввести значение максимально возможного времени анализа.
Ориентируясь на расчетные значения диапазона скорости прохождения вещества по входному тракту из поля калькулятора Delay (Velocity) Range, Вы можете определить,
какое минимальное время Вам необходимо для анализа.
Значение вводимого Вами максимального времени измерений должно быть существенно больше, чем расчетное время нахождения исследуемого вещества во входном тракте.
Если это время будет меньше расчетного минимального времени нахождения вещества во входном тракте, то проведение анализа, в этом случае, бессмысленно.
Если у Вас есть достаточное время для анализа, Вы можете не заполнять поле Maximum Time.
In this field, you can enter the maximum permitted analysis time and select the units of time measurement.
You should first use the calculator to generate the calculated fields analyze the calculated data in the calculator field and then enter the maximum permitted analysis time.
You can determine an appropriate minimum time based on the calculated Delay (Velocity) Range of the substance in the inlet tract.
Specifically, the maximum time value should be significantly greater than the estimated residence time of the investigated substance in the inlet tract.
If the maximum time is less than the minimum period the substance is in the input tract, then the analysis is meaningless.
If you have abundant time for analysis, you can leave this field blank.
В случае, когда Вы указываете одновременно и максимальное время, и максимальный объем, измерительный аппарат Elmathron будет пытаться проводить измерения со скоростью,
с которой и максимальное время, и максимальный объем могут быть достигнуты одновременно, а также учесть
расчетный диапазон скорости нахождения вещества во входном тракте в поле калькулятора Delay (Velocity) Range.
In the event that you simultaneously specify both a maximum time and a maximum volume, the Elmathron measuring device will try to operate at a velocity with which both the maximum time and the maximum volume can be achieved simultaneously. It will also take into account the calculated Delay (Velocity) Range.
Mixture Lifetime:
Если исследуемая смесь веществ может изменить свой химический состав в процессе прохождения по входному тракту, - например, если Вы исследуете быстротекущие химические реакции, -
в этом случае, Вам следует заполнить поле Mixture Lifetime.
Время нахождения вещества во входном тракте можно оценить из поля калькулятора Delay (Velocity) Range.
Если указанное Вами значение времени будет очень маленьким по сравнению с минимальным временем прохождения вещества по входному тракту, ориентируясь на значения Delay (Velocity) Range,
то измерительный аппарат Elmathron не сможет точно следовать Вашему запросу, но будет стремиться, в этом случае, пропускать исследуемое вещество по входному тракту с максимально возможной скоростью.
Вы также можете оставить это поле незаполненным, если у Вас исследуемое вещество не меняет свой химический состав во времени.
If the chemical composition of the mixture of substances being measured can change while passing through the inlet tract (for example, if you are investigating rapid chemical reactions), you should fill out the Mixture Lifetime field.
The residence time of the substance in the inlet tract can be estimated from the calculated field Delay (Velocity) Range.
If the Mixture Lifetime you specify is very small compared to the minimum transit time of the substance through the inlet tract as informed by the Delay (Velocity) Range values, then the Elmathron measuring device will not be able to follow your request exactly, but will strive to pass the substance along the inlet tract at the maximum possible speed.
You can leave this field blank if your test substance does not change its chemical composition over time.
Для оптимизации времени анализа, Вы можете указать дополнительно, что Вам уже известно об анализируемых веществах, используя возможность ввода расширенных параметров Advanced Parameters.
Например, Вам может быть известен предварительно тип растворителя в смеси, или Вы можете сделать предположение о том, какой класс веществ Вы планируете анализировать.
Любая дополнительная информация позволит существенно ускорить проведение анализа и значительно оптимизировать объем пробы для анализа.
Для получения информации о том, как правильно вводить расширенные параметры, перейдите в информационное окно Advanced Parameters Help
Для старта анализа Вам надо проверить все введенные Вами параметры и еще раз убедиться, что Вы авторизованы проводить измерения.
Если внизу Вы видете кнопку Unlock Measurements с символом замка, значит, Вы еще не прошли авторизацию пользователя
и не можете выполнять измерения.
Чтобы пройти авторизацию, Вам необходимо либо перейти в программное окно Settings, либо просто кликнуть на кнопку с символом замка для перехода к авторизации
После Вашей авторизации кнопка с символом замка рядом с кнопкой старта эксперимента исчезнет, и появляется либо кнопка Run Measurements, либо кнопка Stop Measurements
в зависимости от того, выполняется ли что-то на данном аппарате. Нажав на эту кнопку, в зависимости от того, какое действие отоброжено на кнопке, Вы можете запустить или остановить измерения.
Данные измерений автоматически начнут передаваться на вычислительный сервер системы Elegant NMR,
и далее Вы сможете в любой момент посмотреть результаты анализа, а также снова вернуться к сохраненным настройкам и повторить этот анализ.
После старта измерений кнопка останова Stop Measurements переходит в активное состояние.
Если Вы хотите остановить выполнение измерений, Вам необходимо кликнуть на кнопку Stop Measurements.
The advanced parameters allow you to indicate what you already know about the substances being analyzed so as to optimize the analysis time.
For example, you may know in advance the type of solvent in the mixture, or may be able to make an assumption about which class of substance is being analyzed. Providing any such available information will significantly speed up the analysis and reduce the volume of sample required.
For information on how to correctly enter advanced parameters, go to the Advanced Parameters Help screen
Before starting an analysis, first review all of the entered parameters and double-check that you are authorized to carry out measurements.
If you see a button Unlock Measurements with a lock symbol, it means that you have not yet passed authorization and cannot perform measurements.
To enter your credentials, you can either go to the Settings screen or simply click on the button with the lock symbol
After successfully confirming your authorization, the Unlock Measurements button with the lock symbol will be substituted by either the Run Measurements button, or the Stop Measurements button.
To start the measurements, click on the Run Measurements button.
To stop the measurements at any time, click on the Stop Measurements button.
Measurement data will automatically be transferred to the computation server of the Elegant NMR system. You can view the analysis results at any time, and also return to the saved settings and repeat the analysis procedure.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации и примеры, как правильно вводить параметры в программном окне Continuous Measurements,
чтобы максимально правильно и быстро провести анализ смеси неизвестных веществ аппаратом Elmathron, который входит в измерительную систему Elegant NMR, с использованием автосемплера.
The current information window contains useful recommendations and examples of how to correctly enter parameters in the Continuous Measurements screen in order to quickly analyze a mixture of unknown substances using the Elmathron device with autosampler.
Перед началом измерений неизвестных веществ системой Elegant NMR с помощью автосемплера следует поместить штатив с пробирками в автосемплер, соединенный с измерительным аппаратом Elmathron,
и нажать кнопку в общем меню программы с символом автосемплера,
чтобы перейти в программное окно Measurements with Autosampler
Before starting measurement of an unknown substance using an autosampler, you should place a rack with test tubes in an autosampler connected to an Elmathron measuring device, and then press the Measurements with Autosampler button in the general menu (i.e. the autosampler symbol) to go to the Measurements with Autosampler screen
Далее Вы можете вводить параметры измерений в каждом из полей ввода в окне Measurements with Autosampler screen
следуя подсказкам и рекомендациям для получения максимально точного и быстрого результата Вашего эксперимента.
Если какой-либо параметр в полях ввода программного окна Measurements with Autosampler был введен Вами неточно,
(например, Вы случайно написали буквы вместо цифр в поле Maximum Time), то, в этом случае, у Вас это поле будет подсвечено
красным цветом, а также у Вас не будет возможности нажать кнопку старта эксперимента Run Continuous Measurements.
Next, you can enter measurement parameters in each of the input fields in the Measurements with Autosampler screen Follow the recommendations in the prompts to get maximally accurate and fast results!
If any parameter in the Measurements with Autosampler screen was entered inaccurately (for example, you accidentally wrote letters instead of numbers in the Maximum Time field), then the field with erroneous input will be highlighted in red and you will not be able to initiate the experiment until it is corrected.
Device Name:
В предложенном списке Вы можете выбрать необходимые наименования измерительных аппаратов Elmathron, которые будут использоваться Вами для измерений в автосемплером.
Внимание! В этом списке показаны только те аппараты Elmathron, которые подключены к автосемплерам, в соответствии с настройками в программном окне Settings
In this list, the Elmathron measuring devices to be used for measurements with an autosampler can be selected by name.
Attention! This list shows only those Elmathron devices that are connected to autosamplers, according to the Settings screen
После того, как Вы выбрали из списка Device Name необходимое наименование аппарата Elmathron с подключенным к нему автосемплером, Вы увидите в окне
Measurements with Autosampler картинку с визуализацией
и результатами распознавания всех проб веществ в автосемплере, которые на текущий момент видит система компьютерного зрения автосемплера.
When you select an Elmathron device with a connected autosampler from the Device Name list, you will see in the Measurements with Autosampler screen an image and the computer vision-based recognition results of all samples in the associated autosampler at the present moment.
Autosampler Method:
В автосемплере измерительной системы Elegant NMR есть возможность проведения разных методов отбора проб.
Если Вы анализируете набор веществ в пробирках или в плашках в автосемплере, то Вам следует выбрать из предложенного списка способ отбора проб Liquid from Tubes.
Если Вы анализируете набор веществ в закрытых виалах с резиновыми крышками, то отбор проб можно осуществить методом Liquid from Closed Vials.
В этом случае для отбора проб будет использована тонкая игла, которая проколет крышку виалы и выполнит отбор проб.
Если Вы анализируете газовую фазу в виалах, тогда Вам необходимо выбрать метод Gas from Vials.
Для нелетучих жидких веществ и твердых веществ Вы можете использовать метод отбора проб посредством тлеющего разряда или методом MALDI.
Если Вы анализируете набор веществ в плашках, тогда надо выбрать 2D Glow Discharge Emmision или 2D MALDI on Prescribed Positions методы.
В случае, когда у Вас анализируется 3D объект, и Вы хотите изучить химический состав поверхности этого объекта так, чтобы автосемплер сам провел
в каждой точке поверхности такой анализ, - Вам необходимо выбрать 3D Surface Glow Discharge Emission или 3D Surface MALDI методы.
По умолчанию, используется опция Liquid from Tubes.
It is possible for the autosampler to carry out different sampling methods.
If you are analyzing a set of substances in test tubes or in the microwell plates or positions of a liquid autosampler, then you should choose the sampling method Liquid from Tubes.
If you are analyzing a set of substances in closed vials with rubber caps, you should select the Liquid from Closed Vials method. In this case, a thin needle will be used to pierce the vial lid and extract the sample for analysis.
If you analyze a gas phase in vials, then you need to select the Gas from Vials method.
For non-volatile liquids and solids, you can use either the glow discharge sampling method or the MALDI method.
If you are analyzing a set of solid state substances in microtest plates or dies, then you need to choose 2D Glow Discharge Emission or 2D MALDI on Prescribed Positions methods.
In the case where you are analyzing a 3D object want to study the chemical composition at each point of the object's surface, you will need to select either the 3D Surface Glow Discharge Emission or 3D Surface MALDI method.
By default, the Liquid from Tubes option is used.
Cleaning between Probes:
В этом поле Вы можете выбрать способ очистки входного тракта между вводом проб из автосемплера в измерительный аппарат Elmathron.
Здесь можно выбрать следующие способы очистки:
No: без очистки;
Gas Cleaning: газовая очистка;
Liquid Cleaning: жидкостная очистка;
Gas and Liquid Cleaning: газовая очистка с одновременной жидкостной очисткой.
По умолчанию, используется опция No.
Важным этапом анализа веществ с помощью автосемплера является очистка входного тракта между пробами. Если концентрации веществ в различных пробах не сильно меняются, и точность анализа для Ваc
не так сильно важна, тогда Вы можете отказаться от очистки между пробами. Но, для большей точности анализа, мы рекомендуем Вам провести очистку одним из предложенных способов очистки.
В случае способа Gas Cleaning, Вы должны присоединить коннектор с очищающим газом,
а в случае очистки Liquid Cleaning, у Вас должна быть в автосемплере проба с названием LC, в которой находится растворитель для очистки.
An important part of analysis with an autosampler is the cleaning of the inlet parts between samples.
If analyte concentrations do not vary much between samples, and the accuracy of the analysis is not so important, then you can choose not to clean the inlet parts between samples.
That said, for greater analysis accuracy, we recommend you select one of the cleaning options.
When using the Gas Cleaning option, a connector must supply cleaning gas, and when using the Liquid Cleaning option, you should have a sample named LC that contains the cleaning solvent.
Several Attempts Allowed:
Для оптимизации времени анализа система Elegant NMR может провести первичный анализ для каждой пробы, и, далее, при необходимости, уточнить полученный результат.
В этом случае, одна и та же проба может быть проанализирована несколько раз. Чтобы позволить автосемплеру проводить такое уточнение, выберите, пожалуйста, опцию
Adaptive.
По умолчанию, автосемплер работает в режиме без уточнения, то есть используя опцию No.
The Elegant NMR system can carry out an initial analysis for each sample, and if necessary refine the result by analyzing the same sample multiple times.
To allow the system to do this with the autosampler, please select the Adaptive option.
By default, multiple injection attempts are not made with an autosampler, indicated by the No option.
Maximum Sample Volume:
В этом поле Вам рекомендуется ввести максимально допустимый объем каждой пробы для измерений, а также выбрать единицы измерения объема.
Вам следует сначала проанализировать расчетные данные программного калькулятора и затем ввести значение максимально допустимого объема.
Например, Вы можете определить, какой объем пробы Вам необходим для анализа, ориентируясь на расчетное значение объема из поля калькулятора Extra-Detector Volume ,
которое характеризует величину смешивания двух соседних зон с различными веществами при прохождении их по входному тракту.
Значение вводимого Вами максимального объема пробы для измерений должно быть существенно больше,
чем расчетное значение объема, которое характеризует величину смешивания двух соседних зон с различными веществами.
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
Here, you enter the maximum allowable volume of the substance in a sample being measured and select the volume units.
You should first analyze the calculated data in the calculator field and then enter the maximum allowable volume.
You can determine the minimum sample volume of the investigated substance required for analysis based on the calculated Extra-Detector Volume; that is, the maximum sample volume of substance must be significantly greater than the calculated extra-detector volume of the inlet tract.
You can also leave this field blank.
Минимально возможный объем пробы для одного анализа в аппарате Elmathron составляет порядка 100 nL жидкости и порядка 5 μL газа.
Для более точного анализа мы рекомендуем Вам брать для измерений на 2-3 порядка больше исследуемого вещества.
Если у Вас для каждой пробы есть достаточный объем вещества для измерений, Вы можете не заполнять поле Maximum Sample Volume.
The smallest possible sample volume for one analysis in the Elmathron device is about 100 nL for liquid and about 5 μL for gas.
To ensure accurate analysis, we recommend that you utilize 2-3 orders of magnitude more of the investigated substance.
If you have a sufficient volume of each sample, you can leave the Maximum Volume field blank.
Action Buttons:
Машинное зрение автосемплера показывает картинку визуализации текущего расположения проб веществ внутри автосемплера и результаты распознавания местоположения проб,
которые отображаются в виде маркеров-окружностей оранжевого цвета, с названием этих маркеров внутри каждой такой окружности.
Если Вы хотите поменять местоположение проб или изменить их названия, Вы можете воспользоваться специальными опциями для поля визуализации.
Для этого у Вас есть две опции, которые выбираются слайдером Edit-Delete.
Опция Edit предназначена для следующих действий в поле визуализации:
Вы можете менять местоположение пробы с помощью мышки:
если Вы удерживаете мышкой край окружности маркера, то двигаться будет только этот край, а противоположный край будет оставаться на месте с изменением диаметра окружности;
если Вы кликните мышкой в центральную часть окружности маркера, то будет двигаться вся окружность без изменения ее диаметра;
Вы можете посмотреть полное название маркера в поле Name, кликнув на его окружность мышкой, и, при необходимости, в этом поле отредактировать название;
Вы можете внести новый маркер в поле визуализации, кликнув мышью на пустое пространство, достаточно далеко от любых других маркированных проб.
Выделенный маркер, для которого в поле Name отображается его полное название, всегда имеет красный цвет.
Опция Delete предназначена для удаления любого маркера, кликнув на него мышкой.
Для устранения случайных ошибок ввода Вы можете отменить предыдущее действие или вернуться к отмененному действию воспользовавшись кнопками <(Undo) и >(Redo).
The software shows a picture of the current sample load inside the autosampler and the computer vision-based system recognition of sample locations, which are displayed as an overlay on the image - blue circles containing the respective sample names.
To change a sample's location or name, use the special options for the visualization field.
There are two such options, which are selected with the Edit-Delete slider.
The Edit option is intended for carrying out the following actions:
Change the location of a sample with the mouse:
If you press and hold at the edge of a marker circle, then only that edge will move; the opposite edge will remain in place, thereby letting you change the diameter of the circle.
If you click in the central part of a marker circle, you can move the whole circle without changing its diameter.
Load the full name of a marker in the Name field by clicking on its circle, and, if necessary, rename the sample by editing that field.
Add a new marker to the visualization field by clicking on an empty space that is sufficiently separated from any other marked samples.
When a marker is selected, its full name is displayed in the Name field and it is highlighted in red.
The Delete option is intended for the deletion of a marker, which is done by clicking on it with the mouse.
In the event of an accidental input error, you can revert a previous action or restore a canceled action using the buttons < (Undo) and > (Redo).
Для оптимизации времени проведения Вашего анализа и объема исследуемого вещества, мы предлагаем Вам воспользоваться специальным полем с калькулятором для
расчета важных параметров входного тракта, таких как:
величина задержки анализируемого вещества во входном тракте Delay (Velocity) Range;
общий объем входного тракта Total Inlet Volume;
объем Extra-Detector Volume, характеризующий величину смешивания двух соседних зон входного тракта с различными веществами.
Расчет этих параметров позволит Вам правильно определить, какие именно значения параметров анализа необходимо ввести в последующие поля ввода для оптимального выполнения Вашего эксперимента.
Для того, чтобы открыть рабочее поле с калькулятором, воспользуйтесь, пожалуйста, кнопкой Open Calculator.
После введения Вами всех интересующих параметров Вашего входного тракта Inlet Parameters в поле калькулятора, Вы можете сделать расчет соответствующих характеристик для ввода пробы, нажав на кнопку Calculate.
Обращаем Ваше внимание, что результаты расчета калькулятора зависят от выбранных значений в списке Fluid Viscosity!
To optimize the runtime and the volume of the investigated substance, we suggest you calculate important parameters of the inlet tract, such as:
the duration of analyte delay in the inlet tract: Delay (Velocity) Range;
the total volume of the inlet tract: Total Inlet Volume
;
the Extra-Detector Volume, which characterizes the level of mixing between two adjacent zones with different substances in the inlet tract.
Calculating these parameters will allow you to correctly determine which values should be entered to ensure optimal performance of your experiment.
To open a working field with a calculator, please click the Open Calculator button.
After you have entered all inlet parameters for your input tract, the corresponding inlet tract parameters can be calculated by clicking on the Calculate button.
Please note that the calculation results depend on the values selected in the Fluid Viscosity list!
Delay (Velocity) Range:
Расчетный диапазон величин времени задержки анализируемого вещества во входном тракте и диапазон скоростей прохождения вещества по входному тракту
вычисляются программным калькулятором на основе введенных Вами параметров для входного тракта, (например, размеров капилляров и фильтров).
В скобках также указан расчетный диапазон скоростей прохождения вещества по входному тракту при соответствующих временах задержки.
Так как эти расчетные характеристики зависят от вязкости исследуемого вещества, Вам необходимо вначале выбрать вязкость исследуемого вещества, и затем
принимать решение, какие соединительные элементы входного тракта Вы можете использовать.
Обращаем Ваше внимание, что если минимальное и максимальное значения диапазонов будут близки друг к другу по значению, точность анализа может быть плохой.
Если в обоих полях ввода появляются символы прочерка вместо цифровых значений, то это будет означать, что, для выбранных Вами настроек, проведение анализа невозможно.
В этом случае, Вам необходимо выбрать другой тип соединений входного тракта или отказаться от анализа очень вязких веществ с использованием выбранного Вами входного тракта.
Analyte delay times and flow velocities of the substance passing through the inlet tract are calculated as ranges by the software based on the parameters you entered for the inlet tract (for example, capillary and filter sizes).
The calculated flow velocity corresponding to a delay time is indicated in parentheses.
Since these calculated characteristics depend on the viscosity of the test substance, you must first select its viscosity and then decide which connection elements of the inlet tract you will use.
Please note that if the minimum and maximum values are close to each other in value, the accuracy of the analysis may be poor.
If dash symbols rather than numerical values appear in both input fields, analysis is not possible for the settings you have selected.
In this case, you need to choose a different type of inlet connection or refrain from analyzing highly viscous substances using the selected inlet tract.
Total Inlet Volume:
Расчетное значение общего объема входного тракта вычисляется программным калькулятором на основе введенных Вами параметров для входного тракта,
(например, размеров капилляров и фильтров).
Ориентируясь на это значение, Вы можете определить, какой объем исследуемого вещества Вам необходим для анализа,
и учесть это расчетное значение при вводе объема исследуемого вещества в поле Maximum Volume, значение которого должно быть существенно больше,
чем расчетное значение общего объема входного тракта.
This value represents the calculated total volume of the inlet tract, which is determined by the software based on the entered inlet tract parameters (for example, capillary and filter sizes).
With this value, you can determine how much of the investigated substance you need for analysis; that is, the volume you enter for the investigated substance in the Maximum Volume field should be significantly greater than the calculated total volume of the inlet tract.
Extra-Detector Volume:
Расчетное значение объема, которое характеризует величину смешивания двух соседних зон с различными веществами при прохождении их по входному тракту,
вычисляется программным калькулятором на основе введенных Вами параметров для входного тракта, (например, размеров капилляров и фильтров).
Ориентируясь на это значение, Вы можете определить, какой объем каждой пробы вещества необходим для анализа.
Необходимо учитывать, что этот объем должен быть существенно больше, чем расчетное значение объема, которое характеризует величину смешивания двух соседних зон с различными веществами.
This value characterizes the degree of mixing that occurs between two adjacent zones harboring different substances in the inlet tract.
It is calculated by the software based on the entered inlet tract parameters (for example, capillary and filter sizes).
With this value, you can determine how much of each sample is needed for analysis; that is, the sample volume should be significantly higher than this calculated value.
This volume should be significantly higher than the calculated value of the volume, which characterizes the amount of mixing of two adjacent zones with different substances.
Total Inlet L/Kd/S:
Суммарное значение L/Kd/S входного и внутреннего трактов входит в уравнение Дарси так, что величина жидкостного сопротивления линейно зависит от этого
коэффициента, скорости потока и вязкости жидкости в потоке.
Эта величина вычисляется на основе заданных ниже параметров соединений и используется для расчетов Delay (Velocity) Range. Чем больше это значение,
тем медленнее Вы можете прокачивать жидкость по входному потоку.
The total L/Kd/S of the inlet and internal tracts is used in the Darcy equation.
The value of the fluid resistance is linearly dependent on this coefficient, the flow rate, and the viscosity of the fluid in flow.
This value is determined based on the connection parameters described below and is used to calculate the Delay (Velocity) Range.
The larger this value, slower the fluid must be pumped through the inlet.
Capillary Lenght and Diameter:
Здесь Вам необходимо ввести параметры капилляра в поля ввода, соответственно: длину Lca и внутренний диаметр Dca, в миллиметрах.
Эти параметры могут также импортироваться из базы экспериментов системы Elegant NMR в эти поля ввода, если Вы ранее уже делали подобный эксперимент.
В этом случае, Вы имеете возможность, изменив вязкость исследуемого вещества в поле Fluid Viscosity и нажав далее на кнопку Calculate,
рассчитать и определить на основании расчетных данных, подходит ли выбранная вязкость при аналогичных параметрах входного тракта для Вашего эксперимента.
Please enter capillary parameters in the corresponding input fields: length Lca and inner diameter Dca both in millimeters.
These parameters can also be imported from the Elegant NMR system's experiment database if a similar experiment has already been carried out.
By changing the value in the Fluid Viscosity field and clicking on the Calculate button, you can determine whether the combination of inlet tract parameters and substance viscosity is suitable.
Union Dead Volume Lenght and Diameter:
Здесь Вам необходимо ввести параметры юниона в поля ввода, соответственно: длину Lun и внутренний диаметр Dun, в миллиметрах.
Эти параметры необходимы для расчета паразитного объема внутри юниона.
Если Вы считаете, что паразитный объем юниона стремиться к нулю, то укажите, пожалуйста, в обоих позициях 0.
Эти параметры могут также импортироваться из базы экспериментов системы Elegant NMR, если Вы ранее уже делали подобный эксперимент.
В этом случае, Вы имеете возможность, изменив вязкость исследуемого вещества в поле Fluid Viscosity и нажав далее на кнопку Calculate,
рассчитать и определить на основании расчетных данных, подходит ли выбранная вязкость при аналогичных параметрах входного тракта для Вашего эксперимента.
Please enter the parameters of the union in the corresponding input fields: length Lun and inner diameter Dun in millimeters.
These parameters are required for calculating the dead volume inside the union. If you think that the dead volume of the union tends to zero, specify 0 in both fields.
These parameters can also be imported from the Elegant NMR system's experiment database if a similar experiment has already been carried out.
By changing the value in the Fluid Viscosity field and clicking on the Calculate button, you can determine whether the combination of inlet tract parameters and substance viscosity is suitable.
Connector Dead Volume Lenght and Diameter:
Здесь Вам необходимо ввести параметры коннектора в поля ввода, соответственно: длину Lco и внутренний диаметр Dco, в миллиметрах.
Эти параметры необходимы для расчета паразитного объема внутри коннектора.
Если Вы считаете, что паразитный объем коннектора стремиться к нулю, то укажите в обоих позициях 0.
Эти параметры могут также импортироваться из базы экспериментов системы Elegant NMR, если Вы ранее уже делали подобный эксперимент.
В этом случае, Вы имеете возможность, изменив вязкость исследуемого вещества в поле Fluid Viscosity и нажав далее на кнопку Calculate,
рассчитать и определить на основании расчетных данных, подходит ли выбранная вязкость при аналогичных параметрах входного тракта для Вашего эксперимента.
Please enter the connector parameters in the corresponding input fields: length Lco and inner diameter Dco in millimeters.
These parameters are required for calculating the dead volume inside the connector.
If you think that the dead volume of the connector tends to zero, specify 0 in both positions.
These parameters can also be imported from the Elegant NMR system's experiment database if a similar experiment has already been carried out.
By changing the value in the Fluid Viscosity field and clicking on the Calculate button, you can determine whether the combination of inlet tract parameters and substance viscosity is suitable.
Standard Filter:
Здесь Вы можете выбрать из предложенного списка фильтр, который Вы уже используете во входном тракте, по номеру стандартного in-line HPLC фильтра известных производителей.
Этот номер стандартного фильтра может также импортироваться из базы экспериментов системы Elegant NMR, если Вы ранее уже делали подобный эксперимент.
В этом случае, Вы имеете возможность, изменив вязкость исследуемого вещества в поле Fluid Viscosity и нажав далее на кнопку Calculate,
рассчитать и определить на основании расчетных данных, подходит ли выбранная вязкость при тех же параметрах входного тракта для нового типа эксперимента.
Here you can select the filter being used in the inlet tract; each number corresponds to a standard in-line HPLC filter from well-known manufacturers.
These parameters can also be imported from the Elegant NMR system's experiment database if a similar experiment has already been carried out.
By changing the value in the Fluid Viscosity field and clicking on the Calculate button, you can determine whether the combination of inlet tract parameters and substance viscosity is suitable.
Filter Parameters:
Если Вы не нашли в предложенном списке Standard Filter необходимый фильтр, который используется в Вашем входном тракте, Вы можете здесь указать параметры
Вашего фильтра, соответственно: в первом поле ввода L/Kd/S - величину отношения толщины L фильтра, в миллиметрах, к произведению коэффициента
проницаемости Kd и площади сечения S потока, в квадратных миллиметрах, во втором поле - примерный объем Vmix фильтра, в микролитрах.
Если Kd Вам неизвестен, то можно приблизительно оценить его по формуле:
Kd = ε d2 / 64, где
d - средний диаметр пор фильтра, в миллиметрах,
ε - пористость фильтра, то есть доля объема пор от общего объема.
Если расчет значения L/Kd/S в миллиметрах, вызывает сложности, посчитайте, пожалуйста, его сначала в единицах СИ (в метрах) и затем разделите на 109.
Эти параметры могут также импортироваться из базы экспериментов системы Elegant NMR, если Вы ранее уже делали подобный эксперимент.
В этом случае, Вы имеете возможность, изменив вязкость исследуемого вещества в поле Fluid Viscosity и нажав далее на кнопку Calculate,
рассчитать и определить на основании расчетных данных, подходит ли выбранная вязкость при аналогичных параметрах входного тракта для Вашего эксперимента.
If you did not find your inlet tract filter in the list offered under Standard Filter, you can specify its parameters here: L/Kd/S the ratio of the thickness L of the filter, in millimeters, to the product of the permeability coefficient Kd and the cross-sectional area S of the flow, in square millimeters; and the approximate volume Vmix of the filter, in microliters.
If Kd is unknown, you can roughly estimate it with the formula:
Kd = ε d2 / 64, where
d is the average pore diameter of the filter, in millimeters, and
ε is the filter porosity, i.e. the proportion of pore volume in the total volume.
If calculating the L/Kd/S value in millimeters is difficult, please calculate it first in meters and then divide by 109.
These parameters can also be imported from the Elegant NMR system's experiment database if a similar experiment has already been carried out.
By changing the value in the Fluid Viscosity field and clicking on the Calculate button, you can determine whether the combination of inlet tract parameters and substance viscosity is suitable.
После расчета программным калькулятором ориентировочных параметров, необходимых для оптимизации Вашего эксперимента, Вы можете
далее перейти к заполнению оставшихся полей ввода для выполнения анализа исследуемого вещества.
After calculating approximations of the parameters required to optimize your experiment, you can proceed with filling in the remaining input fields in preparation for performing substance analysis.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации, как правильно использовать функциональность поля Device Inspection,
чтобы провести предварительную инспекцию и обеспечить хорошую точность анализа измерительной системой Elegant NMR.
Внимание! Проведение инспекции при температуре, существенно отличающейся от комнатной (15-30℃), не допускается!
The current information window contains useful recommendations on how to properly use the Device Inspection section to perform a preliminary check and ensure good accuracy of analyses using the Elegant NMR measuring system.
Attention! Do not conduct inspection at a temperature significantly different from room temperature (15-30℃) !
Verify Inlet Parameters:
Вы можете выбрать этот чек бокс, чтобы проверить насколько надежно и точно функционирует входной тракт Вашей измерительной системы.
Например, если фиттинг в юнионе затянут ненадежно, это может создать нежелательный дополнительный объем внутри юниона, в котором, в этом случае, будет происходить смешение различных проб анализируемых веществ.
Мы рекомендуем Вам выполнить эту инспекцию, если Вы не уверены в надежности сборки входного тракта, а также если Вы заметили
какие-то несоответствия в результатах измерений, особенно, в соответствии времени измерения и времени забора пробы.
Для такой проверки измерительному аппарату Elmathron необходимо осуществить несколько заборов проб известных веществ.
После забора каждой такой пробы, аппарат Elmathron будет запрашивать поменять вещество, в которое будет помещен входной тракт.
Вам необходимо следовать всем указаниям, приведенным ниже в поле Device Inspection, чтобы вовремя менять вещество на входе тракта и далее использовать кнопки Run для продолжения каждой стадии инспекции.
Пожалуйста, используйте вещества для очистки с вязкостью, не превышающей существенно вязкость изопропанола при комнатной температуре!
Если Вы используете одни и те же вещества для проб, Вы можете совместить процедуры Verify Inlet Parameters, Perform Cleaning, Check Baseline, что значительно сэкономит время инспекции.
Select this check box to confirm the reliability of the inlet tract for your measurement system.
For example, if the fitting in a union is not tightened securely, undesirable additional volume can be created within the union, in which case mixing of different analyte samples will occur.
We recommend that you perform this inspection if you are unsure of the performance and reliability of the inlet assembly, or if you notice any inconsistencies in measurement results.
During the inspection process, the Elmathron measuring device needs to take several samples of known substances. After each sample has been taken, the Elmathron will ask you to swap out for the next substance into which the inlet tract will be placed.
You will need to follow all such instructions and click each corresponding Run button to progress through all stages of the inspection.
Please use sample substances whose viscosity does not significantly exceed that of isopropanol at room temperature!
If your cleaning agents are the same as your sample substances, you can combine the Verify Inlet Parameters, Perform Cleaning, and Check Baseline procedures, which will significantly save on inspection time.
Perform Cleaning:
Вы можете выбрать этот чек бокс, чтобы провести очистку входного тракта необходимыми веществами.
Измерительный аппарат Elmathron перед проведением анализа и после каждого измерения калибрует базовую линию, оценивая количество осевших внутри примесей от предыдущих экспериментов,
и, усредняя это количество примесей, вычитает его из проанализированного состава веществ.
К сожалению, если этих примесей много, то, в этом случае, достаточно сложно гарантировать хорошую чувствительность анализа,
поэтому мы рекомендуем Вам выполнять очистку как всего входного тракта, так и внутренней части входного тракта аппарата Elmathron.
Если Вам уже известен состав примесей на стенках входного и внутреннего трактов аппарата Elmathron, и Вы получили рекомендации по их удалению, тогда Вам следует внести
два вещества для очистки в строках Cleaning Substances, в соответствии с этими рекомендациями.
Если у Вас еще нет таких рекомендаций, то, в этом случае, выберите, пожалуйста, два простых вещества, по возможности, максимально свободных от примесей.
Обычно это может быть дистиллированная вода (0.9 mPa•s/25℃), ацетон (0.3 mPa•s/25℃) или низкомолекулярные спирты: метанол (0.5 mPa•s/25℃),
этанол (1.1 mPa•s/25℃) или пропанол/изопропанол (2.0 mPa•s/25℃).
Пожалуйста, используйте вещества для очистки с вязкостью, не превышающей существенно вязкость изопропанола при комнатной температуре!
Select this check box to clean the inlet tract with cleaning agents.
Before analysis and after each measurement, the Elmathron measuring device calibrates its baseline, assessing the amount of impurities deposited inside from previous experiments and subtracting the averaged impurity amount from the measured composition of analyzed substances.
Unfortunately, if there the impurities are excessive, then it becomes quite difficult to guarantee good analysis sensitivity.
Accordingly, we recommend that you regularly clean both the entire inlet tract and the internal tract of the Elmathron device.
If you already know the composition of the impurities and have received recommendations for their removal, please enter two substances in the Cleaning Substances section in accordance with those recommendations.
If you do not have such recommendations, please select two simple substances that are as free from impurities as possible.
Usual cleaning substances include: distilled water (0.9 mPa•s/25℃), acetone (0.3 mPa•s/25℃, and low-molecular-weight alcohols:
methanol (0.5 mPa•s/25℃), ethanol (1.1 mPa•s/25℃), or propanol/isopropanol (2.0 mPa•s/25℃).
Please use cleaning agents whose viscosity does not significantly exceed that of isopropanol at room temperature!
Check Baseline:
Вы можете выбрать этот чек бокс, чтобы выполнить оценку количественного и качественного (химического) составов базовой линии для получения рекомендаций по детальной очистке
входного тракта аппарата Elmathron.
Во время проведения экспериментов, анализируемые вещества проходят через весь входной тракт и через внутренние части аппарата Elmathron. В некоторых случаях,
часть веществ может адсорбироваться во время прохождения по внутреннему тракту и, в последствии, вымываясь, попадать в область измерений аппарата Elmathron,
создавая дополнительную базовую линию.
Нельзя заранее точно предугадать поведение всех веществ во время анализа, поэтому, иногда, приходится наблюдать остаточные отклики от веществ предыдущих экспериментов.
Перед проведением анализа, а также после каждого измерения, аппарат Elmathron калибрует базовую линию, оценивая количество осевших внутри примесей от
предыдущих экспериментов, и, усредняя это количество примесей, вычитает его из проанализированного состава веществ. К сожалению, если этих примесей много, то,
в этом случае, достаточно сложно гарантировать хорошую чувствительность анализа, поэтому мы рекомендуем Вам выполнять очистку как всего входного тракта,
так и внутренней части входного тракта аппарата Elmathron.
Select this check box to perform baseline scoring and quantitative and qualitative chemistry assessments from which to generate recommendations for detailed cleaning of the inlet tract of the Elmathron device.
During experiments, analytes pass through the inlet tract and through the internal parts of the Elmathron measurement device.
Some substances can be adsorbed during that passage and subsequently fall into the measurement area of the Elmathron device, creating an additional baseline.
It is impossible to accurately predict the behavior of all substances in advance, hence it is inevitable that some residual responses will be observed.
Before analysis and after each measurement, the Elmathron measuring device calibrates its baseline, assessing the amount of impurities deposited inside from previous experiments and subtracting the averaged impurity amount from the measured composition of analyzed substances.
Unfortunately, if there the impurities are excessive, then it becomes quite difficult to guarantee good analysis sensitivity.
Accordingly, we recommend that you regularly clean both the entire inlet tract and the internal tract of the Elmathron device.
Please use cleaning agents whose viscosity does not significantly exceed that of isopropanol at room temperature!
Speed/Accuracy Balance:
Здесь Вы можете выбрать желаемый уровень скорости проведения инспекции.
Самая быстрая скорость Fast позволит Вам быстро получить необходимые параметры и, если Вы также выбрали опцию очистки, проведет и очистку.
Другие уровни скорости проведения инспекции Accurate и Very Accurate позволят Вам более надежно выполнить как оценку всех параметров, так и провести очистку.
Выбрав выше один или несколько типов инспекции и выбрав уровень скорости этой инспекции, предварительно и довольно оценочно определяется время на проведение этой инспекции Testimated.
Here you can select the speed at which the inspection is conducted.
The fastest speed level Fast will allow you to quickly obtain necessary parameters and, if you have selected the cleaning option, will also carry out the cleaning.
Meanwhile, the options Accurate and Very Accurate will allow you to more reliably evaluate all parameters.
After choosing one or several types of inspection and the speed at which the inspection is to be carried out, the estimated time needed for conducting the inspection is reported as Testimated which is a preliminary value.
Cleaning Substances:
Если Вам уже известен состав примесей на стенках входного и внутреннего трактов аппарата Elmathron, и Вы получили рекомендации по их удалению, тогда Вам следует внести
два вещества для очистки в строках Cleaning Substances в соответствии с этими рекомендациями.
Если у Вас еще нет таких рекомендаций, то, в этом случае, выберите два простых вещества, по возможности, максимально свободных от примесей.
Обычно это может быть дистиллированная вода, ацетон или низкомолекулярный спирт: метанол, этанол или пропанол/изопропанол.
Пожалуйста, используйте вещества для очистки с вязкостью, не превышающей существенно вязкость изопропанола при комнатной температуре!
Далее Вам необходимо указать CID номера веществ для очистки. Если в качестве вещества для очистки Вы планируете использовать смесь веществ, Вам необходимо
указать CID номер каждого вещества в смеси и далее, в скобках, процентные доли соответствующих веществ в смеси. Например, 962(89%) 176(1%) 6342(10%)
соответствует раствору 1% уксусной кислоты и 10% ацетонитрила в воде.
Номера CID Вы можете заранее найти в программном окне Search for Molecules in the HugeMDB
Для опции инспекции Verify Inlet Parameters мы рекомендуем использовать только те вещества, которые имеют 100% взаимное смешивание.
Для опции инспекции Check Baseline мы рекомендуем использовать разные по химическому составу смеси S1 и S2, в которых нет двух одинаковых веществ.
If you already know the composition of the impurities and have received recommendations for their removal, please enter two substances in this section in accordance with those recommendations.
If you do not have such recommendations, please select two simple substances that are as free from impurities as possible.
Usual cleaning substances include: distilled water, acetone, or low-molecular-weight alcohols: methanol, ethanol, or propanol/isopropanol.
Next, you need to indicate the CID numbers of your selected cleaning agents.
If you plan to use a mixture as a cleaning agent, you must indicate the CID number of each constituent, separated by spaces or commas, along with the percentage in the mixture that it comprises, in parentheses.
For example, 176(1%) 962(89%) 6342(10%) corresponds to a solution of 1% acetic acid (CID=176) and 10% acetonitrile (CID=6342) in water (CID=962). You can look up CID numbers in advance using the Search for Molecules in the HugeMDB screen
For the inspection mode Verify Inlet Parameters, we recommend using only those substances which have 100% mutual mixing.
For the inspection mode Check Baseline, we recommend that S1 and S2 be mixtures of different chemical composition, in which no two substances are equal.
Cleaning Stages:
В этом поле Вам необходимо выполнить несколько последовательных действий, а именно:
поместить вход входного тракта на воздух, по возможности, не загрязненный какими-то сторонними газами;
поместить вход входного тракта в вещества для очистки S1 или S2;
нажать кнопку Run для первой стадии, чтобы получить оценку времени Testimated, которое определяет сколько надо подождать, пока первая стадия очистки будет выполнена.
По окончании каждой стадии, кнопка Run следующей стадии становится активной.
Вам необходимо, таким образом, выполнить все предложенные 7 стадий очистки.
После полной очистки Вы получите небольшой отчет о результатах инспекции.
Вы также можете сравнить значения параметров входного тракта и принять решение, стоит ли Вам его модифицировать или же экспортировать полученные параметры
Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume и Total Inlet L/Kd/S в поле параметров калькулятора с помощью кнопки Export to Calculator.
In this section you perform several consecutive actions, namely:
placing the inlet of the inlet tract in air that is, if possible, not contaminated with any third-party gases;
placing the inlet of the inlet tract in cleaning agent S1 or S2 as appropriate;
pressing the Run button for the current stage to conduct the cleaning step. This also generates the estimated time Testimated which represents how long the cleaning is expected to take.
At the end of each stage, the Run button of the next stage becomes active. You must complete all seven stages of cleaning.
After completion, you will receive a brief report on the results of the inspection.
You can also compare the values of the inlet tract parameters and decide whether you should modify them, or, using the Export to Calculator button, export the obtained parameters Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume, and Total Inlet L/Kd/S to the calculator.
Estimated Parameters:
После выполнения инспекции, в поле Estimated parameters будут автоматически показаны параметры Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume и
Total Inlet L/Kd/S, которые Вы можете сравнить с параметрами, вычисленными с помощью программного калькулятора.
Если значения параметров существенно отличаются, то мы Вам рекомендуем проверить наличие ошибок в указании типов параметров входного тракта или ошибок в соединении.
Большие различия в параметрах Total Inlet Volume обычно происходят от большого неучтенного объема во входном тракте. Например, в юнионе не до конца присоединен капилляр,
или указано неправильное значение длины или диаметра капилляра.
Большие различия в параметрах Extra-Detector Volume обычно происходят из-за ошибок в сборке. Например, в юнионе не до конца присоединен капилляр, и полученный объем создает
сильное смешение соседних зон.
Большие различия в параметрах Total Inlet L/Kd/S обычно происходят от неправильно указанного типа фильтра или его параметров, а также при деградации
самого фильтра, которая сильно уменьшает его пропускную способность.
Вы также сможете сравнить значения параметров входного тракта и принять решение, стоит ли Вам его модифицировать или же импортировать полученные параметры
Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume и Total Inlet L/Kd/S в поле параметров калькулятора с помощью кнопки Export to Calculator.
After the inspection, the Estimated Parameters section will automatically display the Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume, and Total Inlet L/Kd/S parameters, which you can compare with the values determined using the software calculator.
If the values differ significantly, then we recommend that you check for errors in the specifications entered for the inlet tract or in the connection.
Large differences in Total Inlet Volume are usually due to there being a large unaccounted-for volume in the inlet tract.
For example, in a union, such differences may result if the capillary is not fully connected or if the length or diameter of the capillary is entered incorrectly.
Large differences in Extra-Detector Volume are usually due to connection issues.
For example, in a union where a capillary is not fully attached, the resulting volume creates strong mixing of adjacent zones.
Large differences in Total Inlet L/Kd/S usually result from an incorrectly specified filter type or filter parameters, or from degradation of the filter, which greatly reduces its throughput.
You can also compare the values of the inlet tract parameters and decide whether you should modify them, or, using the Export to Calculator button, export the obtained parameters Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume, and Total Inlet L/Kd/S to the calculator.
Baseline:
Некоторые вещества, например, ионы тяжелых металлов или полициклические ароматическое углеводороды, могут очень долго оставаться на внутренней поверхности стенок входных
трактов и внутренних частей измерительного аппарата.
DNP NMR отклики таких веществ будут постоянно добавляться в отклики от измеряемых веществ, тем самым, создавая базовую линию и снижая чувствительность измерительного аппарата.
В поле Baseline представлена информация о количественном и качественном составе веществ, составляющих базовую линию, и ожидаемая точность измерения веществ, схожих
или идентичных веществам из базовой линии, для того, чтобы обосновано принять решение по поводу дальнейшей чистки входного тракта.
Some substances, for example heavy metal ions or polycyclic aromatic hydrocarbons, can linger for a very long time on the inner surface of the inlet tract and the inner parts of the measuring device.
The DNP NMR responses of such substances will constantly be added to the responses of subsequently measured substances, thereby creating a baseline and reducing the sensitivity of the measurement device.
The Baseline field contains information on the quantitative and qualitative composition of the substances that make up the baseline, and also reports the expected measurement accuracy of substances similar or identical to those comprising the baseline.
This information is important for making decisions regarding cleaning of the inlet tract.
Suggested Cleaning Substances:
На основании полученных значений уровня и концентраций базовой линии, в поле Suggested cleaning substances появятся рекомендации в виде номеров CID и
процентных концентраций для нескольких составов растворителей для очистки.
Если уровень базовой линии Вас не устраивает, выберите, пожалуйста, на основе этой рекомендации, два растворителя и повторите инспекцию с выбранными опциями Perform Cleaning и Check Baseline.
Based on the obtained baseline level, the contributing substances, and their concentrations, this section will display recommended cleaning solvents in the form of CID numbers and corresponding mixture percentages.
If you are not satisfied with the current baseline level, please select two solvents based on this recommendation and conduct an inspection with the Perform Cleaning and Check Baseline options selected.
Для такой проверки измерительному аппарату Elmathron необходимо осуществить несколько заборов проб известных веществ, пробирки с которыми Вам надо разместить в автосемплере.
When conducting an inspection, the Elmathron measuring device needs to take several samples of known substances, the tubes containing which must be placed in the autosampler.
Cleaning Substances:
Если Вам уже известен состав примесей на стенках входного и внутреннего трактов аппарата Elmathron, и Вы получили рекомендации по их удалению, тогда Вам следует внести
два вещества для очистки в строках Cleaning Substances в соответствии с этими рекомендациями.
Если у Вас еще нет таких рекомендаций, то, в этом случае, выберите два простых вещества, по возможности, максимально свободных от примесей.
Обычно это может быть дистиллированная вода, ацетон или низкомолекулярный спирт: метанол, этанол или пропанол/изопропанол.
Пожалуйста, используйте вещества для очистки с вязкостью, не превышающей существенно вязкость изопропанола при комнатной температуре!
Далее Вам необходимо указать CID номера веществ для очистки. Если в качестве вещества для очистки Вы планируете использовать смесь веществ, Вам необходимо
указать CID номер каждого вещества в смеси и далее, в скобках, процентные доли соответствующих веществ в смеси. Например, 962(89%) 176(1%) 6342(10%)
соответствует раствору 1% уксусной кислоты и 10% ацетонитрила в воде.
Номера CID Вы можете заранее найти в программном окне Search for Molecules in the HugeMDB
Для опции инспекции Verify Inlet Parameters мы рекомендуем использовать только те вещества, которые имеют 100% взаимное смешивание.
Для опции инспекции Check Baseline мы рекомендуем использовать разные по химическому составу смеси S1 и S2, в которых нет двух одинаковых веществ.
Вам необходимо сперва поместить эти смеси для очистки в две пробирки, затем внести их в автосемплер таким образом, чтобы они были видны в поле визуализации
автосемплера, и убедиться, что программа компьютерного зрения автосемплера точно распознала местоположения этих пробирок. Укажите в полях N1 и N2 точно такие
названия проб, какие Вы вписали в поле визуализации автосемплера.
Инспекция начнется после того, как Вы нажмете кнопку Run Inspection, и будет проходить в автоматическом режиме. Примерное время окончания инспекции будет
отображаться рядом с кнопкой Run Inspection.
После полной очистки Вы получите небольшой отчет о результатах инспекции.
Вы также можете сравнить значения параметров входного тракта и принять решение, стоит ли Вам его модифицировать или же импортировать полученные параметры
Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume и Total Inlet L/Kd/S в поле параметров калькулятора с помощью кнопки Export to Calculator.
If you already know the composition of the impurities and have received recommendations for their removal, please enter two substances in this section in accordance with those recommendations.
If you do not have such recommendations, please select two simple substances that are as free from impurities as possible.
Usual cleaning substances include: distilled water, acetone, or low-molecular-weight alcohols: methanol, ethanol, or propanol/isopropanol.
Next, you need to indicate the CID numbers of your selected cleaning agents. If you plan to use a mixture as a cleaning agent, you must indicate the CID number of each constituent, separated by spaces or commas, along with the percentage in the mixture that it comprises, in parentheses.
For example, 176(1%) 962(89%) 6342(10%) corresponds to a solution of 1% acetic acid (CID=176) and 10% acetonitrile (CID=6342) in water (CID=962). You can look up CID numbers in advance using the Search for Molecules in the HugeMDB screen
For the inspection mode Verify Inlet Parameters, we recommend using only those substances which have 100% mutual mixing.
For the inspection mode Check Baseline, we recommend that S1 and S2 be mixtures of different chemical composition, in which no two substances are equal.
Please put the cleaning mixtures in two test tubes, add them to the autosampler so that they are in the autosampler's field of view, and verify that the autosampler's computer vision accurately recognizes the necks of the sample tubes.
Enter in the N1 and N2 fields the exact names of the samples as recognized by the autosampler.
The inspection will start after you click the Run Inspection button, and it will run in automatic mode. The estimated end time will be displayed next to the Run Inspection button.
After completion, you will receive a brief report on the results of the inspection.
You can also compare the values of the inlet tract parameters and decide whether you should modify them, or, using the Export to Calculator button, export the obtained parameters Total Inlet Volume, Extra-Detector Volume, and Total Inlet L/Kd/S to the calculator.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации и примеры, как правильно вводить расширенные параметры в поле Advanced Parameters,
чтобы значительно повысить точность анализа измерительной системой Elegant NMR.
The current information window contains useful recommendations and examples of how to correctly enter parameters in the Advanced Parameters screen so as to significantly improve the quality of analysis.
В измерительном аппарате Elmathron используется метод динамической ядерной поляризации, при котором микроволновое излучение, соответствующее ларморовской частоте
электронов, имеет огибающую в виде ЯМР последовательности. Этот метод запатентован фирмой Elegant Mathematics LLC в 2020 году.
Облучение молекул такой волной приводит к тому, что спины электронов практически не мешают магнетизации спинов ядер. На практике, на одномерных 1Н спектрах, наблюдается
прирост чувствительности в несколько сотен раз, а для многомерных гетероядерных спектров - в сотни тысяч раз.
Этот важный факт позволяет снимать нашей системой Elegant NMR многомерные гетероядерные ЯМР спектры с хорошим разрешением с использованием постоянных магнитов.
The Elmathron measuring device uses the method of dynamic nuclear polarization, in which microwave radiation corresponding to the Larmor frequency of electrons, has an envelope in the form of an NMR sequence.
Company Elegant Mathematics received a patent for a method of generating such waves in 2020.
Irradiation of molecules with such a wave has the advantage of electron spins practically not interfering with the magnetization of nuclear spins. In practice, this method enables one-dimensional 1H spectra to be increased in sensitivity by several hundred times, and multidimensional heteronuclear spectra by hundreds of thousands of times.
This important fact allows Elegant NMR system to record multidimensional heteronuclear NMR spectra with good resolution while using permanent magnets.
Хорошо известно, что многомерные спектры требуют большого времени накопления. Зная примерную форму спектров, можно снимать многомерные спектры не по
всему объему, а разреженно, что позволяет снимать многомерные гетероядерные ЯМР спектры с такой скоростью, как если бы мы снимали несколько одномерных спектров.
It is well known that multidimensional spectra require long accumulation times. However, if the approximate shape of a spectrum is known, it is possible to record multidimensional spectra sparsely rather than across the whole volume; this allows the Elegant NMR system to record multidimensional heteronuclear NMR spectra as quickly as if it were capturing a few one-dimensional spectra.
Если изначально у нас отсутствует какая-либо информация о том, какие вещества находятся в исследуемой смеси, то нам придется вначале снимать, практически весь
многомерный спектр, а затем обрабатывать его специальным образом, чтобы понять, какие классы веществ присутствуют. И только потом приступать к одной, а может быть,
и нескольким попыткам снять разреженный многомерный гетероядерный спектр, по которому можно получить всю необходимую информацию о смеси исследуемых веществ.
К сожалению, такая процедура может потребовать существенного числа попыток проведения анализа и, как следствие, довольно большого расхода исследуемого вещества и времени на анализ.
Если Вам предварительно известны классы веществ, которые Вы планируете анализировать, или у Вас есть какая-либо дополнительная информация о свойствах исследуемого вещества,
в этом случае, Вы можете существенно ускорить анализ и помочь искусственному интеллекту системы Elegant NMR в построении многомерных ЯМР спектров.
If initially there is no information available regarding what substances are in the mixture being analyzed, then at first the system will have to record almost the complete multidimensional spectrum, and then process it in such a way as to elucidate what classes of substances are present. Then, it is feasible to proceed to making one and maybe several attempts to record a sparse multidimensional heteronuclear spectrum, from which it is then possible to obtain all the necessary information concerning the mixture’s components.
Unfortunately, carrying out such a procedure may require a significant number of attempts and, as a consequence, consume a lot of the mixture and considerable time for analysis.
If you know the classes of substances that you plan to analyze, or if you have any additional information about the investigated substance, entering this information can significantly speed the analysis and help the Elegant NMR system in constructing the multidimensional NMR spectra.
Такую дополнительную информацию, активировав опцию расширенных параметров Advanced Parameters, полезно указать в следующих программных окнах:
Continuous Measurements
Measurements with Autosampler
Start Computations
This additional information can be specified in:
Continuous Measurements screen
Measurements with Autosampler screen
Start Computations screen
which each contain a fold-out Advanced Parameters section.
После того, как Вы открыли поле Advanced Parameters, кликнув мышкой на кнопку +Advanced Parameters, Вы можете создать в этом поле одну или несколько
строк дополнительных параметров.
Каждый параметр определяется тем, нужно ли Вам вещество для анализа или нет.
Например, если Вы анализируете слабый водный раствор нескольких простых органических кислот, Вы точно знаете, что в анализируемой смеси много воды, и ее концентрация
Вас не интересует. В этом случае, Вам необходимо выбрать опцию Suppress и далее предоставить информацию о растворителе, то есть, в нашем случае, воде.
Если Вам необходимо найти в исследуемой смеси определенные вещества, например, уксусную и муравьиную кислоты, тогда Вам необходимо создать строку со списком из этих
кислот и выбрать в этой строке опцию Amplify.
In the Advanced Parameters section, you can create one or more additional parameters, each of which determines whether a particular mixture component is included in the analysis.
For example, if you are analyzing a weak aqueous solution of several simple organic acids, you know that the analyzed mixture contains a lot of water, and you are not interested in its concentration. In this case, you would select the Suppress option and then provide information about the solvent, which is in this example water.
If the solution being investigated contains certain components of particular interest, for example acetic and formic acids, then you can create a line with each of these components and select the Amplify option.
Parameter 1
В этом поле Вы можете ввести диапазон концентраций исследуемого вещества, для которого действует выбранное Вами ограничение, в молях на литр.
Если Вы не укажете в этом поле диапазон концентраций, в этом случае, ограничение будет действовать на всем диапазоне концентраций.
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
Enter the concentration range of the component to which the restriction applies, in mol/L.
If you do not specify a concentration range here, the restriction will apply to the entire concentration range.
You can also leave this field blank.
Parameter 2
В этом поле Вы можете указать максимальное изменение (относительную величину изменения) концентраций вещества, в процентах, то есть подсказать искусственному интеллекту
системы Elegant NMR, что в большинстве экспериментов относительная концентрация выбранных веществ меняется в указанных диапазонах.
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
Enter the maximum change in the component concentration (as a relative value); that is, this tells the artificial intelligence of the Elegant NMR system that in most experiments, the relative concentration of the selected component will change by amounts in the specified range.
You can also leave this field blank.
Parameter 3
В этом поле Вы можете указать ожидаемую точность вычисления относительной концентрации веществ, для которых действует ограничение, в процентах.
Значения, которые существенно меньше 1 процента, могут привести к бесконечно большим временам измерений. Пожалуйста, используйте этот параметр с осторожностью!
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
Enter the expected accuracy of the relative concentration calculation for the mixture component to which this restriction applies, in percent.
Values significantly less than one percent can lead to infinitely long measurement times.
Please use this parameter with caution!
You can also leave this field blank.
Parameter 4
В этом поле Вы можете указать ожидаемую точность, в процентах, вычисления геометрии пространственной структуры молекул в евклидовой норме по расстояниям между атомами,
для которой действует это ограничение.
Значения, которые существенно меньше 10 процентов, могут привести к бесконечно большим временам измерений. Пожалуйста, используйте этот параметр с осторожностью!
Вы также можете оставить это поле незаполненным.
Specify the expected accuracy, in percent, with which the spatial geometry of the mixture component to which this restriction applies is calculated in the Euclidean norm based on the distances between atoms.
Values significantly less than 10 percents can lead to infinitely long measurement times.
Please use this parameter with caution!
You can also leave this field blank.
Parameter 5
В этом поле необходимо ввести известную информацию о веществах из исследуемой смеси.
Если Вы точно знаете номера CID веществ, которые у Вас есть в исследуемой смеси, Вы можете ввести эти номера через запятую или пробел в этом поле ввода.
В некоторых случаях, может быть сложно перечислить все вещества, но у Вас есть набор критериев, по которым Вы можете их охарактеризовать, например,
диапазон атомов в веществе, наличие определенных радикалов, etc.
Тогда Вы можете сначала сформулировать такой запрос по видам молекул в окне Search for Molecules in the HugeMDB
При необходимости, проверить этот запрос в базе молекул, и, если этот запрос дает ожидаемые результаты, имопртировать критерии этого запроса в это поле.
Этот запрос будет отображаться во внутреннем формате JSON.
Хотя этот формат JSON и не предназначен для непосредственного редактирования пользователем, Вы в любой момент сможете перепроверить этот запрос, нажав кнопку Check.
Here you can enter known information about the test mixture components.
For example, if you know the exact CID numbers of components, enter the list of numbers separated by commas or spaces.
It may be difficult to list all components under consideration, and you may instead have a set of criteria by which they can be characterized, such as the range of atom types, the presence of certain radicals, etc.
In such cases, you can first formulate a molecule type query in the Search for Molecules in the HugeMDB screen and check the query against the database.
If the expected results are returned, the query criteria can be imported into this field.
Criteria imported from a query will be displayed in the internal JSON format.
This JSON format is not intended for direct user editing, but you can double-check the query at any time by clicking the Check button.
Как уже было упомянуто выше, в измерительном аппарате Elmathron используется метод построения разреженных многомерных гетероядерных спектров с неоднородным разбиением
для детектирования веществ и смесей. Такие спектры можно снимать с очень разреженными данными, тогда время эксперимента будет небольшим. Однако может возникнуть
ситуация, что наш метод найдет схожее по строению вещество, но не определит именно то, что необходимо.
Если построить полную многомерную матрицу для гетероядерного спектра, (в аппарате Elmathron строятся 7-ми и 8-ми мерные спектры), то детектировать вещества будет существенно проще.
Но, в этом случае, время эксперимента может стать бесконечно большим.
Дополнительная информация, указанная в Advanced Parameters, позволит предсказать тип и структуру разреженного неоднородного разбиения многомерных спектров и
решить эту задачу существенно быстрее и точнее, не превышая максимально допустимое время Maximum Time.
Пожалуйста, еще раз обратите внимание, что правильно введенные Вами параметры позволяют выполнить химический анализ в сотни раз быстрее при той же чувствительности
и точности эксперимента.
As already mentioned above, the Elmathron measuring device uses a method for constructing sparse multidimensional heteronuclear spectra with non-uniform sampling to detect substances and mixtures.
It is possible to record such spectra with very sparse data, and thus for the experiment time to be short. However, a situation may arise in which our method finds a substance with similar structure, but does not determine exactly what is needed due to missing data.
If we construct a complete multidimensional matrix for the heteronuclear spectra (7 and 8-dimensional spectra are built in the apparatus), then identifying substances will be much easier, but the experiment time can become infinitely long.
Specifying additional information in Advanced Parameters screen will allow for prediction of the types and structures of multidimensional spectra and hence the faster and more accurate solving of this problem without exceeding the maximum allowable time in the Maximum Time field.
We would like to remind that correctly-entered parameters allow you to perform chemical analysis hundreds of times faster while preserving consistent sensitivity and accuracy.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации и примеры, как правильно вводить параметры в программном окне Search Records,
чтобы быстро выполнить поиск результатов измерний в базе экспериментов и использовать эти данные для их дальнейшей статистической обработки.
The current information window contains useful recommendations and examples regarding how to correctly enter parameters in the Search Records screen in order to quickly search the database for results of prior experiments.
Все аппараты Elmathron и вычислительный сервер измерительной системы Elegant NMR функционируют независимо друг от друга. Экспериментальные данные записываются в виде последовательно пронумерованных записей в аппаратах Elmathron.
При наличии Ethernet соединения между аппаратами Elmathron и вычислительным сервером, эти данные переносятся в вычислительный сервер и, после успешного перенесения, удаляются из внутренней памяти аппаратов Elmathron.
Как только данные поступили в вычислительный сервер, Вы можете их использовать для поиска и обработки.
All Elmathron devices and the server work independently of each other. Experimental data are recorded on Elmathron devices in the form of sequentially numbered records.
If there is an Ethernet connection between the Elmathron device and a server, the data are transferred to the server and, upon successful transfer, are then deleted from the internal device's memory.
As soon as the data arrives on the computing server, you can search and process it.
В зависимости от типа эксперимента, измерительный аппарат Elmathron во время работы проводит одно измерение примерно за 10-200 секунд.
Каждому измерению автоматически присваивается свой порядковый номер, уникальный только для этого аппарата.
Одновременно с каждым таким номером в базе экспериментов добавляются уникальное название измерения, которое Вы ему присвоили, и все текущие настройки системы Elegant NMR.
Одна проба часто анализируется измерительным аппаратом Elmathron несколько раз, и для каждого такого повторного анализа аппарат присваивает и сохраняет свой уникальный номер.
Во время первого измерения исследуемого вещества искусственный интеллект системы Elegant NMR вначале оценивает, какие вещества с какими химическими группами присутствуют в смеси,
и затем, в процессе последующих экспериментов, происходит детальный анализ каждого из таких веществ методом многомерной DNP NMR спектроскопии с использованием неравномерного семплинга.
Дальнейшая компьютерная обработка всех сохраненных экспериментов может существенно улучшить чувствительность такого метода.
После обработки экспериментов Вы можете получить как результаты отдельных измерений, так и результаты статистической обработки последовательно измеренных данных.
Depending on the type of experiment, an Elmathron measuring device performs approximately one measurement every 10-200 seconds during its operation.
Each measurement is automatically assigned its own serial number, including instances of multiple measurements from the same sample.
Then, each such number in the experiment database is associated with the unique name you assigned for the experiment, along with all current settings of the Elegant NMR system.
At the first measurement of a sample, the artificial intelligence of the system estimates which substances having what chemical groups are present in the mixture. In the course of subsequent measurements, a detailed analysis of each such substance is carried out using multidimensional DNP NMR with non-uniform sampling.
Further computer processing of all such measurements can significantly improve the sensitivity of the method.
After processing an experiment, you can get both the results of individual measurements and those from statistical processing of sequentially measured data.
Devices:
Здесь Вы можете выбрать один или несколько аппаратов из списка измерительных аппаратов Elmathron, к которым Вы имеете доступ для поиска интересующих Вас результатов измерений.
Here you can select one or several devices from the list of Elmathron measuring devices, to which you have access to search for the measurement results you are interested in.
List of Search Criteria:
Здесь, в предложенном списке критериев, Вы можете выбрать один или несколько критериев поиска по базе результатов экспериментов.
Соответственно этим критериям, Вам следует ввести или выбрать различные параметры в каждой строке
и далее нажать кнопку Search Records для старта поиска экспериментов.
У Вас есть возможность много раз открывать кнопкой Add More новую строку с разными критериями поиска и вводить параметры экспериментов.
Чтобы удалить ненужную строку поиска, Вам надо кликнуть на символ удаления в конце каждой строки.
Программа осуществляет поиск таким образом, что, для каждого введенного Вами типа параметров, должно быть выполнено хотя бы одно условие.
Например, Вы ввели несколько строк с различными диапазонами номеров экспериментов и несколько строк с различными критериями Experiment Name RegEx.
В этом случае, будут найдены все те эксперименты, каждый из которых удовлетворяет хотя бы одному диапазону номеров экспериментов и хотя бы одному
регулярному выражению названия экспериментов.
В каждой строке ввода параметров Вы можете записать следующее:
либо один диапазон со знаком дефиса, например, 100-200;
либо одно число, чтобы указать параметр, состоящий из единственного значения;
либо указать < N или > N, чтобы выбрать диапазоны от начала до N или от N до самого большого значения.
Here you can select one or several search criteria with which to query the results database of the Elegant NMR system.
Enter or select different parameters on each line and then press the Search Records button to start the search.
You can generate new lines for entering additional search criteria with the Add More button.
You can find more information about each search criteria in the Search Records information window by clicking on the Help button.
To delete an unneeded search line, click on the delete symbol at the end of that line.
The program searches in such a way that for each type of parameter you enter, at least one condition must be met.
For example, if you enter several lines representing different ranges of experiment numbers and several more with different Experiment Name RegEx criteria, all experiments will be found that fall within at least one experiment number range and that have names satisfying at least one regular expression.
In this case, all those experiments will be found, each of which satisfies at least one range of experiment numbers and at least one regular expression of the name of the experiments.
When entering numbers, the parameter entry field accepts the following:
a single range with a hyphen, for example, 100-200;
a single number to specify a single-valued parameter;
or >N or <N to respectively select values greater or less than N.
Experiment Nr Range: здесь Вы можете ввести диапазон порядковых номеров экспериментов.
Time and Date: здесь Вы можете ввести диапазон даты и времени эксперимента в формате число, месяц, год и время, час.
Experiment Name RegEx: здесь Вы можете ввести уникальное название эксперимента. Вы можете также использовать для поиска синтаксис регулярных выражений RegEx.
Substance CID: здесь Вы можете ввести один или несколько номеров CID найденных в результатах анализа веществ через пробел или запятую.
Если Вы ввели несколько CID в одной строке, то программа будет искать те эксперименты, в которых были найдены все указанные Вами вещества. Внеся два и более набора
номеров CID в двух разных строках поиска, Вы сможете найти набор экспериментов, который содержит вещества, соответствующие одному набору CID в хотя бы одной из указанных Вами строк.
Fluid Viscosity: здесь Вы можете выбрать из предложенного списка стандартных вязкостей ту вязкость, на которую надо ориентироваться программе для поиска экспериментов.
Для следующего выбора вязкости откройте, пожалуйста, следующую строку.
Maximum Volume: здесь Вы можете ввести величину объема, либо диапазон величин объема, либо ограничить поиск объема знаками больше или меньше какого-либо значения объема,
например: <50 uL. Для ввода значений объема воспользуйтесь, на Ваш выбор, единицами размерности объема: nL, uL, mL, L.
Maximum Sample Volume: здесь Вы можете ввести величину объема пробы, либо диапазон величин объема, либо ограничить поиск объема знаками больше или меньше какого-либо
значения объема, например: <50 nL. Для ввода значений объема воспользуйтесь, на Ваш выбор, единицами размерности объема: nL, uL, mL, L.
Maximum Time: здесь Вы можете ввести значение времени, либо диапазон значений времени, либо ограничить поиск времени знаком больше или меньше какого-либо значения времени,
например: <20 minutes. Для ввода значений времени воспользуйтесь, на Ваш выбор, единицами размерности времени: seconds, minutes, hours, days, weeks.
Mixture Lifetime: здесь Вы можете ввести значение времени существования вещества во входном тракте, либо диапазон значений времени, либо ограничить поиск времени знаками больше или меньше какого-либо значения времени,
например: <40 seconds. Для ввода значений времени воспользуйтесь, на Ваш выбор, единицами размерности времени: seconds, minutes, hours, days, weeks.
Autosampler Method: здесь Вы можете выбрать метод анализа с автосемплером, если Вы ищите эксперименты, которые были проведены с помощью автосемплера.
Cleaning between Probes: здесь Вы можете выбрать способ очистки входного тракта между пробами, в случае поиска экспериментов с автосемплером.
Several Attempts Allowed: здесь Вы можете выбрать возможность повторного ввода каждой пробы, в случае поиска экспериментов с автосемплером.
Experiment Nr Range: Enter a range of ordinal numbers identifying experiments.
Time and Date: Enter the date and time range of the experiment in the format of day, month, year and hour.
Experiment Name RegEx: Enter a unique name for the experiment. RegEx syntax can be used for partial or multiple matching.
Substance CID: Enter one or several CID numbers of substances found in the analysis results, separated by spaces or commas. If several CIDs are entered on a single line, the program will search for experiments in which all of those substances were found. By entering two or more sets of CID numbers as separate criteria, you can find a set of experiments that contains substances matching the CID set in at least one of those lines.
Fluid Viscosity: Choose from the offered list of standard viscosities the value that the program should be guided by when searching experiments. To search on multiple viscosities, please open an additional line.
Maximum Volume: Enter a volume value or a range of values, or limit the volume search to amounts greater than or less than any given value, for example <50 uL. Include units when entering volume values: nL, uL, mL, L.
Maximum Sample Volume: Enter a sample volume value or a range of values, or limit the volume search to amounts greater than or less than any given value, for example <50 uL. Include units when entering volume values: nL, uL, mL, L.
Maximum Time: Enter a time value or range of values, or limit the time search to values greater than or less than any given duration, for example <20 minutes. Include units when entering time values: seconds, minutes, hours, days, weeks.
Mixture Lifetime: Enter a value or range of values representing the lifetime of a substance in the inlet tract, or limit the search to lifetimes greater than or less than any given value, for example <40 seconds. Include units when entering time values: seconds, minutes, hours, days, weeks.
Autosampler Method: Select an autosampler analysis method to specifically search for experiments using an autosampler.
Cleaning between Probes: Limit search results to autosampler experiments applying the selected inlet tract cleaning method between samples.
Several Attempts Allowed: Limit search results to autosampler experiments in which re-sampling was permitted.
List of Search Records:
После нажатия Вами кнопки Search Records, программа выполнит поиск, и Вы получите список найденных экспериментов для каждого выбранного Вами измерительного аппарата.
Каждая строка в списке соответствует одному найденному эксперименту или одним установкам экспериментов.
Вы можете выделить другим цветом, используя мышку, одну или несколько интересующих Вас строк из найденного набора экспериментов для того, чтобы подготовить эти данные экспериментов для
дальнейшего активного использования в установках других программных окон.
Например, если Вы определили, что найденный эксперимент был выполнен с наиболее удачными параметрами, и хотите его повторить с теми же установками эксперимента,
тогда Вы можете использовать выбранные строки экспериментов для использования их установок в повторном анализе, кликнув на кнопки
Append to Continuous Measurements или Append to Measurements with Autosampler.
Выбранные результаты отобразятся автоматически в соответствующих программных окнах, и Вы можете далее начать анализ, кликнув на кнопку
Run Measurements with Autosampler или Run Continuous Measurements.
Вы также можете посмотреть выбранные Вами результаты экспериментов без предварительной компьютерной обработки, кликнув на кнопку Demonstrate Results и
перейдя в программное окно Results of Computations.
Если у Вас в этот момент происходит компьютерная обработка результатов, то эта обработка будет остановлена,
и результаты обработки утеряны безвозвратно. Если Вы не хотите остановить обработку и потерять результаты обработки, Вы можете открыть еще одну вкладку браузера и в ней посмотреть результат поиска.
Вы можете использовать выбранные по номерам экспериментов строки с данными для дальнейшей корреляции и более точной численной обработки,
кликнув на кнопку Append to Starting Computations.
Выбранные результаты отобразятся автоматически в программном окне Start Computations,
и Вы можете далее выбрать желаемый способ обработки данных и начать обработку, кликнув на кнопку Start Computations.
Вы можете воспользоваться опциями Select All или Deselect All, чтобы либо отметить все найденные результаты поиска для дальнейших действий с ними,
либо, наоборот, отменить выбор всех результатов. Для отмены выбора одной строки кликните, пожалуйста, один раз мышкой по маркированной строке, фон строки при этом изменится на белый.
Строки Experiment Name и Device в списке List of Search Records не маркируются мышкой, то есть не выбираются.
After you press the Search Records button, the program will perform the search, and you will receive a list of matching experiments identified among the measuring devices you selected.
Each line corresponds to one experiment or experiment setting.
Using the mouse, you can highlight in a different color one or several lines of interest in order to prepare these experimental data for further active use in other program screens.
For example, if you determined one of the retrieved experiments to have been the most successful, and you want to utilize the same experiment settings, you can select that line and then click on the Append to Continuous Measurements or Append to Measurements with Autosampler button to send the experiment settings to the corresponding setup screen.
The selected results will be displayed automatically in that screen, and you can start an analysis by clicking on the Run Continuous Measurements or Run Measurements with Autosampler button as appropriate.
You can also view the results of a selected experiment without preliminary computer processing by clicking on the Demonstrate Results button which will take you to the Results of Computations screen
Each instance of the web interface can display only one computer processing result at a time.
If computer processing of results is already underway in the present tab, that processing will be stopped and its output lost.
If you do not want to irretrievably terminate the processing, you can open another browser tab and access the experiment results there.
Selected experiments can be subjected to further correlation and more accurate numerical processing by clicking on the Append to Start Computations button.
Their results will be automatically loaded in the Start Computations screen where you can then select the desired data processing method and start processing by clicking on the Start Computations button.
The options Select All or Deselect All allow you to select all search results for further actions or, conversely, to deselect all results.
To deselect one line, click on it once; the background of the line will change back to white, indicating it is no longer selectable.
The fields Experiment Name and Device are not interactive and not selectable.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации и примеры, как правильно вводить параметры в программном окне Start Computations,
чтобы провести детальное компьютерное моделирование и обработку полученных результатов измерений измерительной системой Elegant NMR.
The current information window contains useful recommendations and examples of how to correctly enter parameters in the Start Computations screen in order to carry out detailed computer modeling and processing of the measurement results obtained by the Elegant NMR system.
После предварительного поиска выполненных измерений в программном окне Search Records, у Вас есть возможность провести компьютерную обработку результатов и
моделирование с целью получить наиболее точные результаты измерений.
Надо понимать, что такие массивные вычисления требуют больших компьютерных мощностей и могут выполняться за длительный промежуток времени.
Поэтому мы рекомендуем Вам внимательно выбирать и вводить параметры для компьютерного моделирования.
After retrieving experimental records through the Search Records screen and sending them to this screen, you can perform detailed computer simulations and so obtain the most accurate results.
In most cases, these calculations require significant computer resources and their completion can take a significant amount of time. Consequently, we recommend that you select the parameters for the computer simulation with care.
Multiple Solutions:
Для повышения точности анализа система Elegant NMR может получить, по Вашему желанию, несколько решений задачи таким образом, что первое решение будет наиболее вероятным,
а последнее - наименее вероятным.
Выбрав здесь более одного решения, Вы получите дополнительную информацию об исследуемых веществах.
To improve the accuracy of the analysis, the Elegant NMR system can, at your request, obtain several solutions in such a way that the first solution is the most probable and the last is the least probable.
Thus, by choosing to seek multiple solutions you will receive additional information about the investigated substances.
Experiment Correlations:
Если у Вас во время разных измерений присутствуют похожие вещества, тогда Вы можете выбрать возможность выполнения корреляции между различными экспериментами из списка:
No: не выполнять корреляции;
Yes, between Each Experiment: выполнять корреляции между всеми экспериментами;
Yes, between Datasets: выполнять корреляции между экспериментами для разных наборов диапазонов;
Joint Correlations for The Same Time: выполнять совместные корреляции для измерений, происходящих в одно и то же время.
По умолчанию, выбрана опция выполнения корреляции между всеми экспериментами Yes, between Each Experiment.
Мы рекомендуем Вам выбор опции Joint Correlations for The Same Time тогда, когда Вы используете несколько измерительных аппаратов Elmathron одновременно,
и они проводят непрерывные измерения на различных участках сложного химического процесса.
If similar substances are present during different measurements, you can choose to perform a correlation analysis between those experiments.
Supported correlation scenarios are:
No;
Yes, between Each Experiment;
Yes, between Datasets;
Joint Correlations for the Same Time.
By default, the option Yes, between Each Experiment is selected, which performs correlation analysis of all experiments.
Selecting Joint Correlations for the Same Time is recommended when you used several Elmathron devices at the same time to continuously measure a complex chemical process at different points.
Advanced Computation Methods:
Здесь Вы можете выбрать дополнительную обработку результатов анализа с повышенной сложностью, а именно:
Only AI: обработка с использованием только искусственного интеллекта;
AI and Molecular Mechanics (MM): обработка с использованием искусственного интеллекта и методов молекулярной механики;
AI, MM and Ab Initio: обработка с использованием искусственного интеллекта, методов молекулярной механики и метода ab initio;
No: визуализация выбранных результатов экспериментов без предварительной обработки.
По умолчанию, выбрана опция дополнительной компьютерной обработки Only AI.
Вы также можете посмотреть выбранные Вами результаты экспериментов без предварительной компьютерной обработки, выбрав здесь опцию No или перейдя в программное окно
Search Results и кликнув в нем на кнопку Demonstrate Results, - эти опции функционируют идентично.
Бывают редкие случаи, что в молекулярной базе системы Elegant NMR нет достаточной информации по конформациям молекул, которые находятся в Вашей исследуемой смеси.
Тогда проводится численное моделирование методами молекулярной механики или ab initio. Однако, такие вычисления могут иметь большую сложность и длиться
несколько часов, а иногда даже несколько дней. Мы настоятельно рекомендуем Вам использовать эти опции только тогда, когда поиск спектров по базе методом AI
уже был использован Вами и не принес желаемого результата.
Каждый веб интерфейс может одновременно отображать только один результат компьютерной обработки.
Если Вы повторно запустили такой расчет, нажав на кнопку Start Computations, то предыдущий расчет будет удален.
Если Вы закроете вкладку с веб интерфейсом или же интернет соединение с сервером прервется более, чем на две минуты, - то выполнение расчета будет остановлено,
а результаты расчета на сервере будут удалены безвозвратно.
В случае, если Вы хотите стартовать обработку результатов и потом иметь доступ к полученным результатам, даже если Вы закроете вкладку с обработкой в браузере, - то Вам необходимо нажать на кнопку Start Batch Computations.
После этого, в текущем окне программы ниже кнопки Start Batch Computations, появится спискок результатов обработки с датой этой обработки.
Когда результаты будут полностью обработаны, Вы сможете их посмотреть, удалить и визуализировать.
Here you can choose to carry out additional processing, with increased complexity of your results.
The options are:
Only AI;
AI and Molecular Mechanics (MM);
AI, MM and Ab Initio;
No.
By default, the Only AI option is selected.
You can also view the selected experiment's results without preliminary computer processing by choosing the No option here or by going to the Search Records screen and clicking the Demonstrate Results button; these actions have identical effects.
In rare cases, the Elegant NMR molecular database may not contain sufficient information on the conformations of molecules present in your test mixture.
Numerical simulation using molecular mechanics or ab initio may be utilized in this event, but such calculations can be very complex and take several hours, sometimes even several days.
We strongly recommend these options only be used after having searched the database using the AI and not achieving the desired results.
Each web interface can display only one computer processing result at a time. If you initiate a new calculation while another is already underway, that previous calculation will be terminated and lost.
If while a calculation is underway you close the web interface tab or the Internet connection to the server is interrupted for more than two minutes, the calculation will be stopped and the calculation results on the server will be permanently deleted.
If you want to start processing results and have them persist even after closing the web interface tab, then you need to click on the Start Batch Computations button.
After starting a batch computation, the current program window will display a list of processing results with the associated date of processing.
When the results are fully processed, you can view, visualize, and delete them.
Purpose of Calculations:
Здесь Вы можете выбрать целевое назначение полученных результатов обработки:
Molecules and Concentrations: молекулы и их концентрации;
Drug Detection: статистика по определению опасных, ядовитых и наркотических веществ;
Disease Detection: статистика по определению заболеваний на основе анализа состава выдыхаемого человеком воздуха.
Дополнительно, к результатам анализа в виде молекулярных структур и их концентраций, Вам предложены опция расчетов статистики по принадлежности найденных веществ
к классам наркотических и запрещенных веществ и опция проведения корреляции набора найденных веществ в виде маркеров (детекторов) легочных заболеваний.
Here you can choose from a list how the results of processing are to be presented:
Molecules and Concentrations;
Drug Detection;
Disease Detection.
In addition to results in the form of molecular structures and their concentrations, the Elegant NMR system supports a Drug Detection option, in which the belonging of found substances to classes of narcotic and prohibited substances is statistically determined.
The Elegant NMR system supports also a Disease Detection option in which the set of found substances is correlated with markers (detectors) of lung diseases.
Для оптимизации времени и точности компьютерной обработки, Вы можете дополнительно использовать возможность ввода расширенных параметров Advanced Parameters.
Любая дополнительная информация позволит уточнить и ускорить компьютерную обработку результатов экспериментов.
To optimize the time and accuracy of computer processing, you can additionally enter Advanced Parameters. Any additional information will improve and speed computer processing of the experimental results.
List of Datasets for Computation and Display:
Здесь, в списке экспериментальных данных для вычисления и визуализации, каждая строка списка относится к одному измерительному аппарату Elmathron,
для которого Вы можете ввести в поле через запятую один или несколько номеров и/или диапазонов номеров экспериментов.
Если Вами выбрана какая-либо опция корреляции из предложенных опций Experiment Correlations, то, в зависимости от выбора, такая корреляция происходит между соответствующими данными из списка.
Для простоты выбора номеров или диапазонов номеров экспериментов, Вы можете также кликнуть на программную кнопку Search Records,
чтобы перейти в программное окно Search Records,
в котором Вы можете найти интересующие Вас номера экспериментов в базе экспериментов и импортировать результаты поиска в соответствующее поле списка List of Datasets for Computation and Display.
Для того, чтобы предварительно проверить весь набор диапазонов экспериментов, который Вы ввели в каждой строке, Вы можете воспользоваться кнопкой Check in Database.
Here each line list refers to one Elmathron measuring device, for which you enter one or several experiment numbers and/or number ranges separated by commas.
If you selected any correlation option under Experiment Correlations, then correlation analysis is conducted on the corresponding data.
For easy selection of experiment numbers or number ranges, you can click on the Search Records button to go to the Search Records screen and search on relevant criteria.
The search results can then be imported into the List of Datasets for Computation and Display.
The Check in Database allows you to confirm that the set of experiment ranges entered in each line is represented in the experiment database.
После того, как Вы подготовили весь запрос на обработку данных, Вам следует нажать на кнопку Start Computations. Время вычислений может быть существенно большим, и
Вам необходимо подождать результаты вычислений определенное время. Во время обработки на Вашем сервере могут происходить одновременно вычисления результатов
других веб клиентов, что также может значительно увеличить время обработки и получения результатов.
Когда обработка экспериментов будет закончена, Вы можете перейти в программное окно Results of Computation для просмотра результатов вычислений.
Результаты выполненного расчета Вы всегда можете сохранить в отдельный статический HTML файл, используя опцию Save The Results in New Tab.
В этом файле встроен визуализатор для отображения молекулярных структур и графиков концентраций.
Вы можете использовать этот файл, который не содержит ни одной сторонней ссылки, для сохранения и передачи этих результатов в
сторонних системах хранения данных.
After you have prepared the data processing request, click the Start Computations button to execute it.
The computation time can be significantly long, and you may need to wait some time for the computation results to be generated. While this computation is processing on your server (data processing unit), calculation requests from other web clients may be running simultaneously, which can further increase the processing time.
When the processing is finished, the results can be viewed in the Results of Computation screen.
You can always save the results of a completed calculation into a separate static HTML file using the Save Results to New Tab option. The produced file includes a built-in visualizer for displaying molecular structures and concentration graphs, does not contain any third-party links, and can be used to save and transfer these results to a third-party storage system.
This file has a built-in visualizer for displaying molecular structures and concentrations graphs. You can use this file, which does not contain any third party links, to save and transfer these results to third party storage systems.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации и примеры, как правильно вводить параметры в программном окне Results of Computation, чтобы
ознакомиться с результатами компьютерной обработки Ваших экспериментальных данных и точно определить, какие вещества Вы проанализировали.
The current information window contains useful recommendations and examples of how to correctly enter parameters in the Results of Computation screen in order to become acquainted with the findings from your experimental data and determine exactly what substances you analyzed.
В этом окне у Вас есть возможность посмотреть на графики зависимостей концентраций веществ и понять, какому веществу какой график соответствует.
Графики можно двигать вправо или влево, нажимая, удерживая и двигая мышкой. Графики всегда скалируются по вертикали.
Если Вам необходимо увеличить или уменьшить окно с картинками графиков по горизонтали, - удерживая нажатой мышку, Вам необходимо двинуть график вверх или вниз.
Если кликнуть мышью на интересующий Вас график, то поле со списком веществ автоматически прокрутится к тому веществу, которому соответствует этот график.
This screen allows you to graph the dependences of substance concentrations.
Graphs can be panned to the right or left by holding and dragging the mouse. Graph scaling is always vertical.
If you need to enlarge or reduce the horizontal dimension, then hold the mouse button and move the chart up or down.
If you click on a graph, the frame with the list of substances will automatically scroll to the substance corresponding to that graph.
Description Placement:
Вы можете выбрать способ размещения информации о найденных веществах относительно их графиков:
вверху над или внизу под графиками;
справа или слева от графиков;
показать только графики;
показать только описание веществ.
По умолчанию, выбрана опция Left, то есть размещение информации слева от графиков.
Если Вы выберете опцию размещения только графиков, тогда Вы всегда можете вернуться в основное меню окна программы, кликнув мышкой в любом месте поля графиков.
Here you can choose the placement of substance descriptions relative to the graphs:
Top or Bottom: above or under graphs;
Right or Left: to the right or left of graphs;
Graph Only: show only graphs;
Description Only: show only descriptions.
By default, the Left option is selected; that is, information is placed to the left of the graphs.
If you select the option to show only graphs, then you can return to the original view by clicking anywhere on a graph canvas.
X-axis Dimension:
Список размерностей по оси абсцисс X зависит от выбранных Вами параметров в программном окне Start Computations
Список может содержать следующие варианты:
Linear Index: порядковый номер измерений;
Correlation Index: порядковый корреляционный номер измерения;
Measurement Time: время измерений;
Correlation Measurement Time: корреляционное время измерений;
объем использованного вещества c начала измерений;
время внесения пробы с анализируемым веществом во входной тракт.
Если в окне Start Computations Вы указали в списке List of Datasets for Computation and Display несколько записей диапазонов экспериментов и выбрали опцию взаимной корреляции,
то Correlation Index будет соответствовать такому номеру каждого измерения во всех указанных записях диапазонов, который присваивается с начала нумерации.
Если Вы выбрали опцию Correlation Measurement Time, то таким временем будет время измерений за вычетом времени первого измерения в каждой записи.
The dimensions plotted along the x-axis depend on the parameters you selected in the Start Computations screen.
Available options are the following:
Linear Index (default);
Correlation Index;
Measurement Time;
Volume of Substance at Measurement Start;
Time of Entry of a Sample with an Analyte into the Inlet Tract.
If you specified several experimental record ranges in the List of Datasets for Computation and Display of the Start Computations screen and selected the cross-correlation option, then the Correlation Index will correspond to the number of measurements in all specified records, which is assigned from the beginning for each experimental record range.
If you have selected to correlate on Measurement Time, this will be determined as elapsed time; that is, the time of a given measurement minus the time of the first measurement in each record.
Y-axis Dimension:
Вы можете выбрать из предложенного списка, какая размерность будет по оси ординат Y:
моль/л,
моль,
г/л,
г.
По умолчанию, выбрана размерность моль/л.
You can likewise choose from a list what dimension will be plotted along the y-axis:
mol/L;
mol;
g/L;
g.
By default, the mol/L option is selected.
Graph Scaling:
Вы можете выбрать линейное или логарифмическое масштабирование графиков по оси ординат.
В некоторых случаях, - особенно, когда у Вас в смеси исследуемых веществ есть растворитель и вещества в следовых количествах, - предпочтительнее выбрать
логарифмическое масштабирование.
Graphs may have linear or logarithmic scaling along the y-axis.
In some cases, especially when both solvent and trace substances are present in the measurement mixture, it is preferable to choose logarithmic scaling.
By default, the Linear option is selected.
Solution Type:
Если Вы выполнили расчет с условием получить несколько решений Multiple Solutions, то посмотреть на результаты расчета позволит опция Solution Type,
где можно выбрать способ отображения результатов. В некоторых случаях, нет вероятности что, когда Вы выбрали опцию максимально возможного числа 9 решений
Вашей задачи, то все 9 решений будут представлены программой. Если, по каким-то соображениям, решение будет только одно, то у Вас не будет возможности выбрать другой
способ отображения вариантов решения.
Каждое численное моделирование может иметь не единственное решение, особенно, если Ваши данные были сильно зашумлены.
По умолчанию, первое решение в списке обычно самое достоверное, а все остальные решения являются следствием, например, того, что химический состав исследуемого вещества
или смеси определен лишь частично по разным причинам: либо из-за низкой концентрации, либо из-за недостаточного времени измерений, либо из-за недостаточного количества
измеряемой смеси, etc.
Таким образом, просматривая и перебирая все решения в списке, Вы можете определить для своей задачи наиболее подходящее решение, а также сделать вывод,
как правильнее анализировать такие смеси в дальнейшем.
If you performed a calculation with the Multiple Solutions condition, then selecting a Solution Type will allow you to choose which method's results are displayed:
Complete Attempt without Isotopes;
Complete Attempt with Isotopes;
Approximate Attempt without Isotopes;
Approximate Attempt with Isotopes.
If for some reason there is only one solution, you will not be able to select a different solution type here.
Each numerical simulation may have more than one solution, especially if the settings of the Elegant NMR system were less than perfectly correct and/or your data was very noisy.
By default, the first solution on the list is usually the most reliable, and all other solutions are a consequence of circumstances.
For example, the chemical composition of the test substance or mixture may be only partially determined partially for reasons such as low concentration, insufficient measurement time, insufficient amount of the measured mixture, etc.
Thus, by looking through and sorting out the solutions in the list, you can determine which is the most suitable for your problem and develop an understanding of how to most correctly analyze such mixtures in the future.
Save The Results in New Tab:
Вы можете сохранить интересующие Вас результаты обработки экспериментов, нажав на кнопку Ok.
Все результаты, отображенные в полях визуализации текущего состояния программного окна Results of Computations,
будут перенесены в новую вкладку браузера, где Вы можете сохранить их у себя в виде отдельного файла в формате HTML.
В этом файле встроен визуализатор для отображения молекулярных структур и графиков концентраций.
Вы можете использовать этот файл, который не содержит ни одной сторонней ссылки, для сохранения и передачи этих результатов в сторонних системах хранения данных.
Все возможности текущей страницы остаются при сохранении, и Вы, в любой момент, можете посмотреть всю информацию о молекулах
и графики зависимостей, выбрав размерности осей координат.
У Вас также остается возможность сохранить данные по каждой молекуле в виде MOL File.
You can save the results of processing experiments you are interested in by clicking on the Ok button.
All results currently displayed in the visualizations on the Results of Computations screen will be transferred to a new browser tab, where you can save them as a separate file in HTML format.
All possible actions on the current page remain after saving, and you can alter the plots, view substance information, and view graphs of dependencies at any time.
You may also save data for each molecule in the form of a MOL file.
Save Graphs to New Tab:
Нажав на кнопку Ok, Вы можете сохранить отдельно графики зависимостей концентраций веществ не в виде рисунков графиков зависимостей,
а в виде формата электронных таблиц в отдельной вкладке Вашего браузера.
Вы можете сохранить этот файл в своей файловой системе, кликнув правой кнопкой мыши, чтобы вызвать всплывающее окно и затем выбрать в нем опцию Save Page As...
для сохранения результатов в виде текстового документа.
Вы также можете дальше использовать сохраненные таким образом данные для различных целей со ссылкой на источник их получения.
By clicking on the Ok button, you can save graphed data in spreadsheet form to a separate tab of your browser.
You can then save this spreadsheet to your file system as a text document by right-clicking to bring up a pop-up menu and then select Save Page As.
Вы можете посмотреть результаты компьютерной обработки в виде списка с полями визуализации молекул веществ, которые присутствуют в Ваших экспериментах.
Для трехмерных пространственных молекулярных структур у Вас есть возможность использовать опцию вращения молекул, чтобы увидеть ее пространственную структуру с разных сторон.
Вы также можете покрутить мышкой молекулу в поле ее визуализации или, нажав на кнопку Stop/Run Rotation, остановить или снова запустить визуализацию молекулы.
В качестве дополнительных опций для трехмерной визуализации, выделив интересующие Вас атомы в молекуле одним щелчком мышки, Вы можете узнать следующую информацию:
расстояния между атомами;
значения торсионных углов;
значения углов между связями в молекулах.
Эта информация появляется в виде текстовой строки внизу поля визуализации после выбора Вами необходимых атомов.
При выборе двухмерной структуры, Вы получите результаты с преобладанием молекул с двухмерными структурами без дополнительных опций.
You can view the processed results in the form of a list with visualizations of the molecules detected in your experiments.
For three-dimensional molecular structures, the program supports molecular rotation for viewing its spatial structure from different angles.
You can also rotate the molecule with the mouse in its visualization field and start or stop automatic rotation by pressing the Run/Stop Rotation button.
Furthermore, clicking on a molecule in the structure will highlight it and display the following information:
distance between atoms;
torsion angle values;
values of the angles between bonds in the molecule.
This information appears as a line of text at the bottom of the visualization area after you have selected appropriate atoms.
You have the option to further export the results to the MOL file. If you have installed third-party programs that support the MOL file format, you can also use data
about conformers or enantiomers saved in that manner for your own purposes, with a link to the source.
Каждое поле с картинкой найденной молекулы содержит не только пространственную визуализацию молекул, но и дополнительную информацию о молекулах, которую можно получить из специальной таблицы с кнопками, имеющими различные состояния.
Таблица имеет три столбца с разными типами информации о молекуле и ее конформерах:
Conformers: столбец с конформермерами и энантиомерами;
Props/Refs: столбец с номерами CID;
Atoms:столбец с атомами и изотопами, входящими в молекулу.
Текущая конфигурация выбранных опций в таблице определяется наличием четкой рамки черного цвета у каждой кнопки в каждом столбце.
Additional information about each found molecule can be obtained through a special table with buttons having different states.
This table contains three columns concerning the molecule and its conformers:
Conformers: a column listing conformers;
Props/Refs: a column listing CID numbers;
Atoms: a column listing atoms and isotopes.
Black borders on buttons in the table indicate which items are currently being visualized.
Conformers:
В столбце Conformers таблицы собраны конформеры и энантиомеры в порядке возрастания их энергий образования.
Кликнув на кнопку с интересующим Вас конформером или энантиомером, Вы увидите структуру конформера или энантиомера в поле визуализации молекулы.
Если при активации какого-либо конформера справа от его энергии образования возникает знак звездочки *, то этот конформер имеет зеркальный энантиомер, и
соответсвующий энантиомер тоже маркируется такой же звездочкой. Если звездочка не появилась, то конформер пространственно инвариантен своему зеркальному отражению,
то есть не имеет зеркального энантиомера.
Последняя кнопка Depict 2D в этом столбце, (если она присутствует), переключает трехмерную визуализацию молекулы на двумерную.
Столбец с конформерами и энантиомерами и столбец с номерами CID (Props/Refs) связаны между собой функцией выбора приоритета использования с помощью зеленого слайдера внизу таблицы.
Слайдер имеет два положения: крайнее левое положение устанавливает приоритет использования кнопок в столбце с конформерами и энантиомерами,
а крайнее правое положение устанавливает приоритет кнопок с номерами CID.
Каждый конформер или энантиомер соответствует одному и более номерам CID, и, аналогично, каждому номеру СID соответствует один и более конформер или энантиомер.
Выбирая приоритет слайдером, можно посмотреть какому конформеру или енантиомеру соответствуют номера CID, и какому номеру CID соответствует какой конформер или энантиомер, а именно:
те, что соответствуют друг другу, будут окрашены в зеленый цвет, и их можно выбрать; а те, что не соответствуют, будут окрашены в серый цвет, и их нельзя выбрать.
The Conformers column lists the molecule's conformers and enantiomers by formation energy in ascending order.
Upon clicking on the button corresponding to a conformer or enantiomer, its structure will be displayed in the visualization area associated with the molecule.
If, upon selection of a conformer, an asterisk * appears to the right of its formation energy, then that conformer has a mirror enantiomer, which is also marked
with the same asterisk. If no asterisk appears, then the conformer is spatially invariant to its mirror image; that is, it does not have an mirror enantiomer.
The Depict 2D button (if present) switches the molecule's 3D visualization to 2D.
This column is linked to the column of CID numbers (Props/Refs) by the green priority selection slider at the bottom of the table.
The slider has two positions: when to the left, buttons in the column with conformers and enantiomers have priority, and when to the right, buttons with CID numbers
have priority.
Each conformer or enantiomer corresponds to one or more CID numbers, and, similarly, each CID number corresponds to one or more conformers or enantiomers.
Upon changing the priority, you can see which conformer or enantiomer the CID numbers correspond to, and which CID number corresponds to which conformer or enantiomer.
Namely, those that match will be colored green, and can be selected; those that do not match will be grayed out, and cannot be selected.
This means that those that match, will be colored green, and can be selected; and those that do not match, will be grayed out, and cannot be selected.
Props/Refs:
В данном столбце находится информация об известных в настоящее время номерах CID для найденной Вами молекулы из базы PubChem.
Эта информация представлена в виде активных кнопок с номерами CID.
При нажатии здесь на какую-либо кнопку с номером CID, в строке под таблицей появляется информация с номенклатурным названием молекулы и активной ссылкой на PubChem с номером CID.
В то же время, в другом столбце Atoms изменяется список атомов, который соответствует выбранному Вами номеру CID.
В некоторых случаях, в этом столбце могут возникать кнопки с записью 0:Substance.... Это будет означать, что найденная молекула идентифицирована программой
в соответствии с внутренней базой молекул Elegant NMR и, в данный момент, не имеет номера CID.
Столбец с конформерами и столбец с номерами CID (Props/Refs) связаны между собой функцией выбора приоритета использования с помощью зеленого слайдера внизу таблицы.
Слайдер имеет два положения: крайнее левое положение устанавливает приоритет использования кнопок в столбце с конформерами,
а крайнее правое положение устанавливает приоритет кнопок с номерами CID таблицы.
Каждый конформер соответствует одному и более номерам CID, и, аналогично, каждому номеру СID соответствует один и более конформер.
Выбирая приоритет слайдером, можно посмотреть какому конформеру соответствуют номера CID, и какому номеру CID соответствует какой конформер, а именно:
те, что соответствуют, будут окрашены в зеленый цвет, и их можно выбрать; а те, что не соответствуют, будут окрашены в серый цвет, и их нельзя выбрать.
The Props/Refs column presents the currently known CID numbers for the molecule, sourced from the PubChem database, in the form of active buttons.
Upon clicking on any button with a CID number, the nomenclature name of the molecule and an active link to PubChem with the CID number are displayed below the table.
At the same time, the Atoms column changes to a list of atoms appropriate to the chosen CID number.
In some cases, buttons with the entry 0: Substance ... may appear in this column. These indicate molecules identified from the Elegant NMR internal
database that, at the moment, do not have CID numbers.
This column is linked to the column of conformers and enantiomers by the green priority selection slider at the bottom of the table. Each conformer or enantiomer
corresponds to one or more CID numbers; similarly, each CID number corresponds to one or more conformers or enantiomers.
The slider has two positions: when to the left, buttons in the column with conformers and enantiomers have priority, and when to the right, buttons with CID numbers have priority.
Each conformer or enantiomer corresponds to one or more CID numbers, and, similarly, each CID number corresponds to one or more conformers or enantiomers.
Upon changing the priority, you can see which conformer or enantiomer the CID numbers correspond to, and which CID number corresponds to which conformer or enantiomer.
Namely, those that match will be colored green, and can be selected; those that do not match will be grayed out, and cannot be selected.
This means that those that match, will be colored green, and can be selected; and those that do not match, will be grayed out, and cannot be selected.
Atoms:
Столбец Atoms таблицы содержит все атомы, входящие в молекулу, которая изображена в поле визуализации над таблицей.
Атомы представлены в таблице в виде символов химических элементов внутри активных кнопок, меняющих свой цвет при нажатии мышкой.
Нажимая последовательно на эти кнопки и меняя тем самым цвет кнопок в этом столбце, Вы можете менять вид изображения атомов
на картинке визуализации молекулы.
Возможны три варианта состояния кнопок:
желтый цвет кнопки означает, что выбранные Вами таким образом атомы на картинке визуализации молекулы будут представлены в виде символьных шариков разного цвета
в зависимости от вида атомов;
белый цвет кнопки означает, что выбранные атомы отобразятся на картинке визуализации в виде текстового символа;
серый цвет кнопки позволяет скрыть выбранные Вами атомы на картинке визуализации.
В некоторых случаях, когда у молекулы есть изотопные варианты и варианты с заряженными атомами, в этом столбце могут появиться дополнительные кнопки с символами изотопов и заряженных атомов.
The Atoms column lists all atoms included in the visualized molecule shown above the table.
Atoms are presented as element symbols inside active buttons that can be selected by clicking, upon which their color changes.
The buttons have three possible states, indicated by color:
yellow means that the selected atoms will be represented with different colors depending on atom type;
white means that the selected atoms will be displayed as text symbols;
gray means the selected atoms are hidden from the visualization.
In some cases, when a molecule has at least isotopic variants or variants with charged atoms, corresponding additional buttons with isotopes and charged atom
symbols may be present in this column.
Furthermore, clicking on a molecule in the structure will highlight it and display the following information:
distance between atoms;
torsion angle values;
values of the angles between bonds in the molecule.
This information appears as a line of text at the bottom of the visualization area after you have selected appropriate atoms.
В каждом поле молекулы расположен чек бокс, который позволяет исключать или вновь добавлять изображение соответствующего графика для выбранной молекулы.
Для удобства цвет поля чек бокса совпадает с цветом соответствующего графика в поле изображения графиков.
Эта опция имплементирована для простоты восприятия результатов обработки экспериментов, когда при обработке большого объема информации о найденных веществах в поле
изображения графиков находится много графиков зависимостей, и Вам надо отследить определенные интересующие Вас зависимости.
Each molecule has an associated check box that allows you to hide or show the corresponding graph image.
For convenience, the color of the check box field matches the color of the corresponding graph in the graphs image field.
This option is implemented for ease of perceiving the results of processing experiments. When a large amount of information is processed, many dependence graphs will be present in the graph image area; this color-coding aids in tracking those dependencies that interest you.
Export MOL File to New Tab:
У Вас есть возможность экспортировать найденные результаты в формате MOL File.
Вам необходимо выбрать интересующий Вас конформер в таблице из соответствующего окна визуализации и затем кликнуть на кнопку Ok.
После этого, в дополнительной вкладке Вашего браузера, появится информация в виде MOL File о выбранном Вами конформере.
Вы можете сохранить этот файл, кликнув правой кнопкой мыши, чтобы вызвать всплывающее окно и затем выбрать в нем опцию Save Page As... для сохранения результатов.
Вы также имеете право дальше использовать со ссылкой на источник их получения сохраненные таким образом данные о конформере для своих целей, если у Вас установлены сторонние программы, которые поддерживают формат MOL File.
Search results may be readily exported to the MOL file format.
First, select a conformer and CID (Props/Refs) of interest from the table and then click on the Ok button.
Then, the MOL file information for that conformer will be displayed in an additional tab of your browser.
After that, in an additional tab of your browser, information will appear in the form of MOL File about the selected conformer.
You can save this file by right-clicking to bring up a pop-up menu and then selecting Save Page As.
You have the right to further use the saved data about the conformer for your own purposes, with reference to the source from which those data were received,
if you have installed third-party programs that support the MOL file format.
Набор результатов вычислений и их отображения остаются в неизменном виде до тех пор, пока Вы не начнете выполнение новых вычислений или воспользуетесь кнопкой
Demonstrate Results в программном окне Search Records
The set of calculation results and their displays will remain unchanged until you either request a new calculation be performed or click the Demonstrate Results button in the Search Records screen
HugeMDB - крупнейшая в мире база данных пространственных структур малых молекул. В настоящее время наша база данных содержит
примерно 1,7 миллиарда структур, что превышает количество таких структур в известных базах данных, как, например, PubChem.
Мы постоянно обновляем и расширяем нашу базу данных, чтобы включать новые названия молекул и графики. Мы сами вычисляем все трехмерные структуры,
что является инновационным и жизненно важным аспектом этого проекта. Точность определения трехмерной структуры в нашем проекте
достигается благодаря опыту наших специалистов в области молекулярной механики и полуэмпирических методов.
HugeMDB (www.multi-d.com) is the world's largest database of spatial structures of small molecules. Currently, our database contains approximately 1.7 billion structures,
surpassing the number found in well-known databases like PubChem. We consistently update and expand our database to incorporate new molecule names and graphs.
What sets us apart is our unique capability to independently compute all 3D structures, an innovative and vital aspect. The accuracy of 3D structure determination
in our project is achieved through the expertise of our specialists in molecular mechanics and semi-empirical methods.
Используя программу Search for Molecules in the HugeMDB, Вы получаете возможность быстро найти следующую информацию:
данные о химическом и структурном составах молекул и их конформеров и энантиомеров, а также их молекулярную массу;
визуальное представление трехмерных моделей молекул, их конформеров и энантиомеров;
данные о расстояниях между атомами в молекулах, величины углов между связями, а также значения торсионных углов;
номера CID молекул, конформеров и энантиомеров самой большой и известной в мире базы химических соединений PubChem и ссылки на полезную информацию.
В ближайшее время планируется добавить плотность распределения электронов для каждого конформера.
Вы можете сохранить результаты Вашего поиска в отдельный файл в HTML формате. Вы также можете экспортировать эти результаты в MOL File и затем использовать в своих целях со ссылкой на источник.
Using the search tool, you can quickly find the following:
Data on the chemical and structural composition of molecules and their conformers and enantiomers, as well as their molecular weight.
Visualizations of three-dimensional models of molecules and their conformers and enantiomers.
Data on the distances between atoms in molecules, the values of the angles between bonds, and the values of torsion angles.
CID numbers of molecules, conformers, and enantiomers, along with further links to useful information.
In the near future, electron distribution density for each conformer will also be added.
You can save the search results as a separate file in HTML format. You can also export the results to a MOL file and then use them for your own purposes
with a link to the source.
Если Вы, на момент поиска, уже владеете какой-либо информацией об интересующих Вас веществах, как, например: знаете номера CID и/или CAS веществ или приблизительный
химический состав соединений, - Вы можете тем самым упростить себе задачу поиска, введя такую информацию в специальные программные поля.
If you already have information about the substances you are searching for, such as the CID and/or CAS numbers of substances or the approximate chemical composition
of compounds, you can simplify your search by entering that information into the appropriate input fields.
У Вас есть хорошая возможность, в любой момент, следовать подсказкам по правильному заполнению полей программы, воспользовавшись кнопками
с символом вопросительного знака, рядом с каждым полем ввода или выбора параметров.
Чтобы скрыть поле с подсказкой, необходимо кликнуть мышкой либо на кнопку со знаком вопроса, либо в любом месте поля подсказки.
Prompts are available regarding how to fill each input field and select experiment options. You can easily open these prompts by clicking the associated question symbol. To hide a prompt, click again either on the question symbol or anywhere in the prompt field.
Если параметры поиска будут Вами неверно или некорректно введены, то, в этом случае, программа предупредит Вас об этом факте фразой Nothing found (результат не найден).
If the search parameters are incorrect or entered incorrectly, the program will report Nothing found.
Empirical Formula with Ranges:
В этом поле Вы можете ввести набор видов атомов, которые входят в интересующую Вас молекулу.
При этом возможно также указать диапазон числа каждого вида атомов.
Для этого следует записать диапазон сразу после соответствующего названия атома. Для обозначения диапазонов необходимо использовать дефис.
Например, запись C12-24H30 позволит Вам найти все молекулы, у которых имеется 30 атомов водорода и диапазон от 12 до 24 чисел атомов углерода.
Все символы химических элементов должны быть записаны латинскими буквами, как принято в периодической системе химических элементов. Первая буква названия пишется заглавной,
а следующая - строчной.
При попытке введения первой буквы химического элемента строчной, а не заглавной, эта буква автоматически переводится программой в верхний регистр. Также программа ограничивает введение
посторонних символов.
Число атомов и диапазон чисел атомов могут начинаться с нуля. В этом случае, программа будет искать молекулы, не содержащие этих элементов.
Для разделения символов химических элементов в поле ввода можно использовать пробел или же написать все наименования атомов слитно, как в примере выше.
Это поле может быть незаполненным только в том случае, когда Вы далее в поисковых полях ввели номера CID и/или CAS молекул, и поиск стал приоритетным по этим номерам.
Enter a set of atoms that are included in the molecule.
It is possible to do so with a range for each type of atom, in which case you write the range immediately after
the corresponding atom symbol, indicating the range with a hyphen.
For example, entering C12-24H30 will allow you to find all molecules that have 30 hydrogen atoms and anywhere from 12 to 24 carbon atoms.
All symbols of chemical elements should be written in Latin letters, as is customary in the periodic table of chemical elements.
The first letter of the name is capitalized, and the second is lowercase if present. The program will automatically change the case of first letters entered in lowercase.
It also limits the use of extraneous characters.
The number of atoms may be zero, and a range may start from zero.
In this case, the program will search for molecules that do not contain that element.
In the input field, element symbols may be separated by spaces, or you can write the symbols cheek-by-jowl as in the example above.
This field may be empty only if you have entered molecule CID and/or CAS numbers in other input fields, as those numbers take priority.
Include Other Elements:
Здесь Вы можете выбрать возможность включить в поиск другие элементы, которые могут также присутствовать в молекулах.
Если Вы хотите найти дополнительно молекулы, в которые также входят и другие, неуказанные Вами в поле ввода Empirical Formula with Ranges элементы, выберите опцию Yes, которая используется программой также по умолчанию.
В ином случае, если выбрана опция No, программа будет искать только те молекулы, для которых Вы написали
список химических элементов и их диапазонов в поле Empirical Formula with Ranges.
Here you can choose to include in the search other elements that may also be present in the molecules.
If the Yes option is selected (which is also the default), the search will consider molecules having elements not specified by you in
the Empirical Formula with Ranges field.
Otherwise, if the No option is selected, the program will only search for those molecules comprised of the elements entered
in the Empirical Formula with Ranges field.
Data Types:
Здесь Вы можете выбрать типы молекулярных стурктур для поиска:
At Least 3D Structures: искать только те молекулы, для которых имеется хотя бы одна трехмерная структура;
At Least 2D Structures: искать только те молекулы, для которых имеется хотя бы одна двумерная структура;
Any Structures: искать все структуры молекул без ограничений.
По умолчанию, используется опция At Least 3D Structures.
Для трехмерных пространственных молекулярных структур у Вас есть возможность использовать опцию вращения молекул, чтобы увидеть ее пространственную структуру с разных сторон.
Вы также можете покрутить мышкой молекулу в поле ее визуализации или, нажав на кнопку Stop/Run Rotation, остановить или снова запустить визуализацию молекулы.
В качестве дополнительных опций для трехмерной визуализации, выделив интересующие Вас атомы в молекуле одним щелчком мышки, Вы можете узнать следующую информацию:
расстояния между атомами;
значения торсионных углов;
значения углов между связями в молекулах.
Эта информация появляется в виде текстовой строки внизу поля визуализации после выбора Вами необходимых атомов.
При выборе двухмерной структуры, Вы получите результаты с преобладанием молекул с двухмерными структурами без дополнительных опций.
Here you can select what types of molecular structures to search for:
At Least 3D Structures: return only those molecules for which there is at least one three-dimensional structure.
At Least 2D Structures: return only those molecules for which there is at least one two-dimensional structure.
Any Structures: return all molecular structures without limits.
By default, the At Least 3D Structures option is used.
If At Least 2D Structures is selected, you will get results with a predominance of molecules having two-dimensional structures and without additional options.
For three-dimensional molecular structures, the program supports molecular rotation for viewing its spatial structure from different angles.
You can also rotate the molecule with the mouse in its visualization field and start or stop automatic rotation by pressing the Run/Stop Rotation button.
Furthermore, clicking on a molecule in the structure will highlight it and display the following information:
distance between atoms;
torsion angle values;
values of the angles between bonds in the molecule.
This information appears as a line of text at the bottom of the visualization area after you have selected appropriate atoms.
Total Atoms:
Здесь Вы можете указать диапазон общего числа атомов в молекуле.
В первом поле поиска следует ввести минимальное число атомов в интересующих Вас молекулах и максимальное число атомов - во втором поле поиска.
Вы можете также не заполнять эти поля или заполнить только верхний или нижний диапазон.
Here you can enter values that limit the total number of atoms in molecules.
The first input field represents the minimum number of atoms in your molecules of interest, and the second field the maximum number of atoms.
You can leave either or both of these fields blank.
Weight Range (Da) & Abundance:
Здесь Вы можете указать диапазон веса молекул, в дальтонах: в первом поле поиска - минимальный вес интересующих Вас молекул, во втором поле поиска - максимальный вес молекул.
Здесь Вы также имеете возможность выбрать интересующее Вас распределение изотопов: естественное или изотопное.
Если Вы выбрали естественное распределение изотопов, тогда диапазоны молекулярных масс искомых молекул соответствуют суммам усредненных для нашей планеты атомных
масс всех составляющих атомов.
В случае выбора изотопного распределения, диапазоны молекулярной массы искомых молекул соответствуют суммам атомных масс любых стабильных изотопов.
Если для данного атома нет стабильного изотопа, то используется атомная масса изотопа с максимальным временем жизни.
Так, например, молекулярная масса воды, в случае естественного распределения изотопов в природе, будет соответствовать 18.01526 Да, а молекулярная масса молекулы воды,
которая состоит из двух атомов дейтерия и одного атома [18]O, будет составлять 22.02736 Да.
Вы можете также не заполнять эти поля или заполнить только верхний или нижний диапазон.
Here you can enter limits on the molecular weight, in Daltons.
The first input field represents the minimum weight of your molecules of interest, and the second field the maximum weight.
You also have the opportunity to choose an isotope distribution: natural or isotopic abundance.
When using the natural abundance of isotopes, the entered molecular weight values correspond to the sums of the atomic masses of all constituent atoms
(averaged for our planet).
When using the isotopic distribution, the entered molecular weight values correspond to the sums of the atomic masses of any stable isotopes. If a given element
has no stable isotope, then the isotope with the maximum lifetime is used.
For example, when referencing the natural distribution of isotopes in nature, the molecular weight of water will correspond to 18.01526 Da.
In contrast, the molecular weight of a water molecule that consists of two atoms of deuterium and one atom of [18]O will be 22.02736 Da.
Bond Count by Type:
Здесь Вы можете ввести диапазоны количества одинарных, двойных и тройных связей в молекуле.
Пожалуйста, вводите каждый из диапазонов в виде от и до или как единственное число в пределах от 0 до 999 включительно, которое определяет сколько именно таких связей Вы хотите найти в молекуле.
В случае указания 0 в одном или нескольких полях ввода, что такого типа связей в молекуле не должно быть.
Вы можете также не заполнять одно или несколько полей, тогда они не будут учитываться программой при поиске.
Here you can enter ranges constraining the numbers of single, double, and triple bonds in returned molecules.
Each range should be entered as a hyphenated number pair from-to or as a single number.
If 0 is specified in one or more fields, then the corresponding type of bond must not be present in the molecule.
You can also leave one or several fields blank, in which case that bond type will not be considered as a search criterion.
Search Only by ID Number:
Если Вам предварительно известны номера CID (PubChem ID) или CAS интересующих Вас молекул, запишите в поле ввода через запятую или пробел эти номера.
Вы также можете использовать внутренний номер молекулярной структуры в базе Elegant NMR Software, который записывается с добавлением буквы M перед номером - так называемые
Molecular ID номера - и комбинировать такие номера с CID (PubChem ID) или CAS номерами.
Вы также можете вводить сразу CID, CAS и Molecular ID одновременно - в зависимости от того, какие номера Вам известны.
Внимание! После заполнения Вами этого поля, поиск становится приоритетным по номерам CID, CAS и Molecular ID, а поля по другим критериям поиска полностью
игнорируются программой.
If you already know the CID (PubChem ID), and/or CAS, and/or MCULE numbers of your molecules of interest, please enter them in this input field, separated by commas or spaces.
You can also use the internal molecular structure number used for reference within the Elegant NMR Software database, termed a Molecular ID, which is
prefixed by the letter M in front of the number, and MCULE numbers are prefixed by MCULE-. These IDs can be entered alongside CID and/or CAS numbers.
Attention! If you fill in this field, the search tool will prioritize the CID, CAS, and Molecular ID numbers, ignoring any other search criteria.
Skip Molecules:
В случае, когда результатом Вашего поиска является большое число молекул, которое невозможно отобразить сразу в на одной странице результатов поиска, для удобства
просмотра целесообразно пропустить часть списка результатов.
Чтобы Вам не пришлось много раз загружать последующие результаты поиска для перехода от первой молекулы, например, к тысячной, для простоты загрузки можно
написать число 999 и сразу начать просмотр результатов с тысячной молекулы и далее.
По умолчанию, за один раз на странице программы отображается один набор из не более 50 результатов поиска.
In the event that your search returns more hits than can be immediately displayed in the search results page, this field allows you to bypass the first N results
for easier viewing.
For example, to go to the thousandth molecule, you can enter 999 in this field and so immediately start viewing the results for the thousandth molecule and beyond.
By default, up to 50 search results are shown per page.
Radicals;Charged Atoms;Isotopes:
Вы можете выбрать один или несколько вариантов из предложенного списка изотопов, радикалов и заряженных атомов.
В этом случае, выбранные Вами в списке варианты будут размещены в дополнительном поле ниже в виде кнопок с обозначением радикалов, изотопов, заряженных атомов и специальных символов.
Каждая кнопка имеет три активных состояния, которые можно менять щелчком мыши:
символ зеленой галочки: выбранный вариант должен присутствовать в молекуле;
символ красного знака-запрета: выбранный вариант должен отсутствовать в молекуле;
отсутствие каких-либо символов рядом с формулой: кнопка не используется.
Все неиспользуемые кнопки, то есть кнопки с отсутствием специальных активных символов, можно удалить, если нажать на дополнительно возникающую кнопку Remove Unmarked.
Here you can choose one or several options from the proposed list of isotopes, radicals and charged atoms.
The options you select will appear in the field below in the form of buttons with formulas of radicals, isotopes, charged atoms, and special symbols.
Each button can be used as inclusion, exclusion, or ignored criteria, which functions can be changed with a click:
green checkmark: the selected atom type must be present in the molecule;
red stop symbol: the selected atom type must not be present in the molecule;
no symbol beside the formula: the criterion is not used.
All unused buttons can be removed by clicking on the Remove Unmarked button.
List of Results:
После выпонения программой поиска, Вам будет предложен список найденных молекул с их структурной визуализацией и дополнительной полезной информацией о каждой найденной
молекуле и ее структурах.
Вы также можете воспользоваться полезной опцией уточнения Вашего поиска по уже найденным предварительно результатам, используя кнопку Refine.
Для этого Вам необходимо выбрать с помощью специального чек бокса, который находится вверху поля визуализации каждой молекулы, интересующие Вас
молекулы из списка, нажать кнопку Refine, затем убедиться, что факт нового поиска отобразился в виде дополнительных кнопок с соответствующими номерами CID в поле радикалов,
атомов с ненулевым зарядом и изотопов.
И далее снова повторить поиск для улучшения результата, нажав на кнопку Search.
After the program has performed a molecule search, you will be presented with a list of found molecules, their structural visualizations, and additional useful
information about each molecule and its structure.
You can refine your search using the Refine button.
First, select from the results list those molecules to be refined, then click the Refine button, which will automatically appear as additional buttons with
the corresponding CID numbers in the field covering radicals, charged atoms, and isotopes.
Then, you can run the refined search by clicking on the Search button again.
X Hydrogen:
У Вас есть возможность исключить водород в молекулах при использовании опции Refine для уточнения результатов поиска.
Выбрав данный режим чек бокса и интересующие Вас молекулы из списка результатов, Вы разрешаете программе игнорировать все атомы водорода, которые находятся в этих молекулах.
Чтобы понять, как правильно применять эту опцию для поиска, необходимо перейти в программное окно для помощи Help и ознакомиться с примером Example 2.
Вы также можете не использовать эту опцию.
Allows you to exclude hydrogen atoms in molecules upon subsequently clicking Refine button.
In selecting this check box mode and your molecules of interest from the search results, you allow the program to ignore all hydrogen atoms that are in those molecules.
To see Example 2, which documents how to correctly use this option for searching, go to the information window in the Search for Molecules in the HugeMDB screen by clicking on the Help button.
You can also choose not to use this option.
X Bonds:
У Вас есть возможность исключить типы связей в молекулах при использовании опции Refine для уточнения результатов поиска.
Выбрав данный режим чек бокса и интересующие Вас молекулы из списка результатов, Вы разрешаете программе игнорировать типы связей между атомами в молекулах.
Чтобы понять, как правильно применять эту опцию для поиска, необходимо перейти в окно помощи Help и ознакомиться с примером Example 3.
Вы также можете не использовать эту опцию.
Allows you to exclude types of bonds upon subsequently clicking Refine button.
In selecting this check box mode and your molecules of interest from the search results, you allow the program to ignore the types of bonds between atoms in those molecules.
To see Example 2, which documents how to correctly use this option for searching, go to the information window in the Search for Molecules in the HugeMDB screen by clicking on the Help button.
You can also choose not to use this option.
Refine:
Использование дополнительной опции Refine для улучшения результатов поиска существенно увеличивает время поиска по сравнению с любыми другими критериями поиска,
поэтому мы рекомендуем использовать эту опцию, только если другие критерии поиска не позволяют найти тот результат, который Вам необходим!
Например, в списке радикалов, заряженных атомов и изотопов имеется и бензольное кольцо, и ацетиленовая группа, поэтому поиск с использованием C6 (бензольное кольцо)
и -C#C- (тройная связь между двумя углеродами) будет существенно быстрее, чем при использовании 241H и 6326B.
Using the additional option Refine to improve search results significantly increases the search time, more so than for any other search criteria; therefore, we
recommend using this option only if other search criteria do not return the result you are looking for!
For example, if the list of radicals, charged atoms, and isotopes contains both a benzene ring and an acetylene group, a search using C6 (benzene ring) and -C#C-
(triple bond between two carbons) criteria will be significantly faster than one using 241H and 6326B.
Save Results in New Tab:
Нажмите, пожалуйста, на кнопку Ok, чтобы сохранить результаты Вашего поиска.
Все результаты, отображенные в полях визуализации текущего состояния программного окна Search for Molecules in the HugeMDB,
будут перенесены в новую вкладку браузера, где Вы можете сохранить их у себя в виде отдельного файла в формате HTML.
Этот файл Вы имеете право использовать со ссылкой на источник получения в различных целях, например: для отправки по электронной почте,
для сохранения на Вашем мобильном устройстве или в компьютере, для встраивания в презентацию, etc.
Все возможности текущей страницы с возможностью визуализации остаются при сохранении, и Вы, в любой момент, можете посмотреть всю информацию о выбранной молекуле.
У Вас также остается возможность сохранить данные по каждой молекуле в виде MOL File.
All results currently displayed in the visualization area will be transferred to a new browser tab, where you can save them as a separate file in HTML format.
You have the right to use this file with a link to its source for various purposes. For example, sending by e-mail, saving on your mobile device or computer,
embedding in a presentation, etc.
All possible actions regarding the visualization on the current page remain after saving, and you can view all information on the selected molecule at any time.
You also have the opportunity to save the data for each molecule in the form of a MOL file.
Props/Refs:
В данном столбце находится информация об известных в настоящее время номерах CID для найденной Вами молекулы из базы PubChem.
Эта информация представлена в виде активных кнопок с номерами CID.
При нажатии здесь на какую-либо кнопку с номером CID, в строке под таблицей появляется информация с номенклатурным названием молекулы и активной ссылкой на PubChem с номером CID.
В то же время, в другом столбце Atoms изменяется список атомов, который соответствует выбранному Вами номеру CID.
Столбец с конформерами и энантиомерами и столбец с номерами CID (Props/Refs) связаны между собой функцией выбора приоритета использования с помощью зеленого слайдера внизу таблицы.
Слайдер имеет два положения: крайнее левое положение устанавливает приоритет использования кнопок в столбце с конформерами и энантиомерами,
а крайнее правое положение устанавливает приоритет кнопок с номерами CID таблицы.
Каждый конформер или энантиомер соответствует одному и более номерам CID, и, аналогично, каждому номеру СID соответствует один и более конформер или энантиомер.
Выбирая приоритет слайдером, можно посмотреть какому конформеру или энантиомеру соответствуют номера CID, и какому номеру CID соответствует какой конформер или энантиомер, а именно:
те, что соответствуют друг другу, будут окрашены в зеленый цвет, и их можно выбрать; а те, что не соответствуют, будут окрашены в серый цвет, и их нельзя выбрать.
The Props/Refs column presents the currently known CID numbers for the molecule, sourced from the PubChem database, in the form of active buttons.
Upon clicking on any button with a CID number, the nomenclature name of the molecule and an active link to PubChem with the CID number are displayed below the table.
At the same time, the column Atoms changes to a list of atoms appropriate to the chosen CID number.
This column is linked to the column of conformers and enantiomers by the green priority selection slider at the bottom of the table. Each conformer or enantiomer
corresponds to one or more CID numbers; similarly, each CID number corresponds to one or more conformers or enantiomers.
The slider has two positions: when to the left, buttons in the column with conformers and enantiomers have priority, and when to the right, buttons with CID numbers have priority.
Each conformer or enantiomer corresponds to one or more CID numbers, and, similarly, each CID number corresponds to one or more conformers or enantiomers.
Upon changing the priority, you can see which conformer or enantiomer the CID numbers correspond to, and which CID number corresponds to which conformer or enantiomer.
Namely, those that match will be colored green, and can be selected; those that do not match will be grayed out, and cannot be selected.
This means that those that match, will be colored green, and can be selected; and those that do not match, will be grayed out, and cannot be selected.
Теперь мы предлагаем Вам рассмотреть вместе несколько примеров поиска молекул в молекулярной базе.
Now we invite you to consider several examples of using the search tool to retrieve molecules and their associated information from the molecular database.
Example 1:
В первом примере мы с Вами проведем поиск глюкозы.
Известно, что в глюкозе есть 4 последовательно расположенные группы -CH(OH)- и нет COOH группы.
Сперва введем брутто-формулу глюкозы в виде C6H12O6 в поле поиска Empirical Formula with Ranges.
Далее выберем из списка Radicals;Charged Atoms;Isotops две функциональные группы: COOH и [C(O)]4 (четыре последовательные группы -CH(OH)-).
После выбора, появятся кнопки с символами этих групп в дополнительном поле для радикалов.
Кликнем далее на кнопку с группой COOH, чтобы в ней появился красный знак запрета, и нажмем на кнопку поиска Search.
В результате мы получим список, примерно, из 20 результатов поиска, первым из которых будет искомая глюкоза.
Затем выберем первый ее конформер, в котором щелчком мыши выберем последовательно четыре атома и получим для них торсионный угол и все остальные углы между связями в молекуле.
Перейдя далее на второй конформер, можно убедиться, что все эти углы изменились.
In this first example, we will search for glucose.
It is known that glucose has four sequentially-located -CH(OH)- groups and no COOH group.
First, let's enter the empirical glucose formula C6H12O6 in the field Empirical Formula with Ranges.
Next, select two functional groups from the Radicals;Charged Atoms;Isotopes list: COOH and [C(O)]4 (i.e. four sequential -CH(OH)- groups).
After their selection, buttons with the symbols of these groups will appear in the additional field.
Click on the button with the COOH group so that a red stop symbol appears on it, and then click on the button Search.
We will receive a list of about 20 search results, the first of which will be glucose.
Then we select its first conformer, followed by four successive atoms, thereby obtaining the associated torsion angle and all other angles.
Upon moving on to the second conformer, you can see that the angle values change accordingly.
Example 2:
Во втором примере мы с Вами проведем поиск производных кофеина, заместители которых не содержат углерода и азота.
Мы знаем, что в молекуле кофеина есть 5-ти и 6-членные гетерогенные кольца.
Сперва, необходимо ввести брутто-формулу C8H10N4O2 в поле Empirical Formula with Ranges.
Затем выбрать в списке Radicals; Charged Atoms; Isotops кольца X~5, X~6, C5 и C6.
Кликнув на появившиеся кнопки с символами C5 и C6 в дополнительном поле радикалов,
установить для них красный знак запрета, и далее выполнить поиск, нажав на кнопку Search.
В полученном списке результатов поиска находим молекулу кофеина и выбираем опцию X Hydrogen, чтобы игнорировать водороды в последующем поиске, который мы будем проводить для
уточнения результата.
После нажатия кнопки Refine, у нас автоматически появится кнопка с символом 2519H в дополнительном поле для радикалов.
Теперь программа поиска будет использовать остов кофеина для дальнейшего поиска без водородов.
Далее вводим C8N4 в поле Empirical Formula with Ranges, чтобы явно указать, что в молекулах не должно быть больше углеродов и азотов.
Выберем Yes в Include Other Elements, чтобы указать, что другие атомы можно находить.
Вызываем снова поиск кнопкой Search и получаем список известных на данный момент производных кофеина, заместители которых не содержат углерода и азота.
Для каждой молекулы из списка результатов мы можем выбрать какой-либо конформер и посмотреть на его структуру, покрутить ее в трехмерном пространстве,
посмотреть известные изотопные варианты, и, при необходимости, перейти по ссылке на PubChem для каждого найденного вещества.
Мы можем также обобщить поиск производных кофеина с заместителями, которые могут содержать углерод. Для этого введем C8-12N4 в поле
Empirical Formula with Ranges и повторим поиск Search.
In this second example, we will search for caffeine derivatives whose substituents do not contain carbon or nitrogen.
We know that the caffeine molecule contains five- and six-membered heterogeneous rings.
We also know its formula, C8H10N4O2, which first needs to be entered in the field Empirical Formula with Ranges.
Then, select from the list Radicals;Charged Atoms;Isotopes rings X~5, X~6, C5 и C6.
Сlick on the corresponding buttons with symbols C5 and C6 so that both have red stop symbols, and then execute the search with the Search button.
In the list of search results, find the caffeine molecule and select the X Hydrogen option to ignore hydrogens in the subsequent refining search.
Clicking on the Refine button will automatically produce a new button marked 2519H in the additional field for radicals.
The search tool will now use the caffeine skeleton to refine the search without considering hydrogen.
Next, we enter C8N4 in the Empirical Formula with Ranges field to explicitly indicate that there should be no additional carbon or nitrogen in the returned molecules.
Select Yes in the Include Other Elements.
We then repeat the search with the Search button and get a list of currently known caffeine derivatives whose substituents do not contain carbon or nitrogen.
For each molecule in the results, we can select a conformer and look at its structure, rotate it in three-dimensional space, survey the known isotopic variants,s
and, if necessary, follow the corresponding link to PubChem for further information.
We can also generalize the search for caffeine derivatives to allow substitutes that may contain carbon. To do this, enter C8-12N4 in the
Empirical Formula with Ranges field and repeat the search by clicking on the Search button.
Example 3:
В третьем примере мы повторим наш второй пример, но теперь выберем не только опцию X Hydrogen, но и опцию опцию X Bonds, и нажмем на кнопку Refine.
В этом случае, ниже поля Radicals; Charged Atoms; Isotops у нас автоматически появится кнопка с символом 2519HB.
Это означает, что остов кофеина для дальнейшего поиска будет рассматриваться без водородов и без учета типа связей.
Далее нажмем на кнопку поиска Search.
В результатах поиска, дополнительно к тем результатам, что мы получили во втором примере, мы найдем неароматические пуриновые основания с неплоской 5-ти 6-членной структурой,
такие, как, например, 1,3,7-trimethyl-4,5,8,9-tetrahydropurine-2,6-quinon.
In the third example, we will repeat the scenario from Example 2 but now select both the X Hydrogen option and the X Bonds option.
After doing so, click on the Refine button. This will automatically create a button under the field Radicals;Charged Atoms;Isotopes with the text 2519HB.
The search tool will now use the caffeine skeleton to refine the search without considering hydrogen and without taking into account types of bonds.
Click on the Search button to execute the refinement.
In addition to the results we obtained in the second example, the present results now also include non-aromatic purine bases with a non-planar 5-6-membered structure,
such as 1,3,7-trimethyl-4,5,8,9-tetrahydropurine-2,6-quinon.
Мы благодарим Вас за проявленный интерес к нашей программе поиска молекул и надеемся, что она будет полезна для Вас!
Мы также будем рады услышать Ваши отзывы для улучшения и дополнения функций поиска.
Чтобы отправить нам Ваши отзывы и пожелания, пожалуйста, используйте контакты на нашем основном сайте в разделе Contacts:
We thank you for your interest in our molecule search tool and hope that it will be useful for you!
We would like to hear your feedback for improving and supplementing the search functions.
To send us your feedback and suggestions, please use the contact information in the Contacts section of our main website.
Disclaimer
Компания Elegant Mathematics LLC не несет ответственности за какие-либо ошибки, упущения или другие недостатки в контенте (любой информации), содержащемся в программе Search for Molecules in the HugeMDB, а также не может нести ответственности за какой бы то ни было ущерб, понесенный пользователями этой программы в связи с
использованием вышеупомянутого контента или в связи с какими-либо другими действиями пользователей с вышеупомянутым контентом.
Disclaimer
Elegant Mathematics LLC is not responsible for any errors, omissions or other deficiencies in the content (any information) contained in the Search tool.
Also, Elegant Mathematics LLC cannot be held liable for any damage incurred by users of this tool in connection with the use of the aforementioned content or in
connection with any other actions of users involving the aforementioned content.
В текущем информационном окне содержатся полезные рекомендации о том, какие рабочие параметры необходимо указать измерительной системе Elegant NMR в программном
окне Settings,
особенно в тех случаях, когда измерительная система включает в себя для анализа несколько аппаратов Elmathron и несколько
автосемплеров одновременно таким образом, что все данные сохраняются в общей базе результатов экспериментов для последующей обработки.
The current information window contains useful recommendations on those operating parameters that must be specified for the Elegant NMR measuring system in the Settings screen, especially in cases where the measuring system includes several Elmathron devices and several autosamplers for conducting simultaneous analysis with all data stored in a common database of experimental results for subsequent processing.
Все составляющие устройства системы Elegant NMR коммуницируются с вычислительным сервером через сокеты, и каждое устройство должно иметь свой собственный
IP Adress из Вашей локальной сети.
Вы всегда можете переставить, изменить, удалить или добавить в общую конфигурацию системы Elegant NMR эти устройства. Для этого достаточно знать,
какой IP адрес был выделен Вашей Ethernet сетью для Вашего устройства, и ввести этот адрес в специальное поле Append New Device by IP.
Все устройства системы Elegant NMR имеют свои серийные номера. Как только Вы введете в поле Append New Device by IP новый IP адрес и по этому адресу будет
обнаружено одно из устройств системы, тогда сервер сразу автоматически поместит его в соответствующую графу таблицы List of Devices в окне Settings
Вы также в любой момент можете загрузить необходимые настройки устройств Вашей измерительной системы Elegant NMR с Вашего сервера, нажав кнопку Load Settings.
Все введенные изменения не запоминаются до момента нажатия Вами кнопки Save Settings.
All components of the Elegant NMR system communicate with the computation server via sockets, and each device must receive its own IP Address from your local network.
You can always rearrange, change, delete, or add component devices to the general configuration of the Elegant NMR system. When adding a device, all that you need is the IP address allocated to it by your Ethernet network, which you enter in the special field Append New Device by IP.
All devices of the Elegant NMR system have their own serial numbers. When a new IP address is entered in the Append New Device by IP field and a system device is successfully found at that address, the server will immediately automatically populate its information in the corresponding table column in the Settings screen.
You can also load the settings of your Elegant NMR system's component devices from your server at any time by pressing the button Load Settings.
Changes to settings are not recorded until you click the Save Settings button.
Device Name:
В этом поле Вам необходимо присвоить персональное имя измерительному аппарату Elmathron.
База данных по экспериментам привязана к идентификационным номерам каждого аппарата Elmathron, поэтому любое изменение имени аппарата приведет также к обновлению
его имени в базе данных экспериментов.
In this field, you assign a personal name to the Elmathron measuring device.
The experiment database is linked to each Elmathron device by the device's serial number, so any change in this field will also update its name in the database.
Inlet:
По умолчанию, каждый измерительный аппарат Elmathron настроен на непрерывный способ ввода исследуемой смеси.
Вы также можете присоединить автосемплер для автоматического ввода смеси в аппарат Elmathron.
Для этого необходимо сначала изменить выходное соединение Output Connection для автосемплера и
аппарата Elmathron в следующей таблице List of Autosamplers.
При этом автоматически изменятся все предыдущие установки в программном окне Settings.
By default, each Elmathron device is configured to intake the test mixture in continuous mode.
You can also connect an autosampler to automatically supply the mixture to the Elmathron device.
To connect an autosampler to a device, you must first change the Output Connection for the autosampler to the appropriate Elmathron device in the following List of Autosamplers table.
This will automatically update the corresponding Inlet settings.
Device IP/Port:
Каждый измерительный аппарат Elmathron должен иметь свой IP адрес для встраивания в систему Elegant NMR или адрес, присвоенный из DNS.
В этой таблице такой адрес будет подставляться автоматически после его ввода в поле Append New Device by IP.
Each Elmathron measuring device must have its own IP address for integration into the Elegant NMR system, or an address assigned through the Domain Name Service (DNS).
Each new device's address will be automatically listed in this table upon entering it in the Append New Device by IP field.
Serial Number:
Каждый измерительный аппарат Elmathron имеет свой уникальный серийный номер, который не может быть изменен пользователем.
Этот номер используется для идентификации результатов измерений в вычислительном сервере.
Each Elmathron measuring device has its own unique serial number, which cannot be changed by the user.
This number is used to identify measurement results in the computation server.
Delete:
Вы можете удалить одну строку таблицы List of Devices, если не используете какой-либо аппарат Elmathron. При этом результаты измерений с этого аппарата
останутся в базе результатов экспериментов.
Вы можете снова использовать этот аппарат и его настройки, введя IP адрес этого аппарата в поле Append New Device by IP.
If an Elmathron device is no longer being used, its table row can be deleted.
In this event, the results of measurements conducted on that device will remain in the experiment database.
The device and its settings can be restored for use by entering its IP address of in the Append New Device by IP field.
Autosampler Name:
В этом поле Вам необходимо присвоить персональное имя автосемплеру.
Любое последующее изменение персонального имени автосемплера приведет к обновлению имени автосемплера в базе экспериментов.
In this field, you assign a personal name to the autosampler.
Any change to the personalized name will update the autosampler’s entry in the experiment database.
Output Connection:
В этом поле Вы имеете возможность выбрать соединять ли автосемплер и измерительный аппарат Elmathron или настроить вход аппарата Elmathron для непрерывных измерений.
This field indicates whether the autosampler is connected to an Elmathron measuring device.
Autosampler IP/Port:
Каждый автосемплер должен иметь свой адрес для встраивания в систему Elegant NMR.
Такое встраивание осуществляется по протоколу DHCP, либо присвоением статического IP адреса в настройках Вашего роутера, к которому подключен автосемплер.
В таблице List of Autosamplers такой адрес будет отображатся автоматически после его ввода в поле Append New Device by IP.
Each autosampler must have its own address to be embedded in the Elegant NMR system.
The connection is enacted using the DHCP protocol, or by assigning a static IP address in the router to which the autosampler is connected.
Each new autosampler's address will be automatically listed in this table upon entering it in the Append New Device by IP field.
Serial Number:
Каждый автосемплер имеет свой уникальный серийный номер, который не может быть изменен пользователем.
Этот номер используется для идентификации результатов измерений в вычислительном сервере.
Each autosampler has its own unique serial number, which cannot be changed by the user.
This number is used to identify measurement results in the computation server.
Delete:
Вы можете удалить одну строку таблицы List of Autosamplers, если не используете какой-либо автосемплер.
Вы можете снова добавить автосемплер в этот список, если Вы добавите его IP адрес в поле Append New Device by IP.
If an autosampler is no longer being used, its table row can be deleted. In this event, the autosampler can be re-added to the List of Autosamplers table by entering its IP address in the Append New Device by IP field.
You can add the autosampler to the List of Autosamplers table again if you add its IP address in the Append New Device by IP field.
Append New Device by IP:
В этом поле Вы можете ввести новый IP адрес измерительного аппарата Elmathron или автосемплера.
На момент ввода IP адреса эти устройства должны быть подключены к Вашей локальной сети.
Если для использования Ethernet и WiFi подключений Ваш системный администратор выбрал два различных IP или доменных адреса, напишите, пожалуйста,
оба эти адреса через пробел.
In this field, you can enter the IP address associated with a new Elmathron measuring device or autosampler.
At the time of entry, the devices must be connected to your local network.
If your system administrator has chosen two different IP or domain addresses to support both Ethernet and WiFi connections, please enter both addresses, separated by a space.
Если в Вашей локальной системе принято использовать протокол DHCP, и при каждом включении нашего аппарата Ваш DHCP присваивает ему новый номер,
Вам будет удобнее использовать буквенное обозначение, которое должен прописать Ваш системный администратор к какому-либо устройству Elegant NMR.
В большинстве случаев, такая идентификация происходит на основе MAC номера сетевой карты устройств системы Elegant NMR.
Мы предлагаем Вам два способа подключения к Вашей локальной сети: через 1GBit/s Ethernet и через WiFi.
В каждом способе задействованы разные сетевые карты и различные имена, это может привести к путанице при выделении IP адреса в Вашей локальной сети.
Если ресурсы Вашей локальной сети позволяют, Вы можете выделить статический IP адрес для устройств Elegant NMR.
If it is customary to use the DHCP protocol in your local system, and your DHCP assigns a device a new number each time it is turned on, it will be more convenient for you to use an alphabetic name that your system administrator assigns the device.
In most cases, this identification is based on the MAC number of the device's network card.
We offer two ways for you to connect devices to your local network: via 1 GBit/s Ethernet and via WiFi. The two methods use different network cards and different names, which can lead to confusion when allocating an IP address on your local subnet.
If the resources of your local subnet allow, you can allocate static IP addresses to devices.
Web Data Transfer Size:
Здесь Вы можете ввести максимальный размер пакетов данных для передачи между сервером и веб интерфейсом, который может определяться, как скоростью загрузки результатов с вычислительного сервера на Ваш веб интерфейс, так и объемом передаваемых данных результатов.
Если Вы хотите отобразить очень большие объемы данных, Вам необходимо установить этот предел на более высокое значение. Если Вы используете мобильное устройство с маленьким объемом внутренней памяти, оно не сможет отобразить на экране очень большие данные.
Мы рекомендуем вводить такое значение размера пакетов данных, которое не превышает примерно 1/10 от общего размера оперативной памяти Вашего устройства.
Enter the maximum size of data packets allowed for transmission between the computation server and the web interface.
This value can be determined both by the speed of downloading the results from the server to your web interface, and by the volume of the result data.
If you want to visualize very large amounts of data, this limit needs to be set to a higher value.
If you use a smartphone with only a small amount of internal memory, you will not be able to draw very large data on the screen.
Hence, we recommend entering a packet size that is no more then 1/10 of the total RAM on the device you use to access the web interface.
Server-Web Port:
Для коммуникации между веб интерфейсом и вычислительным сервером используются специально выделенные порты, со значением, по умолчанию, 7701.
В этом поле Вы можете изменить это значение.
Это действие можно выполнить только в том случае, если у Вас есть на него право и рядом с кнопкой Set New Ports не находится знак замка.
Будьте внимательны, так как при установке новых портов возможна потеря экспериментальных и расчетных данных, если аппараты Elmathron, автосемплер или сервер выполняли какие-то действия.
A dedicated port is used for communication between the web interface and the computing server, with a default value of 7701.
In this field, you can change that port number.
This action can be performed only if you have the right to do so and there is no padlock next to the Set New Ports button.
Be careful: changing to a new port may result in the loss of experimental and calculated data if Elmathron devices, autosamplers, or the server are currently performing any action.
Server-Device Ports:
Для коммуникации между вычислительным сервером и аппаратом Elmathron или автосемплером используются специально выделенные порты.
В этом поле Вам необходимо указать нижний предел значения диапазона числа портов.
Число портов в этом диапазоне должно быть не менее общего числа задействованных аппаратов, и номера портов должны идти последовательно.
Это действие можно выполнить только в том случае, если у Вас есть на него право и рядом с кнопкой Set New Ports не находится знак замка.
Будьте внимательны, если, в момент установки новых портов, аппарат Elmathron, Autosempler или сервер выполняли какие-то действия, то возможна потеря
экспериментальных и расчетных данных.
Dedicated ports are used for communication between the computer server and the Elmathron devices or autosamplers.
In this field, you specify the lower limit of the range of ports.
The available ports above that number must be at least the total number of devices in the system, and the port numbers must be sequential.
This action can be performed only if you have the right to do so and there is no padlock next to the Set New Ports button.
Be careful: altering the device port range may result in the loss of experimental and calculated data if Elmathron devices, autosamplers, or the server are currently performing any actions.
В системе Elegant NMR реализован стандартный многопользовательский доступ к управлению ресурсами.
Пользователям предлагается следующая градация в зависимости от права доступа к ресурсам:
user (обычный пользователь): такой пользователь имеет доступ только к тем ресурсам, которые ему разрешены, но не имеет право влиять на доступ других пользователей;
super user (пользователь с правом влиять на доступ остальных пользователей): в дополнение к тому, что разрешено обычному пользователю,
такой пользователь может менять право доступа к ресурсам любого другого пользователя и регистрировать или удалять новых пользователей.
The Elegant NMR system implements standard multi-user access for resource management.
The following gradation of access rights is implemented:
user: has access only to those resources that are specifically permitted and has no right to influence the access of other users,
super user: in addition to what is allowed for a regular user, can also change the access rights of any other user and register or delete new users.
Logged in as:
Здесь указано имя пользователя, которое использовано для входа в систему.
По умолчанию, используется имя guest, логин которого предоставляет доступ только к демо-устройствам и их базе данных.
После первого запуска сервера или после полной инициализации таблицы пользователей, в этом поле возникнет фраза new user required. В этом случае, Вам необходимо перейти в следующую секцию
User Properties и ввести информацию о первом пользователе с правами суперпользователя.
Внимание! Если Вы покидаете рабочее место и может возникнуть опасность, что сторонний пользователь получит доступ к измерительной системе, нажмите кнопку Exit
для выхода из системы.
В этом случае, все выбранные Вами настройки останутся в веб интерфейсе, но никто не сможет использовать их для измерений.
Если Вы хотите сбросить все настройки эксперимента, Вы можете воспользоваться кнопкой браузера Reload для полного удаления предыдущих настроек.
В этом случае, Вам необходимо снова ввести имя пользователя и пароль для осуществления дальнейших настроек.
Если Вам необходимо закончить работу с веб интерфейсом без сохранения настроек эксперимента, то следует закрыть окно с веб интерфейсом - в этом случае, выход из системы будет произведен автоматически.
Если, по какой-то причине, связь с сервером была нарушена на более, чем две минуты, то веб интерфейс автоматически производит переход Вашего уровня доступа в уровень доступа пользователя guest.
You must provide your username to log in.
By default, the name guest is used, which login provides access only to demo devices and their database.
Upon starting the server for the first time or after full initialization of the user table, the phrase new user required will be written in this field.
You should skip entering a username here in that case.
Instead, you need to go to the next section User Properties, and complete information for the first user with superuser rights.
After three successive password entry failures, the IP address of your computer will be blocked from entering a password for 15 seconds; after five attempts, for 5 minutes; and after a seventh attempt, for three hours.
Attention! If you are leaving the workplace and there may be a risk of someone having unauthorized access to the system, press the Exit button to log out.
In this event, your chosen system settings will remain in the web interface, but no one will be able to use them for measurements.
If you want to reset all experiment settings, the browser Reload button will refresh and completely reset the web interface.
After reloading, you will need to enter your username and password again to make further changes.
Closing the web interface window will log you out automatically without saving any settings.
If for some reason the connection with the server is interrupted for more than two minutes, the web interface automatically switches your access level to that of the guest user.
Login:
Здесь Вы можете указать имя пользователя для входа в систему.
Вы должны пропустить здесь ввод имени пользователя, если в полях Logged in as и Userprop for Modifications появилась запись new user required.
You must provide your username to log in.
You should skip entering here the username if the new user required entry appears in the Logged in as and Userprop for Modifications fields.
Password:
Здесь Вы можете указать пароль для имени пользователя для входа в систему.
Вы должны пропустить здесь ввод пароля, если в полях Logged in as и Userprop for Modifications появилась запись new user required.
Если Вы после третьей подряд попытки не смогли ввести пароль, то IP адрес Вашего компьютера будет заблокирован на ввод пароля на 15 секунд,
после пятой попытки - на 5 минут, после седьмой - на 3 часа.
You must provide your password for the username to log in.
You should skip entering here the username if the new user required entry appears in the Logged in as and Userprop for Modifications fields.
After three successive password entry failures, the IP address of your computer will be blocked from entering a password for 15 seconds; after five attempts, for 5 minutes; and after a seventh attempt, for three hours.
Userprop for Modifications:
Здесь Вы можете указать имя пользователя, права доступа которого Вы планируете изменить, или ввести имя нового пользователя.
После первого запуска сервера или после полной инициализации таблицы пользователей, в этом поле возникнет фраза new user required. В этом случае, Вам необходимо здесь
ввести информацию о первом пользователе с правами суперпользователя.
Если Вы вошли в систему, имея права суперпользователя, то Вы можете указать любого пользователя для модификации его личных данных и прав доступа.
Если Вы вошли в систему, как обычный пользователь, то в этом списке можно выбрать только Ваш логин и только тогда, когда у Вас есть право менять Ваш профиль.
В остальных случаях, Вы можете выбрать только опцию new user, но выполнить создание нового пользователя можно только, если Вы введете логин и пароль суперпользователя внизу этой формы.
Here you can specify the name of a user whose access rights you plan to change, or else enter the name of a new user.
After first starting the server or completing initialization of the user table, the phrase new user required will appear in this field, upon which you need to enter information concerning the first user with superuser rights.
If you are logged in with superuser rights, then you can select any user and modify associated personal data and access rights.
If you are logged in as a regular user, you can only select your username, and that only when you have the right to change your profile.
The new user option can be selected and a new user created only after entering the superuser login and password at the bottom of this screen.
If you have superuser rights, you can specify a new username, or leave the field empty to delete all information about this user.
Deleting a user does not automatically affect the presence of associated experiments and results in the experiment database. Experiment data can always be deleted separately by a user having superuser rights.
Login:
Здесь Вы можете указать новое имя пользователя для входа в систему.
Если у Вас есть права superuser на модификацию персональных данных и прав доступа, Вы можете указать здесь новое имя пользователя или указать пустое поле, если Вы хотите
удалить всю информацию об этом пользователе.
Удаление пользователя не влияет на наличие в базе экспериментов результатов экспериментов, которые этот пользователь выполнил и сохранил с измерительных устройств.
После удаления пользователя удалить данные его экспериментов всегда сможет другой пользователь с правами superuser.
If you have superuser rights, you can specify a new username, or leave the field empty to delete all information about this user.
Deleting a user does not automatically affect the presence of associated experiments and results in the experiment database. Experiment data can always be deleted separately by a user having superuser rights.
After deleting a user, another user with superuser rights can always delete his experiment data.
Password:
Здесь Вы можете указать новый пароль пользователя.
Пароль должен содержать не менее 8 символов, из которых: хотя бы одна буква из верхнего регистра, хотя бы одна буква из нижнего регистра и хотя бы
одна цифра или символ пунктуации.
The password must contain at least 8 characters, and must satisfy the following criteria: at least one uppercase letter, at least one lowercase letter, and at least one number or punctuation symbol.
Repeat Password:
Здесь Вам необходимо повторить пароль.
You must repeat your password for the username to log in.
Name:
Здесь Вы можете указать персональное имя пользователя.
Вы можете не заполнять это поле.
You can provide your name, or leave this field blank.
Surname:
Здесь Вы можете указать фамилию пользователя.
Вы можете не заполнять это поле.
You can provide your surname, or leave this field blank.
Group:
Здесь Вы можете указать название рабочей группы.
Вы можете не заполнять это поле.
You can provide your working group's name, or leave this field blank.
Lab:
Здесь Вы можете указать название лаборатории.
Вы можете не заполнять это поле.
You can provide your laboratory's name, or leave this field blank.
Department:
Здесь Вы можете указать название факультета.
Вы можете не заполнять это поле.
You can provide your faculty's name, or leave this field blank.
Sudo Allowed:
Выбрав этот чекбокс, Вы даете пользователю разрешение на модификацию личных данных и прав доступа любого пользователя.
Это значит, что, выбрав этот чекбокс Вы создаете суперпользователя.
Если Вы, будучи суперпользователем, не выберете этот чекбокс и произведете модификацию, то Вы станете обычным пользователем.
Если, в этот момент, в Вашей системе был только один суперпользователь, система опросит Вас, действительно ли Вы хотите не отмечать чекбокс,
чтобы случайно Ваша система не оказалась бы без суперпользователя.
Selecting this checkbox gives a user permission to modify the personal data and access rights of any user.
That is, by selecting this checkbox, you create a superuser.
If you, being a superuser, uncheck this box for yourself, then you will become a regular user.
If, at that moment, there is only one superuser in your system, the system will ask if you really want to proceed so that your system cannot accidentally end up with no superuser.
Modifications Allowed:
Выбрав этот чекбокс, Вы даете права на модификацию личных данных самому пользователю.
Selecting this checkbox gives a user the right to modify personal data.
Reboot Allowed:
Выбрав этот чекбокс, Вы даете право пользователю на перезагрузку сервера.
Selecting this checkbox gives a user the right to restart the server.
Shut Down Allowed:
Выбрав этот чекбокс, Вы даете право пользователю на выключение сервера.
Selecting this checkbox gives a user the right to shutdown the server.
Upgrades Allowed:
Выбрав этот чекбокс, Вы даете право пользователю на установку обновлений программного обеспечения.
Selecting this checkbox gives a user the right to install software updates.
Number of Running Computations:
Здесь необходимо внести число вычислительных расчетов, которое данный пользователь может запустить оновременно.
Here you can limit the number of computational calculations that this user can have running simultaneously.
Number of Stored Computations:
Здесь необходимо внести число вычислительных расчетов, которое данный пользователь может сохранить.
Here you can limit the number of computational calculations that this user can hold on the server.
Device Rights:
Здесь Вам необходимо выбрать сериальный номер или название аппарата Elmathron или автосемплера, указать дату и время от и до, когда будут выполняться права доступа,
и указать права доступа на аппараты и выполненные измерения.
Вы можете указать даты, как в прошлом, так и в будущем. Даты в прошлом необходимы для сохраненных данных, даты в будущем
необходимы для доступа к устройствам измерительной системы.
В конце строки с правами доступа Вы можете указать кто, кроме Вас и любого суперпользователя, будет иметь доступ к выполненным измерениям:
None: только Вы и суперпользователи;
Other: все пользователи, кроме guest;
All: все пользователи, включая guest.
Here you select an Elmathron device or autosampler by serial number or name, specify the date and time interval over which the access rights will be in force, and specify access rights to the device and the measurements performed.
You can specify dates both in the past and in the future. Dates in the past are needed for accessing stored data, while dates in the future are needed to access the devices and make new measurements.
At the end of the access rights line, you can specify who, other than you and any superuser, will have access to the measurements:
None: just you and superusers
Other: all users except guest
All: all users, including guest
SUDO Login:
Здесь Вам необходимо повторить имя пользователя, под которым Вы залогиннились.
Такая дополнительная безопасность необходима, чтобы сторонний пользователь не воспользовался Вашими установками в открытом окне браузера.
После указания SUDO Login/Password, система еще 3 минуты будет находиться в предыдущих настрйках.
Это удобно, если Вы сразу заметили какую-то ошибку после ввода и хотите ее исправить, или если Вы решили завести или модифицировать нескольких пользователей.
Эта дополнительная безопасность не распространяется на обычный login/password, а только повышает уровень безопастности при создании новых и модификации существующих пользователей.
Here you re-enter the username under which you logged in.
This additional security is necessary to prevent a third party from changing your settings in an open browser window.
After specifying the SUDO Login/Password, the system will continue to operate under the previous settings for another three minutes.
This is convenient if you immediately notice an error and need to fix it, or if you decide to create or modify several users.
This additional entry of credentials does not extend to normal login/password operations, but is only utilized to increase security when creating new and modifying existing users.
SUDO Password:
Здесь Вам необходимо повторить пароль пользователя, соответсвующий имени в SUDO Login.
После указания SUDO Login/Password, система еще 3 минуты будет находиться в предыдущих настрйках.
Here you re-enter the user password corresponding to the username in SUDO Login.
After specifying the SUDO Login/Password, the system will continue to operate under the previous settings for another three minutes.
Reset & Maintenance
Если у Вас есть права доступа на выключение, перезагрузку сервера или обновление программного обеспечения, Вы можете вызвать эти команды в подблоке Reset & Maintenance.
If you have permission to shut down and restart the server or update the software, you can invoke these commands in the Reset & Maintenance section.
Full Reset Key:
Эта форма необходима, если Вы полностью потеряли названия пользователей и не можете более залогиниться как суперпользователь.
Для этого Вы должны ввести в этом поле код, который Вы можете найти на последней странице технической документации в поле RESET, или Вы можете запросить его непосредственно у производителя.
После ввода этого кода и нажатия на кнопку Restore Factory Settings and Reset Passwords вся таблица пользователей будет удалена. Тогда Вы сможете зайти в систему и ввести первого пользователя с правами суперпользователя и продолжить работу.
После такой инициализации все данные по экспериментам сохранятся, но все записи названий пользователей, их пароли и права доступа будут полностью удалены.
This key is necessary if you have completely lost user information and can no longer log in as a superuser.
You can find this key on the last page of the technical documentation, after the RESET label, or you can request it directly from the manufacturer.
After entering the key and clicking on the button Restore Factory Settings and Reset Passwords, the entire user table will be deleted.
Then you can log in and create a new first user with superuser rights, and thereafter continue working.
In re-initializing the user table, all data on experiments will be saved, but all records of user names, passwords, and access rights will be completely deleted.
В программном окне Status of All Devices and Server можно мониторить текущее состояние измерительной системы Elegant NMR, а также, при необходимости, остановить выполнение какого-либо эксперимента на выбранном Вами устройстве.
Здесь содержится важная информацию о следующих характеристиках системы:
текущая конфигурация измерительной системы;
какие именно устройства системы функционируют и насколько успешно;
какие эксперименты проводятся в данный момент в измерительных аппаратах.
Здесь Вы можете узнать о новых программных обновлениях для всех устройств системы Elegant NMR, которые мы будем Вам периодически предлагать для улучшения процесса измерений.
Внимание! При нарушениях правил эксплуатации оборудования могут возникнуть технические неполадки в работе измерительной системы Elegant NMR.
Например, могут быть следующие внештатные ситуации:
давление на входе Вашей вакуумной магистрали поднялось выше допустимого по техническому паспорту;
в непосредственной близости аппарата появился сильный источник магнитного поля или ферромагнетик;
на вход измерительного аппарата Elmathron попали сильные кислоты, жидкости с частицами, магнитные жидкости, быстро полимеризующиеся вещества, etc
В подобных случаях нарушения режима эксплуатации системы Elegant NMR, основная программная кнопка Status of All Devices and Server
изменит синюю окраску на красную для экстренного внимания пользователя!
In the Status of All Devices and Server screen, you can view the current status of the Elegant NMR measuring system and, if necessary, stop the execution of any experiment on a chosen device.
This screen also presents important information on:
the current configuration of the measuring system;
which devices are functioning and how successfully;
what experiments are presently being carried out on the measuring devices.
Attention! Violations of the equipment operation rules may cause technical malfunctions to arise in the operation of the Elegant NMR measuring system.
For example, the following emergency situations may occur:
The pressure at the inlet of your vacuum line rises above the permissible value denoted on the technical data sheet.
A strong magnetic field source or ferromagnet comes into the immediate vicinity of the Elmathron device.
Strong acid, magnetic fluid, fluid with particles, glue, fast polymerizing substances enters the inlet of the Elmathron measuring device.
In such situations, the main icon of the Devices and Server Sratus screen will change its color to red:
Интернет соединение с сервером разорвано. Для продолжения, пожалуйста, нажмите кнопку
The Internet connection to the server was interrupted. To continue, please click the button
All information contained in the current file in HTML format, including the spatial visualization of molecules, is generated by the search utility
Search for Molecules in the HugeMDB.
Elegant Mathematics LLC gives you the opportunity to use this file, with a link to the source from which it was received, for your own purpose, such as:
sending by e-mail, saving on your mobile device or computer, and embedding in a presentation.
The file includes part of the list of molecules returned as results of the search displayed in the current state of the search page. All functional features
of this page remain practically unchanged after saving.
Additional information about each found molecule can be obtained through a special table with buttons having different states.
This table contains three columns concerning the molecule and its conformers:
Conformers: a column listing conformers;
Props/Refs: a column listing CID numbers;
Atoms: a column listing atoms and isotopes.
Black borders on buttons in the table indicate which items are currently being visualized.
For three-dimensional molecular structures, the program supports molecular rotation for viewing its spatial structure from different angles.
You can also rotate the molecule with the mouse in its visualization field and start or stop automatic rotation by pressing the Run/Stop Rotation button.
Furthermore, clicking on a molecule in the structure will highlight it and display the following information:
distance between atoms;
torsion angle values;
values of the angles between bonds in the molecule.
This information appears as a line of text at the bottom of the visualization area after you have selected appropriate atoms.
You have the option to further export the results to the MOL file. If you have installed third-party programs that support the MOL file format, you can also use data
about conformers or enantiomers saved in that manner for your own purposes, with a link to the source.
You can use the Search for Molecules in the HugeMDB utility for free and without registration by going to the Elegant Mathematics LLC website at the link
www.multi-d.com.
Disclaimer
Elegant Mathematics LLC is not responsible for any errors, omissions or other deficiencies in the content (any information) contained in the Search tool.
Also, Elegant Mathematics LLC cannot be held liable for any damage incurred by users of this tool in connection with the use of the aforementioned content or in
connection with any other actions of users involving the aforementioned content.
Вся информация, содержащаяся в текущем файле в формате HTML, включая пространственную визуализацию молекул, создана программой поиска Search for Molecules in the HugeMDB.
Фирма Elegant Mathematics LLC дает Вам возможность использовать настоящий файл в своих целях со ссылкой на источник его получения,
например: для отправки по электронной почте, для сохранения на Вашем мобильном устройстве или в компьютере, для встраивания в презентацию.
Файл включает в себя часть списка найденных в результате поиска молекул, которая отображается в текущем состоянии страницы поиска.
Все функциональные опции этой страницы после сохранения остаются, практически, без изменений.
Каждое поле с картинкой найденной молекулы содержит не только пространственную визуализацию молекул, но и дополнительную информацию о молекулах, которую можно получить из специальной таблицы с кнопками, имеющими различные состояния.
Таблица имеет три столбца с разными типами информации о молекуле и ее конформерах:
Conformers: столбец с конформермерами и энантиомерами;
Props/Refs: столбец с номерами CID;
Atoms:столбец с атомами и изотопами, входящими в молекулу.
Текущая конфигурация выбранных опций в таблице определяется наличием четкой рамки черного цвета у каждой кнопки в каждом столбце.
Для трехмерных пространственных молекулярных структур у Вас есть возможность использовать опцию вращения молекул, чтобы увидеть ее пространственную структуру с разных сторон.
Вы также можете покрутить мышкой молекулу в поле ее визуализации или, нажав на кнопку Stop/Run Rotation, остановить или снова запустить визуализацию молекулы.
В качестве дополнительных опций для трехмерной визуализации, выделив интересующие Вас атомы в молекуле одним щелчком мышки, Вы можете узнать следующую информацию:
расстояния между атомами;
значения торсионных углов;
значения углов между связями в молекулах.
Эта информация появляется в виде текстовой строки внизу поля визуализации после выбора Вами необходимых атомов.
У Вас есть возможность далее экспортировать интересующие Вас результаты в MOL File.
Вы также можете использовать сохраненные таким образом данные о конформере для своих целей со ссылкой на источник получения,
если у Вас установлены сторонние программы, которые поддерживают формат MOL File.
Вы можете бесплатно и без предварительной регистрации использовать программу Search for Molecules in the HugeMDB для поиска интересующих Вас веществ, перейдя
на сайт фирмы Elegant Mathematics LLC по ссылке:
www.multi-d.com.
Disclaimer.
Компания Elegant Mathematics LLC не несет ответственности за какие-либо ошибки, упущения или другие недостатки в контенте (любой информации), содержащемся
в программе Search for Molecules in the HugeMDB, а также не может нести ответственности за какой бы то ни было ущерб, понесенный пользователями этой программы
в связи с использованием вышеупомянутого контента или в связи с какими-либо другими действиями пользователей с вышеупомянутым контентом.
Information about the current results of processing experiments displayed in the Results of Computations screen of the Elegant NMR Software v1.11
by Elegant Mathematics LLC, saved as an HTML file.
All functionality of the Results of Computations screen remains available during the save process. For convenience, please use the clickable tooltips
indicated by question mark symbols next to the option selection fields.
You are able to graph the dependences of substance concentrations.
Graphs can be panned to the right or left by holding and dragging the mouse. Graph scaling is always vertical.
If you need to enlarge or reduce the horizontal dimension, hold down the mouse button and move the chart up or down.
If you click on a graph, the frame with the list of substances will automatically scroll to the substance corresponding to that graph.
You can save graphed data in spreadsheet format by clicking on the Ok button next to the text Save Graphs to New Tab.
Additional information about each found molecule can be obtained through a special table with buttons having different states.
This table contains three columns concerning the molecule and its conformers:
Conformers: a column listing conformers;
Props/Refs: a column listing CID numbers;
Atoms: a column listing atoms and isotopes.
Black borders on buttons in the table indicate which items are currently being visualized.
For three-dimensional molecular structures, the program supports molecular rotation for viewing its spatial structure from different angles.
You can also rotate the molecule with the mouse in its visualization field and start or stop automatic rotation by pressing the Run/Stop Rotation button.
Furthermore, clicking on a molecule in the structure will highlight it and display the following information:
distance between atoms;
torsion angle values;
values of the angles between bonds in the molecule.
This information appears as a line of text at the bottom of the visualization area after you have selected appropriate atoms.
For each molecule field, there is a checkbox that allows you to hide or show the corresponding image. For convenience, each checkbox and its corresponding graph use the same color.
This option is implemented for ease of perceiving the results of processing experiments. When a large amount of information is processed, many dependence graphs of will be present in the graphs image area; this color-coding aids in tracking those dependencies that interest you.
Clicking the Ok button next to Export MOL File to New Tab will allow you to obtain the MOL file for the conformers or enantiomers of your choice.
You have the option to further export the results to the MOL file. If you have installed third-party programs that support the MOL file format, you can also use data
about conformers or enantiomers saved in that manner for your own purposes, with a link to the source.
Disclaimer
Elegant Mathematics LLC is not responsible for any errors, omissions or other deficiencies in the content (any information) contained in the Search tool.
Also, Elegant Mathematics LLC cannot be held liable for any damage incurred by users of this tool in connection with the use of the aforementioned content or in
connection with any other actions of users involving the aforementioned content.
Информация о текущих результатах обработки экспериментов, отображенных в окне Results of Computations программного обеспечения
Elegant NMR® Software v1.11 фирмы Elegant Mathematics LLC, сохранена в виде файла в формате HTML.
Все функциональные возможности программного окна Results of Computations остаются в процессе сохранения.
Для удобства используйте, пожалуйста, кликабельные подсказки с символом вопросительного знака рядом с полями выбора опций.
У Вас есть возможность посмотреть на графики зависимостей концентраций веществ и понять, какому веществу какой график соответствует.
Графики можно двигать вправо или влево, нажимая, удерживая и двигая мышкой. Графики всегда скалируется по вертикали.
Если Вам необходимо увеличить или уменьшить окно с картинками графиков по горизонтали, то, удерживая нажатой мышку, Вам необходимо двинуть график вверх или вниз.
Если кликнуть мышью на интересующий Вас график, то поле со списком веществ автоматически прокрутится к тому веществу, которому соответствует этот график.
Вы можете сохранить графики зависимостей концентраций веществ в формате электронных таблиц, кликнув на кнопку Ok рядом с полем Save Graphs to New Tab.
Каждое поле с картинкой найденной молекулы содержит не только пространственную визуализацию молекул, но и дополнительную информацию о молекулах, которую можно получить из специальной таблицы с кнопками, имеющими различные состояния.
Таблица имеет три столбца с разными типами информации о молекуле и ее конформерах:
Conformers: столбец с конформермерами и энантиомерами;
Props/Refs: столбец с номерами CID;
Atoms:столбец с атомами и изотопами, входящими в молекулу.
Текущая конфигурация выбранных опций в таблице определяется наличием четкой рамки черного цвета у каждой кнопки в каждом столбце.
Для трехмерных пространственных молекулярных структур у Вас есть возможность использовать опцию вращения молекул, чтобы увидеть ее пространственную структуру с разных сторон.
Вы также можете покрутить мышкой молекулу в поле ее визуализации или, нажав на кнопку Stop/Run Rotation, остановить или снова запустить визуализацию молекулы.
В качестве дополнительных опций для трехмерной визуализации, выделив интересующие Вас атомы в молекуле одним щелчком мышки, Вы можете узнать следующую информацию:
расстояния между атомами;
значения торсионных углов;
значения углов между связями в молекулах.
Эта информация появляется в виде текстовой строки внизу поля визуализации после выбора Вами необходимых атомов.
В каждом поле молекулы расположен чек бокс, который позволяет исключать или вновь добавлять изображение соответствующего графика для выбранной молекулы.
Для удобства цвет поля чек бокса совпадает с цветом соответствующего графика в поле изображения графиков.
Эта опция имплементирована для простоты восприятия результатов обработки экспериментов, когда при обработке большого объема информации о найденных веществах в поле изображения графиков
находится много графиков зависимостей, и Вам надо отследить определенные интересующие Вас зависимости.
Также Вы можете воспользоваться опцией Export MOL File to New Tab, которая позволит Вам получить MOL File для выбранного Вами конформера, нажав на кнопку Ok.
У Вас есть возможность использовать сохраненные таким образом данные о конформере для своих целей со ссылкой на источник получения,
если у Вас установлены сторонние программы, которые поддерживают формат MOL File.
Disclaimer.
Компания Elegant Mathematics LLC не несет ответственности за какие-либо ошибки, упущения или другие недостатки в контенте (любой информации), содержащемся
в программе Search for Molecules in the HugeMDB, а также не может нести ответственности за какой бы то ни было ущерб, понесенный пользователями этой программы
в связи с использованием вышеупомянутого контента или в связи с какими-либо другими действиями пользователей с вышеупомянутым контентом.